斑馬魚模型有自己的獨特優勢，與傳統的哺乳動物實驗（大小鼠等）和體外實驗更多的是一種相互補充、相互完善的關係，而不是一種相互替代的關係，當然，新方法的出現可以提供更多、更優的選擇。

（1）斑馬魚模型是連線體外模型和哺乳動物模型的橋樑。斑馬魚模型即具有體外模型快速、高效、成本低的優點，又具有哺乳動物模型預測性好、可靠性高的優點，很好彌補了體外模型和哺乳動物模型的不足，斑馬魚模型與是體外模型、哺乳動物模型相結合，可以完善物研發體系，提高物研發效率，降低物研發成本；

（2）斑馬魚可以彌補哺乳動物模型的不足和缺失。斑馬魚是體外受精、發育，而且胚胎期通體透明，操作更為便捷，因此，我們可以 用斑馬魚來做一些在哺乳動物上很難做或無法做的疾病模型或毒性評價模型，為物研發提供更好的實驗動物模型，比如在心腦血管疾病、神經疾病、發育毒性與致畸形評價等方面，斑馬魚具有獨特的優勢；

（3）斑馬魚獨有的基於整體表型的物篩選模式提供了物研發的新思路。傳統體外篩選技術，缺少物靶點或疾病機理複雜時，物篩選很難開展實驗結果與體內實驗的結果符合度通常不好。而哺乳動物由於成本高、週期長，無法用於早期篩選。斑馬魚基於整體動物表型篩選，可以在不清楚作用靶點的情況下篩選候選化合物，對多基因調控的複雜疾病候選化合物的體內作用效果評價也更為可靠；此外，利用斑馬魚表型篩選，還常常會揭示新的疾病分子機理和物作用靶點。