十六和十七世紀在位的有著名的剛果國王、恩贊加・庫武的繼承者阿方索一世，在他之後在位的有迪埃果一世、阿爾瓦羅一世、阿爾瓦羅二世、阿爾瓦羅三世、阿爾瓦羅四世、加西里二世、安東尼奧一世等等。在這二百年間，剛果王國由繁榮統一走向分裂衰落。

王國經常遭到外族的侵襲，1556年，王國的軍隊被南部的恩東戈王國的軍隊所擊敗。1569年，王國又遭到東部雅加人的進攻，聖薩爾瓦多被佔領，國王不得不率領官廷權貴逃到剛果河口的一個島上。王國內部的兩大氏族，即基姆邦祖氏族和基木拉氏族為爭春王位進行著激烈的鬥爭。幾個國王均未能消除索約、恩松迪和姆邦巴三省的分裂活動。實際上大約從1600年起素約省就已處於獨立狀況。到十七世紀末剛果王國已經一分為三。

十八世紀王國更處於空前的混亂狀態，分裂為更多的小國。1816年，英國探險家塔克溯剛果河而上，直到利文斯敦瀑布一帶，他發現剛果王國版圖內有著很多獨立的小酋長國，他們都自稱屬於一個神話般的君主，剛果王國僅是其中的一個。但是剛果王的統治斷斷續續儲存下來，直到1900年剛果的最後一個國王，唐・馬丁死掉為止。剛果王國共經歷了五十五個國王。

在剛果王國的歷史上發生了一件對其歷史發展有深刻影響，導致其衰落的事情，這就是葡萄牙的入侵。

1482年，恩贊加・庫武在位時期，剛果王國的臣民看到一些奇怪的船舶——三隻帯有紫黑色大十字架和不知名武器的大帆船的來臨，看到一些陌生人——穿著不知名的衣服和操著不知名語言的人走上岸來。這就是葡萄牙迪歐古・卡奧探險隊第一次來到剛果河口。

兩年以後，他再一次在剛果河口拋錨，並派遣四個傳教士為使者，前往剛果王國的首都，他自己則繼續向南航行。一年後，他回到剛果河口，沒有找到他的使者，就在岸上抓了幾個人，作為人質，把他們帶回里斯本。1487年，卡奧第三次來到剛果河口，帶著上次所俘獲的人質，並把他們送到國王的首都。剛果國王恩贊加・庫武邀請卡奧到國王京都訪問，並隆重地接待了他。

繼探險家之後，來到剛果王國的是耶穌教的傳教士。1490-1491年間，第一批葡萄牙的神父乘船來到剛果王國。位於剛果河口的索約省的統治者率先帶著自己的部屬，改信耶穌教。接著，國王恩贊加・庫武接受了洗禮，並得到與葡萄牙國王同樣的教名—若昂，王后和王子也接受洗禮，分別取名為菜奧諾與阿方索，同葡萄牙王后和太子的教名一樣。在這以後，剛果王國的人民便大批接受洗禮，據估計有十萬人信奉了耶穌教。耶穌教的教堂在各處興建，國都改名為聖薩爾瓦多。

剛果王國的國王們幻想著耶穌教的傳教士能給他們帶來文明和幸福。國王阿方索一世（1506-1543年）多次寫信要求派傳教士來，也派自己的人到葡萄牙去，以便可以受到教士的訓練。他讓他的几子恩裡克到里斯本研究神學，並於1520年被教皇列奧十世封為主教，這是歷史上的第一個黑人主教。

但是，耶穌教的傳教士絕大多數都是品質惡劣、道德敗壞的人，都是披著宗教外衣的殖民主義者。據記載：1508年有一批葡萄牙的神父，他們擁有私人住宅、姘婦，還有許多私生子女。他們把阿方索送給的家奴賣掉了。據塔克牧師記述，在羅安達的碼頭上，有一個大理石的椅子，主教坐在這裡為奴隸們洗禮，並拿到奴隸出口稅中應得的一份。有不少傳教士本身就是奴隸販子，他們從事血腥的奴隸販賣，與其它奴隸販子不同之處，只在於他們披著宗教的外衣。

從十五世紀八十年代到十六世紀上半期，葡萄牙的奴隸販子在剛果王國掠奪奴隸，主要運往聖多美島的甘蔗園，或運往葡萄牙充作家奴。掠奪奴隸的數量逐漸增多。1536年，在剛果河口奴隸貿易的中心姆潘達有五千黑人被運走。

羅安達的葡萄牙總督若昂羅德里格斯・科蒂尼奧奉命每年要向西班牙的美洲殖民地提供四千二百五十個奴隸。十六世紀中葉以後，隨著美洲種植園和礦山開採的發展，殖民者對勞動力的需求愈來愈大，慘無人道的奴隸販賣更加發展起來。據一位葡萄牙史學家估計：1486-1641年間，僅從安哥拉運出的奴隸，大約有一百三十八萬九千人（包括剛果王國在內）。

起初，剛果王國的國王是反對奴隸貿易的。當阿方索一世瞭解到歐洲人奴隸貿易的真象時，他堅決反對將他的臣民掠去當奴隸，曾為此向里斯本提出過嚴正的抗議。可是葡萄牙政府根本不予理會。1540年，阿方索一世毅然下令禁止從剛果王國出口奴隸。這一舉動，引起葡萄牙奴隸販子的仇恨。他們預謀在這年的復活節，當阿方索一世作彌撒時殺害他。國王雖倖免於死，但奴隸掠奪依然在發展。

阿方索一世，這位善良而聰明的國王，他竭力爭取他所信賴的人的同情和友誼，但他一次又一次地被玩弄、被欺騙，然而，他又一次又一次地作出新的努力。他在幻想和幻想的破滅中度過了一生。由於葡萄牙殖民主義者繼續施展欺騙、引誘、挑唆、威脅等種種手段，使以後的剛果王國的國王逐漸地捲入掠奪奴隸的旋渦。剛果王國成為“獵獲黑人的場所”。

葡萄牙殖民者在剛果王國，除傳教、販賣奴隸外，還擁有許多特權，並擺出一付主子的姿態。十六世紀初，葡萄牙國王曼努埃爾指示他的使節說：“雖然主要目的是服侍上帝和博得國王的歡心，但你們仍然要（向剛果國王）說明：他必須完成用奴隸、黃銅和象牙來裝滿我們船舶的工作，而且你們要像用我的名義講話那樣對他說…”。

1570年，葡萄牙的海軍陸戰隊協助剛果王國把入境的雅加人趕走之後，葡萄牙人在剛果王國的勢力大大上升，因為它是“趕走雅加人的剛果救星”。剛果國王不得不承認葡萄牙的宗主權，並答應以價值剛果王國歲收入百分之二十的瑪瑙貝送交葡萄牙國王。

葡萄牙人的侵入，使剛果王國昔日繁榮的景象煙消雲散了。數以千計的人被屠殺和擄掠，土地荒蕪，到處是荒廢的村莊和破落的城市。首都變成了海盜匪賊、德行敗壞的聖職人員、妖姬寵妾和吸血官吏聚居的地方了。由於耶穌教傳教士等葡萄牙人的挑唆，使剛果王國統治階級內部掀起無穸無盡的爭權奪利的鬥爭。長期掠奪奴隸的戰爭，播下了王國各地之間、王國與鄰國或部落之間仇恨的種子，互相殘殺的戰爭連綿不斷。這一切都大傷王國的元氣，雖然不久以後，葡萄牙的注意力離開剛果王國，但再使剛果王國復興已不可能了。

十六世紀和十七世紀在位的有著名的剛果國王、恩贊加 庫武的繼承者阿方索一世，在他之後在位的有迪埃果一世、阿爾瓦羅一世、阿爾瓦羅二世、阿爾瓦羅三世、阿爾瓦羅四世、加西里二世、安東尼奧一世等等。在這二百年間，剛果王國由繁榮統一走向分裂衰落。

王國經常遭到外族的侵襲，1556年，王國的軍隊被南部的恩東戈王國的軍隊所擊敗。1569年，王國又遭到東部雅加人的進攻，聖薩爾瓦多被佔領，國王不得不率領官廷權貴逃到剛果河口的一個島上。王國內部的兩大氏族，即基姆邦祖氏族和基木拉氏族為爭春王位進行著激烈的鬥爭。幾個國王均未能消除索約、恩松迪和姆邦巴三省的分裂活動。實際上大約從1600年起素約省就已處於獨立狀況。到十七世紀末剛果王國已經一分為三