天草四郎，又名時定，或名時貞。父親益田甚兵衛好次是大名小西行長的文牘員。在關原戰役中，小西行長戰死後，益田甚兵衛好次隱居天草大矢野鄉越之浦。時貞幼年時，曾在肥後熊本城城主家當過侍童。

十六世紀四十年代，隨著葡萄牙人和西班牙人先後到達日本，天主教的傳教士也陸續進入日本。在各地大名的支援下，天主教得到了迅速的傳播，至八十年代，動自美濃西至薩摩，教堂之數多達二百餘座，教徒達到約十五萬人。在西部地區，天主教的影響更大。豐後國大名大友宗麟，肥前國大名大村純中，有馬晴信等人，都是天主教的虔誠教徒。

島原半島是天主教信徒有馬氏的領地，天草島是天主教信徒天草種原的領地，後來代之而起的小西行長也是一名虔誠的信徒。受周圍環境的影響，時貞也在少年時洗禮入教，後專門從事傳教，在天草大矢野島的宮津開闢傳教點，宣傳天主教教義。

隨著天主教信徒的急劇增加，再加上西部諸信奉天主教大名勢力的發展，使德川家康十分恐懼，便於十七世紀初實行禁教，強迫教徒放棄信仰（名之越“改宗”）。島原半島的有馬氏，因推行禁教政策不力，與1616年調離島原，幕府調任松倉重政為新藩主。松倉重政上臺後，嚴格貫徹禁教政策，強迫天主教徒“改宗”凡拒不放棄信仰者，或受水刑，火刑；或在面孔上烙“天主教”字樣；或脫掉衣服捆綁於鬧市，讓其受凍捱餓；或被虐待致死。據說有家村一地，二百令七名天主教徒拒絕改變信仰，松倉重政就用竹鋸把這些人的腦袋一個一個的鋸下來，刑法之殘使人毛骨悚然。松倉重政還廣徵民夫建造城池，一再加重農民賦稅，凡繳不出錢的農民，都要穿上蓑衣受刑。據荷蘭商船船長基伯克爾的信件載：受刑時，用蓑衣捆在農民的頸上和身上，另用繩索捆綁雙手，然後在蓑衣上點起火來，有的人在燃燒的時候，狂竄亂跳，碰地而死。有的人跳水喪生。這種殘劇被稱為“蓑衣舞”。松倉重政還命令官吏，將婦女赤裸全身，倒掉起來百般凌辱。1630年松倉重政死後，其子松倉勝家更為殘暴，民怨載道。

天草島雖然不屬島原藩，而屬唐津藩，但是他們所受的迫害是相同的。天草島位於長崎灣南部，面對島原半島，低潮時兩地見可步行往來。兩地人民關係非常密切。

1634年起島原，天草地區連續發生災荒，人民瀕於死亡線上。為了不致餓死和折磨死，農民紛紛起事。1637年10月，島原藩有馬村的農民角藏三吉違反藩主禁令，公開懸掛天主聖像，信徒們聞風而往參拜。結果遭到島原藩代官的迫害，角藏，三吉被殺。有憤於此，農民們揭竿而起，襲擊並殺死了代官。島原地區各要地，大部分被起義農民佔領。起義者燒佛寺，建教堂，供奉聖母瑪利亞像，舉著繪有十字架的大旗。

與此同時，天草島以小西行長的遣臣大矢野松右衛門，大江原左衛門，森總意，山善右衛門等為核心，也謀圖復興天主教，稱天草四郎為“天童”，擁他為首領。12月。天草農民響應島原農民起義。兩地起義軍匯合，一致擁戴天草四郎為總大將，大矢野松右衛門等人為軍事顧問。天草四郎的農民軍在編制方面，完全模仿藩軍。在總大將下設有指揮作戰的總頭（三十人）軍奉行（五人），鐵跑頭等等，還有專門負責後勤供應的專職指揮。

在總大將天草四郎的指揮下，起義軍佔領了島原半島的原城。在城內製高點，立起了木製的十字架，城牆上掛有了畫有十字架和聖像的旗幟。參加起義者的人數，拒統計，島原農民有二萬四千人，天草農民一萬二千，合計三萬七千餘人，其中有戰鬥力的為一萬三千餘人。

島原，天草起義時，島原藩主松倉勝家正在江戶。12月9日，12日，幕府先後接到島原和天草起義的訊息，極為驚恐，急忙命令正在江戶的四國及本州島西部的藩主歸藩，讓九州地區的大名，或大名子弟也急速返歸領地，以防止起義的蔓延。與此同時，幕府派板倉重昌為幕府專使，組織和發動了兩次圍攻，均遭慘敗。因板倉重昌對農民起義的鎮壓毫無成效，幕府極為不安，便派遣幕府智囊，首席老中松平信綱為專使，前往督戰。獲此訊息後，板倉重昌深感幕府此舉是對自己的不信任，與其坐待威信喪失，不如孤注一擲，突擊攻城，也許可僥倖鎮壓農民軍，重新獲得幕府的信任。便於1638年元旦，在松平信綱尚未到達九州之前向原城農民軍發動總攻。起義軍憤力抗戰板倉軍打敗，損失三千九百餘人。板倉重昌戰死。繪有天主教聖像的旗幟，依然在原城城牆上飄揚。

送平信綱到達九州後。以板倉重昌的失敗為教訓，改變戰術，採取了圍而不攻的方針，企圖等待城中糧盡，自動瓦解。

為了鎮壓島原天草農民起義，幕府竟乞求荷蘭軍艦炮擊原城。1638年2月。荷蘭軍艦在原城海面停留的十五天中，共向原城發射炮彈四百二十六發（也有的說僅“戴立潑號”一船就發射了四百二十五發）。城裡的起義軍，挖地為窖，躲在洞裡，以避損傷。起義軍並未被炮彈催垮，炮擊的第三天，起義軍用弓箭把檄文射入幕府軍軍營，一方面抗議松平信綱乞求外援背叛民族的罪行，另一方面則譏笑松平信綱的無能。檄文說：“如欲急攻，日本國中武士大有人在，又何必乞求荷蘭人的支援！”“堂堂官兵不敵天主，受援外人，誰能稱松平為智囊乎！”

跑攻不下，幕府方面又抓來無數礦夫，逼迫他們從城外向城內挖地下坑道，企圖透過坑道突破防衛，攻佔原城。當城內起義軍 探知這一情報後，便從相反方向挖坑道，並在坑內灌入屎尿。水，從而阻止了敵人用地道進行奇襲的陰謀。

幕府方面還不段進行策反，宣佈投誠者給金銀，返回本村者免除年貢等。並動員舊領主有馬氏向原來的部下喊話，頓促舊家臣投降。最後，松平信綱還抓來天草四郎的母親等家屬，讓他們向城內寫信企圖用骨肉之情來瓦解天草四郎的意志。可是天草四郎並未因此而動搖，依然堅持鬥爭

松平信綱的謀略雖然一個一個被擊敗了。但是，長期的圍困，起義軍因儲備不足而發生飢餓，戰鬥力日漸下降。在此情況下，3月28日，幕府方面發動了總攻擊，起義軍雖奮力抵抗，但重因飢餓力衰，抵不住十餘萬幕府軍的進攻，最後失敗，原城陷落。天草四郎及其率領下的全部起義軍皆壯烈戰死。幕府軍殘酷的砍下起義將士的頭顱，作為戰利品，運回長崎示眾。

島原，天草起義的參加者雖然以信奉天主教的農民為主體，但還有非天主教農民，浪人，下級武士等反對島原，天草兩藩藩主的人參加，因此，他不是單純的天主教徒起義，而是一次反封建統治的農民武裝鬥爭。參加者雖然高唱“戰鬥不問勝敗，一切為了上帝的光榮，為了獻身上帝”但是，他們用在天主面前人人平等的思想召喚人們向封建專制主義作鬥爭，從某種意義上講，它具有一定的進步性。起義者在幕府軍進攻面前，名利金錢引誘不動心，跑轟圍剿不低頭，上自總大將下致普通的起義戰士，無一投降，全部殉身，反映了日本農民的英雄氣概。

島原，天草起義失敗了，但是，天草四郎及其他起義領袖，卻以他們英勇的事蹟，常留史冊，為日本人永世崇敬。，

明末西方基督教傳到日本，形成一股強大的宗教勢力。這股勢力基於基督教獨一真神教義的排他性和偏執性很快在日本全國掀起一場狂熱的泛基督化運動，並施行武力，發動一場東方世界從來沒有的宗教戰爭，戰爭的首領就是天童四郎，只有十七歲，在一次宗教活動中，忽然得到神的啟示，成為日本基督教軍隊的統帥。最後在日本政府的鎮壓中，陷入絕境被砍下頭顱。