棉花一般存放在專業的棉花儲備庫內,目前國內的棉花儲備庫房有磚混倉和鋼板倉兩種.儲存庫要求交通便利、防火、通風、防潮、防黴變等,特別是防火,棉花儲備庫都是特級防火單位.一般來說棉花應庫內堆垛存放,庫外存放要蓋苫布.棉垛下要打好墊基（枕木或石塊）,堆垛時包應平放,上下層交叉壓縫.垛與垛之間應留出必要的通道.棉花庫區要設立氣象觀測百葉箱,每棟庫房都要配備溫溼度計.保管員應每天查庫,測量溫溼度,並做好記錄.根據天氣的變化和庫內外溫溼度差異,應適時採取通風散溼或關閉倉庫等措施.一般庫內溫度應保持在30℃以下,最高不得超過35℃,相對溼度不得超過70％,保管中的棉花含水率不得超過10％.棉花在正常的儲存條件下,保質期較長,但由於棉花內含有一定的水份,在高溫的情況下,尤其是溫度超過35℃時,顏色可能會發生變化,出現自然變異,進而影響到棉花的品級.據有經驗的棉花倉庫保管員分析,棉花的自然變異呈“S”形,即開始變異較慢,中間一段時間變異較快,過了一定時間以後,其變異速度又變緩.一般來說,符合國標規定水份的（含潮率不超過10.5％）新棉花放置在正常保管的倉庫內,夏熱高溫前一般不會發生自然變異,但夏天來臨後,由於溫度升高、溼度增大等原因,可能會引起棉花自然變異,使新棉花在一個棉花年度內平均下降一個等級,並且品級越高,越穩定,品級越低,質量越不穩定,越容易發生自然變異.

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