因為史書的編寫是有順序的。是按照地位和功勞排序的。

三國志中的吳書不是東吳的歷史，而是吳地的歷史，就像蜀書從劉焉劉璋而不是劉備開始一樣。既然是吳地的歷史，就要先寫吳地的幾個主要諸侯。孫家排在最前面，然後是劉繇太史慈他們。

太史慈被陳壽放在吳地諸侯傳裡面，不是低估，而是高估的。太史慈的傳記結束後才輪到吳國的妃嬪、宗室、高階文官、都督，再往後才是十二虎將。如果把太史慈放在虎將目錄裡面，反而是降低了太史慈的身份。

東吳十二虎臣，指的是程普、韓當、黃蓋等十二位功勳卓著、武力高強的武將，這些人或是一開始就跟隨孫堅，或是中途加入孫策、孫權麾下。

而太史慈在《三國志》中，是和劉繇、士燮放在一個傳記裡面，感覺陳壽是把太史慈拔高了一級，不僅僅是把太史慈當成吳國將領，而是視為了一方割據勢力。

那麼太史慈曾經獨立過嗎？《三國志》中記載：

慈當與繇俱奔豫章，而遁於蕪湖，亡入山中，稱丹楊太守。是時，策已平定宣城以東，惟涇以西六縣未服。慈因進住涇縣，立屯府，大為山越所附。

就是說太史慈曾經自稱過丹楊太守，自己獨霸一方，招收了不少人馬，後來被孫策招降。

投降孫策後，太史慈很受重用，用孫策的話說：“今日之事，當與卿共之。”可見孫策也是想和太史慈共圖大業，有種創業合夥人的感覺。

太史慈投降孫策後，就被任命為折衝中郎將，授予兵權，這個時候的中郎將官職很高了，像黃蓋這樣的老臣，是赤壁之戰立下大功才拜的中郎將，此時好多武將都只是都尉這個級別。太史慈跟著孫策東征西討，立下大功，曾經幫助孫策招降劉繇舊部萬餘人，使得孫策實力大壯。

後來由於南方的劉磐猖獗，太史慈就一直在海昬防禦劉磐，等孫權繼位後，把南方的事情都委託給太史慈。太史慈死後，這個職位由程普頂替，程普作為十二虎臣中的老大哥，頂了太史慈的缺，這也說明太史慈的地位在十二虎臣之上。

另外，從品格上講，太史慈是三國時期有名的義士，可以說他的表字“子義”和他的品格十分貼切，陳壽評價他有古人之風，在動盪的三國年間，仍然堅守心中的大義，這也是太史慈值得稱道的一點。

首先要更正題主問題裡一個小錯誤，東吳十二虎臣並非出自《三國演義》，而是《三國志》。而陳壽不將太史慈和程普等人並列，是從他的歷史地位角度考慮的。

在《三國志·吳書十》裡，將程普、黃蓋、韓當、蔣欽、周泰、陳武、董襲、甘寧、淩統、徐盛、潘璋、丁奉等十二人並列成傳，而在結語裡又寫到這十二人都是“江表之虎臣”，所以後人也將他們叫做十二虎臣。在《三國演義》裡並沒有這一說法。

太史慈確實是一員猛將，根據《三國志》記載，黃巾軍管亥圍攻北海時，太史慈為了報答孔融厚待自己母親之恩，單騎突圍去平原向劉備求援，搬來救兵解了北海之圍。

而在劉繇和孫策交戰時，太史慈曾經奉命率一個騎兵出去偵察，結果和孫策、韓當、宋謙、黃蓋等十三人突然遭遇。太史慈雖然人少，卻毫不畏懼，主動上前攻擊，和孫策殺了一個不分勝負。最後孫策奪了太史慈的手戟，而太史慈搶了孫策的兜鍪，兩人打成平手，最後因為雙方大隊人馬趕來，才各自罷手收兵，這也是《三國演義》裡孫策和太史慈神亭嶺之戰的歷史原型。

由此可見如果從勇猛角度來說，太史慈並不亞於東吳十二虎臣。但是在《三國志》裡太史慈在劉繇戰敗以後，和他一起逃到蕪湖，太史慈自稱丹楊太守，後來才歸降了孫策。所以作者陳壽將他視為一方諸侯，和劉繇、士燮這些曾經割據一方的人一起放在《三國志·吳書四》裡並列成傳，而不是和程普等人放在一起。

“東吳十二虎臣”的說法源於《三國志》將程普，黃蓋等東吳戰將編為一傳，由此有了這個說法，可是為何沒有太史慈呢？要知道太史慈單挑孫策不止是小說，正史裡也記載過，還是很難得的單挑案例；更不用說太史慈的箭法高超，為救孔融，在都昌城外連中箭靶，震懾敵軍，隨後成功突圍請援兵；加入東吳後，還曾經一箭射中城門之上賊人之手，並貫穿柱樑；所以，太史慈在正史上絕對猛將之選，沒有在“十二虎臣”之列，原因簡單，太史慈更具有諸侯氣質，和程普等人有很大的區別。

先來看看東吳“十二虎臣”的性質，孫堅戰死襄陽，孫策長大後，袁術歸還了原孫堅的部將部曲，大約二千人，這裡也包括“十二虎臣”的程普，黃蓋，韓當等人，這些人相當於家將了；另外蔣欽和周泰一起投奔的孫策，周泰後來還是孫權的護衛大將；董襲，陳武也是主動投奔孫策的將領，特別是陳武和孫權的關係特別好；甘寧的命運多舛，從益州一路投奔荊州劉表，後轉投東吳。而且，由於周瑜和魯肅的共同推薦，孫權拿他不當外人，史書曰：“同於舊人”《甘寧傳》；淩統更不用說，不但他的父親犧牲於東吳事業，而且得到孫權的喜愛；徐盛是孫權時代挖掘出來的客居將才；潘璋也是孫權挖掘的將領，戰場上發揮出色；丁奉原本就是東吳小將，逐漸成長為中後期東吳的中流砥柱。

東吳“十二虎臣”無一不是戰功赫赫，特別是在孫權時代的關鍵戰役中，發揮出不同的作用，比如赤壁之戰，合肥之戰，濡須之戰，偷襲荊州，夷陵之戰等等，就不一一列舉了。

但是，這不是說太史慈就沒有功績，只是相對“十二虎臣”來說，有幾個不同，第一，從孫堅，孫策開始，在袁術陣營裡就已經有一定的獨立性。上行下效，所以東吳一直也施行“私兵制”，因此，這些將領士兵相當於家兵家將，這就不難理解為何甘寧和有“知遇之恩”的呂蒙，因為手下一個廚子差點鬧出兵變了。所以，“十二虎臣”從資歷來說，“家將”的味道更濃一些，特別是太史慈不屬於主動加入陣營的；第二，太史慈入仕早，甚至早於朝廷對孫策的冊封，後來代表朝廷特使曹操送了一味“當歸”給太史慈，表示招攬，可見一斑。第三，太史慈出身早，資歷老，可是孫策，孫權一直用他抵禦南方的劉磐，直到去世。所以，太史慈的功績似乎顯得不重要，甚至有“外人”之嫌，這是為何？

（當時孫策的兵力地盤有限）

這就得從太史慈的經歷說起，大概分為三個部分，第一個部分，太史慈入仕後，為了應對州郡之間的矛盾，採取了比較大膽，義氣的做法，最終落了個流亡他鄉的下場，卻因此聲名鵲起。後來孔融被圍困，太史慈復出解救了孔融；第二部分，加入劉繇陣營，太史慈和孫策單挑就出自這段時間。後來劉繇被孫策擊敗而跑路，太史慈卻控制了涇西六縣，山越歸附繼續孫策分庭抗禮，直到被擒。歸附孫策後，根據《江表傳》，孫策很客氣的“請求”能服眾的太史慈，進入豫章一帶招募劉繇上萬部曲，並且承諾要多少兵給多少，能招來多少算多少。結果，孫策身邊一片反對，直到太史慈準時歸來，才打了眾人的臉；第三部分，就是鎮守建昌，海昏一帶了。

當然，讓太史慈對付劉表猛將劉磐，不能說不是重用，特別是劉磐身邊還有一個日後蜀漢猛將黃忠呢。但是，無論如何孫策，孫權都不敢放手使用太史慈，因為第一，太史慈曾經和孫策單挑平手，而且又沒有主動投奔孫策，是被打敗生擒才歸服的；第二，太史慈和其他的將領格格不入，上文提到眾人都不信任太史慈能回來，就是明證；第三，太史慈替孫策招攬了上萬劉繇舊部，這些人是衝著太史慈，不是孫策兄弟。作為一個成熟的領導人，在有著“私兵制”傳統的東吳，對太史慈最好的方式，就是即要用更要防；因此，陳壽把太史慈放在東吳諸侯一傳裡，不但地位比較高，同時也符合太史慈比較“尷尬”的經歷。