輸精管堵塞的治療根據不同的病因，在臨床中的治療方法主要有以下幾個方面：

一、抗感染：因生殖道感染引起的射精管口水腫一般不需手術經抗感染及物理治療控制炎症，水腫消退生殖道可恢復通暢，但需特別提醒的是此種情況只有在急性炎症期才有效。但發現輸精管道堵塞的時候往往已是炎症過後的後遺症了，此時再抗炎治療已為時已晚，且毫無效果，應該採用其他的治療方法比如吻合術。

二、輸精管吻合術：如果堵塞在輸精管，可行堵塞段切除，輸精管端端吻合術。

三、輸精管-附睪吻合術：病變在附睪尾部，可行輸精管-附睪吻合術。

四、輸精管道穿刺取精：配偶間的人工授精治療。

五、經尿道射精管切開術： 射精管口閉塞是造成堵塞性無精子症的原因之一，其病因有先天性發育異常和後天的疾病因素，如淋病、非特異性尿道炎等炎性粘連，或前列腺囊腫、巨大前列腺小囊壓迫射精管口等。表現為無精子症、嚴重的少精子症、弱精子症患者，至少有一條明顯的輸精管，並有精液量少，精液果糖無或低時，應懷疑射精管堵塞。如果血清FSH正常，睪丸活檢生精細胞發育正常，經輸精管造影檢查可確診。

六、目前治療輸精管堵塞最有效直接的治療方法——顯微鏡下輸精管道吻合術： 　　顯微鏡下輸精管道吻合術是當前治療輸精管堵塞最有效的方法，據權威專家介紹：顯微鏡下輸精管吻合術對專業技能和手術裝置都有嚴格的要求，它的成功率可高達90%以上。