無論人工繁殖或自然繁殖, 首先, 要識別大鯢的性別, 特別是在幼鯢階段及幼鯢前期, 雌雄性別區分是很困難的, 只有接近性成熟階段之後, 才有可能分辨出雌雄, 因為從外觀上不能分辨雌雄, 只有從洩殖孔內仔細觀察, 才能分辨。

方法: 將大鯢以背貼地, 以腹朝天( 防止大鯢襲擊人) , 撥開洩殖孔, 若內有一圓形勾齒者為雌性, 長圓形勾齒者為雄性, 個別雄性在洩殖孔周邊有小米粒樣突起( 在描述上很籠統, 只有在實際操作中相對比才能準確判斷) 。

無論人工繁殖或自然繁殖，在幼年娃娃魚階段， 雌雄性別區分是很困難的， 只有在大鯢接近性成熟階段之後， 才能分辨出雌雄。 而在成熟後大致有以下幾個方法可以分辨娃娃魚的性別。

1、從外觀上，成年雄性體型較大，雌性體形較小。

2、從活動上，雄體活潑靈敏，雌體腹部肥大，行動遲緩。

3、從生殖系統上，雄體洩殖腔孔隆起，特別在生殖季節，孔裂長，有明顯絨毛狀乳突，甚至向外凸出，而雌體的洩殖腔孔平伏，孔裂較短，無明顯乳突。

4、透過洩殖孔的不同來區分。雄性洩殖孔的內周有一圈突出的白色乳點，孔的周圍充血紅腫，桔瓣狀的肌肉隆起。雄性洩殖孔長， 左右各有一橢圓形的橘瓣狀隆起， 為其皮下的洩殖腔腺， 且在洩殖孔周圍有一圍明顯的白色顆粒狀突起。雌性洩殖孔略小， 無洩殖腔腺， 因此孔周圍無隆起， 亦無小顆粒， 雌性洩殖孔的肌肉是松。