媽祖在宋雍熙四年（987年）年以後，當地漁民立一座香火小祠，稱之為“通靈神女”。此後，歷經南宋、元、明、清各朝尊號的出現。　　民間的稱呼有兩個原因：　　一、“媽祖”是林姓家族人對其的尊稱。“媽祖”的“媽”，不是媽媽之意，而是奶奶之意。而“媽”與“祖”連在一起稱呼，就是對族內年高德勳的女人的尊稱。因此媽祖是林姓族人對媽祖的暱稱。莆田林姓族人還暱稱為“姑媽”，更下輩的也有稱“祖媽”的，臺灣林姓人也有稱為“祖佛”的，後來逐漸順口稱為“媽祖”，以此來稱呼自己的先輩，就顯得更加親切了。　　二、“媽祖”是民間神祗。隨著媽祖信仰的推廣，媽祖信仰不僅得到了朝廷的肯定和推崇，也成了所有人共同信仰的民間神女，於是世人就跟隨林姓族人尊稱她為“媽祖”。這樣“媽祖”這個名稱，就傳遍世界，代代相傳至今

除了「婆」的稱呼，也有人稱媽祖為「姑婆」、「姑婆祖」。姑婆是祖父之姐妹，姑婆祖則指曾祖父之姐妹，皆屬女性長輩。臺灣各地林氏家廟、宗祠多有配祀媽祖，稱媽祖為姑、姑婆、姑婆姐，是基於媽祖也姓林，將媽祖視為「本家人」奉祀。有趣是，媽祖是林氏宗親、女兒，並非林氏始祖，再偉大也不能僭越林姓祖先，因此許多林氏宗祠裡，媽祖經常被供奉在左右偏位。對林氏宗親而言，也常有謂「姓林的媽祖顧子孫」之俗諺，意謂著媽祖將會特別照顧林姓子孫，強調林姓與媽祖同宗之血緣關係，當然就比一般信徒與媽祖更為親密。