阿古柏的軍隊並不強大，對於左宗棠來說，西征最大的問題一是錢，二是糧。

當時清政府經歷了兩次鴉片戰爭，太平天國起義等，財政十分緊張，西征出動數萬大軍，需要耗費幾千萬兩白銀，對當時的清政府來說是一個很多大的負擔。最後是透過向外國銀行借款解決了這個問題。

而新疆地廣人稀，從內地轉運路途遙遠，所以糧食供應也是一個大問題。因此當時一方面從內地購買糧食，另一方面努力就地籌措。恰好沙俄因為阿古柏和英國接近而不滿，因此主動聯絡左宗棠，中亞俄軍將糧食賣給西征軍，解決了西征軍的糧食問題。

解決錢和糧以後，阿古柏就不是問題了。

阿古柏以一介浩罕國僱傭軍首領的身份，能在新疆建立哲德沙爾汗國，其原因並不是因為他有著強大的武裝力量，而是因為當時清政府正忙於鎮壓陝甘回民大起義，對新疆地區的叛亂鞭長莫及所致。俄羅斯與大英帝國出於各自爭霸中亞的利益，對阿古柏哲德沙爾汗國均先後給予承認，而俄國更是直接出兵以平亂為名侵佔了新疆北部重鎮——伊犁，可以說，清廷如果還對收復新疆猶豫不決的話，該地區就此被阿古柏與俄國瓜分的前景即將出現。

圖為阿古柏伯克

經過朝堂上爭鋒相對的廷議，及迫於國內外輿論的壓力。公元1875年，清廷以新繼位的光緒帝的名義，任命已成功平定回亂的陝甘總督左宗棠以欽差大臣督辦新疆軍務。第二年春，左宗棠以心腹湘軍為主、輔以原新疆殘餘諸軍，合計近六萬人組成西征軍，正式開始了收復新疆的征程。

按照原議定計劃，西征軍以湘軍大將劉錦棠為先鋒，先攻北疆烏魯木齊，而後擇機揮軍天山以南。此時阿古柏從各路情報中已知曉清軍的預謀，他讓被自己收留的陝西回軍首領白彥虎部，在烏魯木齊以東佈防，充當抵擋清軍的第一道防線。自己則派軍駐紮達坂城和托克遜一帶，成為阻擋清軍前進的第二道防線。

次年春夏之交，激戰得以展開，劉錦棠部湘軍以收編的降將董福祥、張俊為先鋒，猛攻白彥虎部的防線，一鼓擊潰，乘勝拿下烏魯木齊，白彥虎推駐達坂城，企圖繼續頑抗時，清軍跟蹤追擊已到，在金順炮隊不斷轟擊、董福祥坑道挖掘同時進行的打擊下，白彥虎等死守月餘後，終於棄城遠遁，另一叛亂首領清真王妥得璘被清軍俘獲處斬。至此，北疆被清軍迅速控制。

經過一個冬季的修整後，劉錦棠揮師南下，與自本壘、哈密前來的徐佔彪、張曜兩軍合擊吐魯番，敵守將馬人得眼見眾寡不敵，直接領部下萬餘人出降。吐魯番被攻克後，通向南疆哲德沙爾汗國的大門已經被開啟，此時各地的阿古柏部屬們人心惶惶，多有動搖瓦解者，當年四月，正在庫爾勒糾集軍隊的阿古柏，被軍心已亂的部下們殺死，他的兒子海古拉率一部分阿古柏生前心腹，攜阿古柏的屍體，逃往老巢——喀什葛爾，不想其兄伯克胡裡率軍在途中截殺了海古拉，奪取了搖搖欲墜的哲德沙爾汗國可汗的位置。

伯克胡裡企圖整頓軍心，再與清軍較量，他讓白彥虎等駐防庫爾勒充當炮灰，自己屯軍阿克蘇備戰。不想，白彥虎也不是善茬，對之陰謀洞若觀火，當劉錦棠七月筆記庫爾勒時，白彥虎悍然掘開都河，使庫爾勒城陷入一片澤國，自己則一路大掠百姓後，退往庫車。各路清軍雖被洪水襲擊，遭到了一定的損失，但是之後繞過庫爾勒洪泛區後，在庫車、阿克蘇和烏什等地連破敵軍，勢不可擋。十月間，清軍直搗哲德沙爾汗國的重心——西四城，這時沿路百姓群起響應清軍，紛紛圍攻各自駐紮的敵軍。伯克胡裡、白彥虎等已淪為“過街老鼠”，最終分別自葉爾羌和喀什葛爾逃奔俄國境內，喧囂一時的哲德沙爾汗國，就此在歷史舞臺上灰飛煙滅。

謝謝邀請。首先阿古柏的軍隊並不像你想的那麼強悍。他從浩罕汗國帶兵過來的時候只有7000人。當時新疆內部發生的各種叛亂。他明顯抓住這個機會。趁機擴大自己的勢力。建立了所謂的七城國，當時的滿清政府一方面要應對英法聯軍的侵略。另一方面要應對太平天國。再加上陝甘回亂大大削弱了滿清政府在當地的實力，根本無暇顧及新疆。這才讓他的勢力坐大，當太平天國被鎮壓。英法聯軍得到了足夠的利益，退出北京。又經過多年戰爭，平定了，陝甘回亂。收復新疆就提到了日程上。只需要解決兩個問題。一是精銳部隊。二是錢糧物資。左宗棠手下的湘軍士兵們身經百戰。戰鬥力十分兇悍。再加上大量裝備了洋槍洋炮。這絕不是阿古柏的軍隊所能抗衡的。左宗棠又說服了胡雪巖。用他的信用向外國銀行貸款。終於籌集了20000000兩銀子。有了錢糧，事情就好辦了。阿古柏的滅亡只是時間早晚。

1864年新疆地區爆發了以回民為主體的民變。一時間整個新疆局面混亂不堪，1865年初中亞浩罕國的軍官阿古柏乘亂侵入新疆，佔據了天山南北的大部份地區。

當阿古柏的勢力浸入烏魯木齊之時，沙俄也於1871年7月份出兵侵入了伊犁。還叫囂著要奪取烏魯木齊，拿下哈密。1872年~1873年阿古柏以艾米爾的名義分別同英、俄簽定條約，以換取西方列強對他的支援。

此時之新疆已實際上脫離了清政府的管轄，如何應對新疆危局儼然已是清廷頭等國事。還因此掀起了近代中國海防與塞防之爭的大辯論。

以李鴻章為代表的淮系集團主張海防為重，認為，新疆之不復，於肢體之元氣無傷，應移西餉以助海防。以王文韶為代表的湘系集團則認為沙俄以吾國接壤，現已吞噬我上百萬平方公里之土地，若置之不理必成中國最大之禍患。應以塞防為主，集中力量保衛西北，使俄人不能逞志於西北，則各國必不至構釁於東南。

左宗棠力主收復新疆。左公言：重新疆者所以保蒙古；保蒙古者所以衛軍師。左公之言深切要害，慈禧太后採用了左公以塞防為重之策略，決定以左宗棠掛帥出兵收復新疆。

公元1876年4月，左宗棠率 老湘軍220營之大軍浩蕩蕩兵出嘉峪關，行時抬棺出塞，不復新疆誓不還。

阿古柏早接到探子的報告，用沙俄支援的重炮擺下了三道防線，還揚言要用左宗棠的腦袋來換得清政府對他的哲德沙爾汗國的承以。

左宗棠聞知後哈哈大笑，言之：他擺他的宴席，吃不吃在我！左宗棠派出幾營人馬，於敵陣前做出一幅正面進攻的架勢，主力部隊卻迂迴敵後，向天山北路進軍，先打依附叛軍的白彥憲部。白彥憲知曉左宗棠要拿他祭旗，嚇的魂飛魄散，虛晃了幾槍便怱怱敗逃。

清軍勢如破竹，迅速席捲北彊大部。傾刻間，哲德沙爾汗國的江山就丟失了大半。當塞外胡柳吐露新芽之時，左宗棠的大軍由北向南殺向了盤距多年的阿古柏軍。清軍一鼓作氣，連克吐魯番等八城。阿古柏眼看抵擋不住，想帶著殘部退入沙俄境內，但此刻的沙俄早就對兵敗如山倒的阿古柏失去了興趣，拒絕其入境。

此時的阿古柏品嚐著窮途暮路的滋味，走頭無路之下，落了個服毒自盡的下場。

左宗棠擊敗阿古柏，迅速收復新疆，名垂青史。原因有以下幾點：

首先阿古柏自身並非很強大。他只是浩罕國一名官吏利用新疆各族之間矛盾，又值清政府在鎮壓陝甘民亂無暇顧及新疆，建立了所謂哲德沙爾國。內部也並非鐵板一塊。其次左宗棠說服了清政府，以欽差大臣的身份全權指揮收復新疆，以自己的湘軍為班底，再加上回民降軍，清駐疆軍隊組成了一隻隊伍，裁撤老弱病殘，購買或製造當時水平先進的武器進行武裝訓練，再以劉錦棠等名將統領，士氣高昂，戰力超過阿古柏的軍隊。左宗棠制訂了緩進急戰，先北後南的正確戰略方針也是快速收復新疆原因。再次收復新疆是正義之戰，受到新疆各族人民大力支援，在平叛中各族人民踴躍支援清軍也是勝利原因之一。