《赤痕》的戰鬥系統主要分為碎片和武器兩大部分。碎片可以說與《惡魔城 曉月/蒼月/刻印》裡的魂與刻印一脈相承，只不過在本作中獲得了更為長足的進化。本作中一共有6種類型的碎片。紅碎片是一次性按鍵發動型；藍碎片為可以按住按鍵持續發動的型別；紫碎片是新追加的型別，可以在使用前或使用時控制角色的手定向瞄準；黃碎片與灰碎片是被動型，裝備即可生效；綠碎片是使魔型，由於本作沒有類似“月下”的魔導器這種概念，所以使魔型是一種單獨的型別，裝備一個就可以戰鬥。這裡面紅碎片與紫碎片除了用於戰鬥，也有不少會用於與場景互動達到解謎效果。

比如下圖這個鐵處女機關，玩家可以選擇獲得特殊碎片把它移動走，也可以在前期沒拿到特殊碎片時，把怪物踹到鐵處女處觸發機關，從而安全透過。遊戲中存在很多類似可以互動的機關。後期拿到了強大的上下顛倒能力碎片和快速衝刺碎片後，這個城就不再有米莉婭姆去不了的地方。

所有的碎片都有兩個成長標準：等級與層級。持有該種碎片的數量越多，等級就越高，效果也會越強；層級則需要透過鍊金術強化提升，不同型別的碎片強化效果也不同。比較值得注意的是黃碎片，在強化至層級9的時候就會追加一個相同的灰碎片，變為可以隨時控制開關是否生效的被動，效果還可以與黃碎片疊加（比如玩家強化了一個9層9級的「劍強化」，開啟這個強化的同時玩家還可以裝備一個「劍強化」的黃碎片）。