、小智失蹤。然後小黃，正輝踏上找小智的旅途，而小智的比卡丘就跟隨著小黃，而後就小茂也就是大木博士的孫子還有火箭隊三幹部在經歷一系列冒險之後一起還有夏伯一起到了四天的根據地也就是一個島之後。

2、在電館首領和正輝不敵志霸也就是格鬥天王時小智出現。並且最後三個圖鑑擁有者聚集到了一起給予了小黃力量讓已經打敗火箭隊老大坂木老人的龍天王渡承受皮卡丘的百萬伏特後超路基亞失敗。

3、通關後，去中心上方的地震鯰魚池塘，對話後進化洞開啟。進化洞只允許一個人進去。洞內有一水晶，對話，問你是否要進化，選第一項，確定要進化。然後又出現3個選項，第一個等級進化，第二個是用道具進化，第三個是放棄。如果你的等級或者裝備的道具達到要求，就可以進化了。有2段進化的PM需要進化2次。

4、讓隊伍變成一個人的方法：通關後隨便去一個迷宮，出來後同伴就會回到他的園地裡去了。

5、到園地裡找到你想要它當隊長的PM，對話選第一項，先讓他加入你的隊伍。再對話，選第二項即可。

6、在屋子旁遇到愈加王，對話後再到中心廣場與荷葉童子對話，再前往池塘與地震鯰魚對話，得到技能。之後就可以去迷宮冒險了，共40層，最底層是海皇牙，BOSS戰。

7、共30層，在底層遇到炎帝，BOSS戰。戰勝炎帝后迷宮出現，30層，底層遇到雷皇，BOSS戰。

8、將它打敗後出現，30層，底層遇到水君，戰勝後取得(七彩羽毛)，は迷宮開啟。拿著(七彩羽毛)去迷宮，40層，底層是鳳凰，BOSS戰。回到廣場遇到圈圈兔，對話，任務完成。另外第二次去可以入手鳳王。

9、入手鳳王之後觸發新劇情，迷宮出現，一共99層，頂層是超夢，BOSS戰。購買超夢的友誼園地後，再次打倒它就會加入隊伍。

10、去胖丁那裡購買水都的友誼園地，一天後發生地震，觸發水都劇情，迷宮出現，共25F，底層可遇到藍水都。

11、打倒藍水督後回到廣場觸發劇情，迷宮開啟，仍是25F，底層可遇到紅水都。

12、某日大嘴鷗送來任務信，接收後到中心廣場與木天狗對話，迷宮出現，一共99層。在15F、25F、35F分別遇到巖神柱、冰神柱和鋼神柱，打敗他們後分別得到。這三個道具可以合成音盒，帶著它在36F以後冒險便會隨機遇到夢幻。

14、路基亞加入隊伍後，天然鳥出現在主角的房子前，對話，迷宮出現。如果身上的道具多於3個則不能進入該迷宮。共20層，底層是迪奧西斯，BOSS戰。