預繳的稅費可以稅前扣除
營業稅暫行條例實施細則第二十五條規定，納稅人轉讓土地使用權或者銷售不動產，採取預收款方式的，其納稅義務發生時間為收到預收款的當天。納稅人提供建築業或者租賃業勞務，採取預收款方式的，其納稅義務發生時間為收到預收款的當天。因此，對於房地產開發企業來說，收到預售房地產或租賃收入或建築勞務款項時，營業稅納稅義務時間已經發生，應按規定繳納營業稅、城市維護建設稅和教育費附加等相關稅費。
土地增值稅暫行條例實施細則第十六條規定，納稅人在專案全部竣工結算前轉讓房地產取得的收入，由於涉及成本確定或其他原因，而無法據以計算土地增值稅的，可以預徵土地增值稅，待該專案全部竣工，辦理結算後再進行清算，多退少補，具體辦法由各省、自治區、直轄市地稅局根據當地情況制定。因此，對於房地產開發企業來說，土地增值稅一般實行的是預售預繳、達到清算條件後清算的徵管方法。
由此可見，對於房地產開發經營企業來說，營業稅、城市維護建設稅、教育費附加和土地增值稅，在房地產預售環節都要按規定納稅。根據目前的財務會計規定，這些稅費一般是透過營業稅金及附加核算的。國稅發〔2009〕31號檔案第十二條規定，企業發生的期間費用、已銷開發產品計稅成本、營業稅金及附加、土地增值稅准予當期按規定扣除。因此，房地產企業在預售環節，繳納的稅費是可以在所得稅前扣除的。
部分預提費用可以作為計稅成本對待
《國家稅務總局關於企業所得稅若干問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第34號）第六條規定，企業當年度實際發生的相關成本、費用，由於各種原因未能及時取得該成本、費用的有效憑證，企業在預繳季度所得稅時，可暫按賬面發生金額進行核算；但在彙算清繳時，應補充提供該成本、費用的有效憑證。根據該規定，企業在彙算清繳日結束以前，仍未取得成本費用有效憑證的，不得在所得稅前扣除。
同時，國稅發〔2009〕31號檔案第三十二條規定，除以下幾項預提（應付）費用外，計稅成本均應為實際發生的成本：一是出包工程未最終辦理結算而未取得全額髮票的，在證明資料充分的前提下，其發票不足金額可以預提，但最高不得超過合同總金額的10%。二是公共配套設施尚未建造或尚未完工的，可按預算造價合理預提建造費用。此類公共配套設施必須符合已在售房合同、協議或廣告、模型中明確承諾建造且不可撤銷，或按照法律法規規定必須配套建造的條件。三是應向政府上交但尚未上交的報批報建費用、物業完善費用可以按規定預提。物業完善費用指按規定應由企業承擔的物業管理基金、公建維修基金或其他專項基金。
由此看來，國家稅務總局公告2011年第34號和國稅發〔2009〕31號檔案對提供有效憑證的時間問題，規定不一致。對此，我們一般只承認國家稅務總局公告2011年第34號，而預設國稅發〔2009〕31號檔案自動失效，是因為國家稅務總局公告2011年第34號屬於最新規定，按照稅法的適用原則，新法優於舊法。但事實上截然不同，國稅發〔2009〕31號檔案並未失效。我們可以參照立法法第八十三條的規定，即同一機關制定的法律、行政法規、地方性法規、自治條例和單行條例、規章，特別規定與一般規定不一致的，適用特別規定；新的規定與舊的規定不一致的，適用新的規定。國家稅務總局公告2011年第34號屬於一般規定，國稅發〔2009〕31號檔案屬於特別規定，仍然有效。至於立法法第八十三條“新的規定與舊的規定不一致的，適用新的規定”，這是對同一個級別的特別法或同一個級別的一般法而言的，和執行國稅發〔2009〕31號檔案中3項預提（應付）費用並不矛盾。
預繳的稅費可以稅前扣除
營業稅暫行條例實施細則第二十五條規定，納稅人轉讓土地使用權或者銷售不動產，採取預收款方式的，其納稅義務發生時間為收到預收款的當天。納稅人提供建築業或者租賃業勞務，採取預收款方式的，其納稅義務發生時間為收到預收款的當天。因此，對於房地產開發企業來說，收到預售房地產或租賃收入或建築勞務款項時，營業稅納稅義務時間已經發生，應按規定繳納營業稅、城市維護建設稅和教育費附加等相關稅費。
土地增值稅暫行條例實施細則第十六條規定，納稅人在專案全部竣工結算前轉讓房地產取得的收入，由於涉及成本確定或其他原因，而無法據以計算土地增值稅的，可以預徵土地增值稅，待該專案全部竣工，辦理結算後再進行清算，多退少補，具體辦法由各省、自治區、直轄市地稅局根據當地情況制定。因此，對於房地產開發企業來說，土地增值稅一般實行的是預售預繳、達到清算條件後清算的徵管方法。
由此可見，對於房地產開發經營企業來說，營業稅、城市維護建設稅、教育費附加和土地增值稅，在房地產預售環節都要按規定納稅。根據目前的財務會計規定，這些稅費一般是透過營業稅金及附加核算的。國稅發〔2009〕31號檔案第十二條規定，企業發生的期間費用、已銷開發產品計稅成本、營業稅金及附加、土地增值稅准予當期按規定扣除。因此，房地產企業在預售環節，繳納的稅費是可以在所得稅前扣除的。
部分預提費用可以作為計稅成本對待
《國家稅務總局關於企業所得稅若干問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第34號）第六條規定，企業當年度實際發生的相關成本、費用，由於各種原因未能及時取得該成本、費用的有效憑證，企業在預繳季度所得稅時，可暫按賬面發生金額進行核算；但在彙算清繳時，應補充提供該成本、費用的有效憑證。根據該規定，企業在彙算清繳日結束以前，仍未取得成本費用有效憑證的，不得在所得稅前扣除。
同時，國稅發〔2009〕31號檔案第三十二條規定，除以下幾項預提（應付）費用外，計稅成本均應為實際發生的成本：一是出包工程未最終辦理結算而未取得全額髮票的，在證明資料充分的前提下，其發票不足金額可以預提，但最高不得超過合同總金額的10%。二是公共配套設施尚未建造或尚未完工的，可按預算造價合理預提建造費用。此類公共配套設施必須符合已在售房合同、協議或廣告、模型中明確承諾建造且不可撤銷，或按照法律法規規定必須配套建造的條件。三是應向政府上交但尚未上交的報批報建費用、物業完善費用可以按規定預提。物業完善費用指按規定應由企業承擔的物業管理基金、公建維修基金或其他專項基金。
由此看來，國家稅務總局公告2011年第34號和國稅發〔2009〕31號檔案對提供有效憑證的時間問題，規定不一致。對此，我們一般只承認國家稅務總局公告2011年第34號，而預設國稅發〔2009〕31號檔案自動失效，是因為國家稅務總局公告2011年第34號屬於最新規定，按照稅法的適用原則，新法優於舊法。但事實上截然不同，國稅發〔2009〕31號檔案並未失效。我們可以參照立法法第八十三條的規定，即同一機關制定的法律、行政法規、地方性法規、自治條例和單行條例、規章，特別規定與一般規定不一致的，適用特別規定；新的規定與舊的規定不一致的，適用新的規定。國家稅務總局公告2011年第34號屬於一般規定，國稅發〔2009〕31號檔案屬於特別規定，仍然有效。至於立法法第八十三條“新的規定與舊的規定不一致的，適用新的規定”，這是對同一個級別的特別法或同一個級別的一般法而言的，和執行國稅發〔2009〕31號檔案中3項預提（應付）費用並不矛盾。