主要區別是，品種不同、形態特徵不同、產地生境不同，具體如下：

一、品種不同

1、貼梗海棠

貼梗海棠，別稱鐵腳海棠、鐵桿海棠、皺皮木瓜、川木瓜、宣木瓜。是薔薇目、薔薇科、木瓜屬、貼梗海棠種。

2、日本海棠

日本海棠，別稱倭海棠、日本木瓜。是薔薇目、薔薇科、木瓜屬、日本木瓜種。

二、形態特徵不同

1、貼梗海棠

落葉灌木，高達2米，具枝刺，小枝圓柱形，開展，粗壯，嫩時紫褐色，無毛。葉片卵形至橢圓形，稀長橢圓形。花瓣近圓形或倒卵形，具短爪，長1～1.5釐米，猩紅色或淡紅色，果實球形或梨狀，秋季成熟時黃色。花期4月，果期10月。

2、日本海棠

矮灌木，高約1米，枝條廣開，有細刺，小枝粗糙，圓柱形，幼時具絨毛，紫紅色。葉片倒卵形、匙形至寬卵形，花瓣倒卵形或近圓形，基部延伸成短爪，長約2釐米，磚紅色。果實近球形，黃色，花期3-6月，果期8-10月。

三、產地生境不同

1、貼梗海棠

產於中國陝、甘南、豫、魯、皖、蘇、浙、贛、湘、鄂、川、黔、滇、粵等省，全國各地均有栽培。喜光，有一定耐寒能力，對土壤要求不嚴，但喜排水良好的肥厚壤土，不宜在低窪積水處栽植。

2、日本海棠

原產於日本。中國陝西、江蘇和浙江庭園習見栽培。 喜充足的Sunny，亦耐半陰，稍耐寒。在鹽鹼土和黏性土中生長不良。喜溼潤，但怕漬水爛根。 適應性強，能耐低溫。