朱元璋剛開始時以南京（應天）為大本營，所以後來稱帝后自然定都南京，但稱帝后得建太廟啊，把自己祖宗七代都封帝，所以鳳陽作為朱元璋祖墳所在，自然成了重點保護物件，所以也是一都。再後來朱棣從北京起家造反成功，加上蒙古在北方準備反撲，朱元璋又把能打仗得將領幾乎殺光了，沒辦法只能朱棣親自去守國門，所以北京也成了一都。

明代科舉分南北卷，但鑑於貴州雲南等偏遠地區也被分在南卷裡同江南的考生一起開始實在差距太大，索性就再加個中卷，把雲貴地區和中都鳳陽劃在中卷，分為南北中三卷。

鳳陽乃朱元璋祖先墳墓所在，故為中都；南京乃朱家滅元建明大本營，且為明初首都，成祖新遷後，於舊都常設官留守，行其政事，稱留都。明太宗以北平為基地靖難起兵，其勢力主要在北方，且為防禦蒙古，實行“天子守國門，君王為社稷”，改北平為京師，是為首都。明朝故而有三首都。

明代共有三都，分別是北都北京，南都應天，以及中都鳳陽。明太祖朱元璋佔領應天后，西擊陳友諒，東敗張士誠，徹底穩定其霸業。應天雖然是朱元璋的興王之地，但他的目光已經投向了故鄉——安徽鳳陽。

洪武二年，徐達和常遇春率領的北伐明軍將元朝的殘餘勢力驅逐至漠北，至此天下一統，為這個新興帝國選定都城之址便提上了日程。在八月的朝會上，諸大臣提出以北平、汴梁、長安、洛陽等都城方案，朱元璋則以“臨濠前江後淮，以險可恃，以水可漕，朕欲以為中都，何如？”作為理由。開國元勳多淮西故舊，能夠衣錦還鄉自然眾望所歸，鳳陽便以帝都的標準開始營造。

早在至正十二年，即朱元璋登基前一年，位於鳳陽的朱元璋父母陵墓就開始以皇陵的標準開始修建，作為大明的龍興之地，鳳陽自立國伊始便受到了朱元璋的重視。作為一代雄主，明太祖朱元璋是不可能將帝國中心放於鳳陽的，無論從地理位置還是經濟、文化水平，鳳陽都無法與虎踞龍盤的應天相比。所以，中都鳳陽的營造及設立只是一個政治工程，明太祖朱元璋未在中都設立相應的中央機構便是例證。

在聽取劉基等大臣的建議後，朱元璋將目光重新轉回南京，並著力打造明帝國的核心，應天的帝都格局就此形成。朱元璋崩後，由其孫朱允炆即位，史稱建文帝。因為其登基伊始便以殘酷手段實施削藩，激起了燕王朱棣的反抗。鎮守北平的燕王手中握有大批軍隊，其職責主要是防守帝國的北疆，並打擊來犯的北元。朱棣領導北軍展開了長達四年的靖難之役，並獲得了成功，他於應天即位，史稱明成祖。

明太祖朱元璋在位期間，對北元發動了八次北伐，使北元勢力龜縮漠北，不得妄動，平日中也有朱棣燕軍的威懾，所以北疆無事。但靖難之役後，朱棣於應天登基，遠離塞北，導致明帝國北疆兵力空虛，永樂七年丘福十萬大軍全數覆滅更使邊患凸顯。為了穩固帝國的統治，朱棣便於永樂十二年遷都至北平，改稱順天。

朱棣遷都後，由於明太祖朱元璋葬於應天，且隨著南方經濟的高度發展，應天處於帝國東南的核心位置，其地位仍然十分重要。所以，朱棣不改應天帝都身份，將其作為明帝國的南都，並在此地設立與北京同樣的中央辦公機構，明帝國中、北、南三都的格局就此形成。

參考資料：

1.朱子彥.論永樂帝遷都北京[J].上海大學學報(社會科學版),1989(01):84-88

明朝的三個首都分別是：順天府（北京）、應天府（南京）和中都鳳陽。

南京，原名金陵，朱元璋將其更名為應天府，作為初建的大明朝的首都。

洪武二年，朱元璋又將自己的老家：安徽省鳳陽縣設定為都城，是為中都，意為“中天而立之都”，有著龍興之地的意思。

洪武三十一年6月24日，朱元璋駕崩，皇太孫朱允炆登基，是為建文帝，初登大寶的朱允炆，重用齊泰、黃子澄、方孝孺等人，採取了一系列改革措施，否定了爺爺朱元璋的諸多政令，其中具有最大影響的改革便是：削藩。

朱允炆的這個舉措遭到了藩王叔叔們的反抗，四叔朱棣反抗的最徹底，於建文元年在北平起兵，這就是著名的“靖難之役”。

靖難之役成功後，朱棣登基大寶，便是歷史上著名的永樂皇帝。

永樂十九年（1421年），朱棣將都城北遷至自己的燕王府舊地北平，更名為順天府，作為明朝的京師，南京應天府作為留都。

至此，大明朝的三座都城的格局正式形成。

按照您的邏輯

大清帝國有4個首都

遼陽（金時都城）

瀋陽（瀋陽皇城）

北京（國都皇城）

在

明代有三個首都，京都北京、留都應天府（今南京）和中都鳳陽。

明太祖朱元璋建立明王朝後，以應天府（今南京）作為首都。作為當時的國度，南京東盡鐘山之麓，西阻石頭之固，北控湖山，南臨長幹，秦淮貫穿其中。臺灣歷史作家高陽在其《明朝的皇帝》一書中這樣寫道：“相傳南京城在明初由沈萬三捐獻建造，此非虛語。”《明史 后妃傳》中對此事也有記載。

南京城興建與明洪武二年，由鉅富沈萬三承擔了三分之一的工程。南京城的堅固是非常有名的，以花崗石為基礎，巨磚為牆，並煮糯米加入石灰塗在牆外，堅固異常，稱得上是固若金湯。

朱元璋去世後，因太子早逝，所以太祖之孫、太子之子朱允炆即位，是為建文帝。建文帝叔父燕王朱棣起兵造反，攻克南京，宮中燃起大火，建文帝不知所終。朱棣在北京即皇帝位，是為明成祖。朱棣篡位後，遷都北京，原首都應天府更名為南京，定為留都。

明成祖朱棣

留都南京與北京一樣，有一套完整的中央政府班子，有內閣，有六部，還有其他辦事機構。但南京的政府班子只是名譽性的，基本沒有實際權力。舉例說明，同為吏部尚書，在北京政府中掌管全國官員的任用和考核，實權在握；但南京政府卻只是掛名的，沒有任何權力。

除了北京和南京，明朝還有一箇中都鳳陽。熟悉明史的讀者都知道，鳳陽是朱元璋的故里，同時也是一個非常貧窮的地方。朱元璋稱帝后，將自己的家鄉定為陪都，後稱中都。學者孟凡人在《明朝都城》中考證，朱元璋傾全國之力營建鳳陽，其豪華和堅固程度，南京和北京都望塵莫及。

中都鳳陽遺址

中都鳳陽位於安徽省滁州市鳳陽縣城西北，與南京城同時營建，由明朝大臣李善長主持。今天，明中都遺址已經成為國家考古遺址公園和全國重點文物保護單位，被列入中國世界文化遺產預備名單。

明朝先有應天南京，1368年之後，朱元璋又立鳳陽為中都。其實，洪武年間，明朝廷亦有遷都之想，太子朱標曾實地考察過西安，開封等地，後來因為種種原因而作罷。永樂17年，朱棣最終遷都北京。

中都鳳陽、南都南京、北都北京

朱元璋打下天下後，在8月的朝會上，大臣們提出定都北平或是汴梁、長安、洛陽等地的建議，但是朱元璋想要把鳳陽定為中都。

但是，作為皇帝，明太祖朱元璋不可能把明朝的中心放在鳳陽，因為應天地理位置、經濟和文化水平當時遠超鳳陽。

在聽取了劉基等大臣的建議後，朱元璋把目光放回了南京，決定在南京打造明朝的核心。其朱元璋去世後，他的孫子朱允炆即位，史稱建文帝。

但是因為建文帝的削藩政策，燕王朱棣等人想要反抗，朱棣發動了靖難之役，最後成功稱帝，史稱明成祖。朱棣在應天登基，遠離塞北，造成明朝北疆兵力不足，邊境存在隱患。

在永樂7年，丘福10萬兵馬全軍覆沒更讓這個問題變得嚴峻。為了穩定明朝的統治，明成祖朱棣在永樂12年遷都北平，改稱順天。

因為明太祖朱元璋安葬在應天，應天位於明朝東南的核心地區，地位依然很重要。所以，明成祖朱棣將應天定為南都，明朝南都、北都和中都三個都城的格局就這樣形成了。