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爬行動物源於兩棲動物。年代上，爬行動物出現的時候，兩棲動物已經誕生一億年以上了。這兩種動物外觀很相似，實則完全不同。這裡只說最顯著的區別:它們的生存繁衍與水體的關係。兩棲動物之所以被稱作兩棲，就是因為它們的交配、產卵和發育必須得在水中進行。它們的卵沒有外殼，雌性在水中把卵產出的同時雄性給卵授精。孵化出的幼體需要完全在水中生活一段時間才能爬上陸地，在此期間它們是用腮呼吸的。（有些兩棲類動物則終身生活在水中，用腮呼吸比如一些種類的蠑螈。）

成年後，兩棲動物開始用肺呼吸空氣。以蛙類為例，成年後，它們的腮完全退化，只依靠肺（面板輔助）呼吸了。

兩棲動物無法徹底適應陸地生活，它們即使能完全離開水體生存（如蟾蜍和樹蛙等），繁殖時也是要回來的。這一侷限大大阻礙了它們種群的擴散。

爬行動物則擁有了完離開水體生存、繁殖的能力。它們的卵覆蓋著一層鈣質防水硬殼，受精卵在裡面發育完全後破殼而出。剛出生的幼體就能用肺呼吸，在陸地生活。有些回到海洋的爬行動物進化出了更為先進的繁殖方法:卵胎生。比如已經滅絕的魚龍類。↓海龜們算是“回去一半”，所以它們仍然要上岸產卵。

除此之外，爬行動物的心臟更加先進，已經有了不完全的瓣膜，而兩棲動物的心臟原始得多，無法長時間行動；一般爬行動物的面板乾燥、防水、有鱗甲，而大多數兩棲動物的面板覆蓋著粘液，很多都有毒。比如這隻箭毒蛙↓

一、所屬綱屬不同

兩棲動物屬於兩棲綱，爬行動物屬於爬行綱。

二、構造不同

爬行類( Reptilia)心臟有兩心房兩心室，心室有不完全隔膜，體溫不恆定，是真正適應陸棲生活的變溫脊椎動物，並由此產生出恆溫的鳥類和哺乳類。兩棲動物擁有四肢的脊椎動物。兩棲動物的面板裸露，表面沒有鱗片。

三、生活環境不同

爬行動物的生活環境：成體大多數生活在陸地上，少數種類生活在水中。

兩棲動物的生活環境：幼體在水中，成體陸地和水。

四、特徵不同

兩棲動物的特徵：幼體生活在水中，用鰓呼吸；成體大多生活在陸地上，也可在水中游泳，用肺呼吸，面板可輔助呼吸。

爬行動物的特徵：體表覆蓋角質的鱗片或甲；用肺呼吸；在陸地上產卵，卵表面有堅韌的卵殼。

總結來說爬行動物更加適應陸生生活，也比兩棲動物更加進化。

兩棲動物和爬行動物——第一，在地球上產生的年代不一樣，兩棲動物約產生於距今3.7億年前，爬行動物約產生於3.1億年前；第二，在生物學上，它倆屬於不同的“綱”，“綱目科屬種”是生物的重要分類層級；第三，以上兩條，就讓這兩類動物“差之毫釐，別以千里”了。

具體來看——

兩棲動物，屬於“兩棲綱（Amphibia）”，是魚類進化到爬行類動物的中間型別，也是脊椎動物從水生轉向陸生的第一個類群，還是其他陸生脊椎動物（爬行類、鳥類和哺乳類）的共同祖先。

現存的兩棲動物包括蛙、蟾蜍、蠑螈、蚓螈和鰻螈。其中最小的是古巴蛙，體長不到12毫米。最大的是東亞的大鯢，體長達160釐米。兩棲類的種數，少於任何其他陸生脊椎動物綱。它們的結構變異很大，分佈於全世界，但大多集中在熱帶地區；個別科和許多屬僅見於熱帶。蠑螈主要分佈在北溫帶，只有一個科在中美和南美北部也有。雨蛙科最北分佈到加拿大西北部的沼澤地；蛙科除南極、紐西蘭和格陵蘭外，其他地區皆有分佈。

這個綱的大多數種，都喜歡獨居生活；不過蛙類大多在春、夏兩季扎堆兒一起鳴叫，可將數百米至一公里之外的其他雄性和雌性“喊來”。大多數兩棲類在繁殖地與其棲息地之間進行季節性的遷徙運動。如從比較乾燥的小山邊轉移到某些池塘或山谷的小溪流中。

兩棲類中的多數種類，具有水生幼體階段，然後經變態成為陸生的成體。個別特殊種類終生貪戀水生生活。某些種類無水生幼體階段。 蚓螈和大多數蠑螈體內受精。鰻螈是體內還是體外受精尚未搞清。除少數例外，大部分蛙類和蟾蜍都是體外受精。大多數蚓螈產卵於陸上；水生種類卵胎生。鰻螈和多數蠑螈產卵於水中，其餘蠑螈產卵於陸上、洞巢、腐木或潮溼的碎石中。蛙類的護卵方式各種各樣。在北溫帶，大多數種類產卵於池塘或溪流；許多熱帶種類護卵的方法很希奇。有的將卵產於地洞裡，待蝌蚪孵出後，雄蛙將小蝌蚪放在背上送到水中。有些種類的雌性背上有一個特殊的小袋，卵被放在小袋裡直至孵化。雄性達爾文蛙將卵放在聲囊裡發育成幼蛙。 這個綱的動物，面板柔軟，無鱗，無腺體，對乾燥特別敏感。所以，潮溼的環境是其主要生態需要。雖有少數種類終生生活在水中，但大多數種類至少在陸上生活一段時間，或在潮溼的碎石下，或在水域附近。個別種類陸棲性較強，但亦不能完全脫離潮溼的環境。

兩棲類起源於距今4.1億年前的總鰭魚類。3.7億年前的上泥盆紀，最早的兩棲類魚頭螈爬上了岸，鰭變成了有五趾但又短又粗的附肢，其尾有些象現代的肺魚，尾鰭有鰭條的支援。它們的化石已在很多處被發現。陸陸續續還有不少原屬魚類的動物，爬到岸上，成為了兩棲動物。

爬行動物，屬於“爬行綱（Reptilia）——脊椎動物中的一個綱。體外披著鱗片或者骨板。用肺呼吸。體內受精。心臟四腔。胚胎髮育過程中有羊膜形成。 爬行動物面板乾燥，缺乏腺體、表皮組織分泌出角質層(鱗片)而真皮中則發育出骨板。鱗片及骨板的排列是分類依據之一。骨骼系統的發育與脊椎動物的一般模式相一致——具有骨質的頭顱、包含脊髓的脊柱、圍護內臟的肋骨、以及肢骨（蛇的肢骨退化了）。 爬行類的一大特點，就是頭顱除了下頜關節外，還發展出一些其他關節，骨與骨之間可以有輕微的移動。下頜有多塊骨，僅牙骨上長牙，位於下頜後側的關節骨與方骨構成關節。這種可動性，使爬行類的口能大張，吞食較大的捕獲物。牙均為長圓錐形而少分化。毒蛇有毒牙。

迴圈系統的特點為心臟四腔，心室內雖多為不完全的分隔（鱷為完全分隔，但來自肺的氧合血，與來自全身的未氧合血基本不相混，但龜中有輕度相混）。

呼吸系統比兩棲動物發達，用肺呼吸，呼吸表面積由蛇至鱷逐步增大。大多數爬行類靠移動肋骨改變胸腔容積來呼吸。但龜肋與外殼融合，只能靠體側肌肉的舒縮來改變體腔的容積。

消化與排洩系統與一切高等脊椎動物相似，具備口、食管、唾液腺（在毒蛇中一對轉化為毒腺）、胃、腸和洩殖腔。由後腎發育為成體腎，水生爬行類排洩銨，陸生者排洩尿酸。 爬行類可以改變眼睛水晶體的位置和形狀以調節視力。鱷及大多數蜥蜴聽力佳，但蛇不能感覺氣導的聲音。龜有無聽力還無定論。許多爬行類的鼻部及口頂部的雅各布森氏器(梨鼻器)是靈敏的化學感受器，可用以探測食源。而蝰蟒、巨蛇等則具探測環境溫度微小變化的熱能感受器（如蝰蛇鼻孔與眼之間的頰窩、許多巨蛇和蟒的唇窩），可用以查知環境中的溫血動物。

現今所知的最古老的爬行類為杯龍類，出現於距今3.1億年前的古生代石炭紀末期，各類爬行動物均為其後裔。雙顳窩類從古生代二疊紀出現一直延續至今。龜鱉類的祖先出現於二疊紀，分佈於非洲和歐洲。魚龍出現於三疊紀，生活于海洋，分佈於相當現在的北美洲和歐洲西部。恐龍以及現存的喙頭目和鱷目也都出現於三疊紀。恐龍在侏羅紀已很繁盛，至白堊紀達於頂峰。翼龍出現於侏羅紀，至白堊紀亦已稱霸於廣大空域。中生代末期這些巨型動物全部絕滅。爬行綱現存約6000種。 中生代，蜥蜴已出現於大部分大陸，蛇類亦已在某些地區出現。 距今2.25億年的上三疊紀，鳥類已經出現；同時，哺乳動物也產生了——相比體型更小的哺乳動物取代大部分爬行動物，特別是碩大體型的爬行動物種類，已成為大趨勢。