元朝元順帝帶著傳國玉璽和全套人馬退回草原，史稱“北元”，直到後金多爾袞降伏林丹汗，收回傳國玉璽，元朝才算滅亡

蒙元確實是完蛋了，但是蒙古人沒完蛋，別說什麼傳國玉璽在北元，又被黃太吉得到，五代就不知去向了，後來的都是假的

作為推翻元朝統治建立的王朝，明朝建立之後，元朝統治真的被徹底推翻了嗎？事實上並沒有，從至正二十八年（1368年）明朝建立，徐達北伐、元順帝退出中原，到崇禎八年（1635年）最後一位可汗額哲獻璽投降，元朝的統治其實仍然延續了兩個半世紀，而且始終是明朝北部最大的威脅。

至正二十八年（1368年），朱元璋稱帝建立明朝之後，派遣徐達發動北伐，元順帝孛兒只斤·妥懽帖睦爾自知不敵，遂率殘餘勢力退出中原，雖然元朝對中原的統治就此終結，但元朝卻並未就此滅亡，元順帝北逃後其統治得以延續，史稱北元。

為消除北元威脅，明太祖朱元璋曾多次發動北伐，並最終於洪武二十一年（1388年）的“捕魚兒海之戰”中，大敗脫古思帖木兒，脫古思帖木兒與兒子天保奴和丞相失烈門等人被部將所殺，此戰導致黃金家族聲望大損，開始逐漸喪失對蒙古各部的統治。

此後，雖然蒙古分裂為韃靼和瓦剌兩部，且黃金家族大權旁落，但黃金家族的號召力仍然存在，其作為蒙古實際統治者地位短期內仍然難以動搖。韃靼大權雖然掌握在太師阿魯臺手中，但其仍然得奉黃金家族後裔孛兒只斤·本雅失裡為可汗。

明成祖永樂登上皇位後，與韃靼蒙古之間的矛盾再度激化，朱棣於是從永樂八年（1410年）開始，先後五次親征漠北，韃靼實力大損。到了仁宣年間，因連年征戰損耗國力，明朝開始轉入戰略防禦，而瓦剌則趁此機會開始迅速崛起。

正統十四年（1449年），瓦剌太師也先南侵製造“土木堡之變”，明軍慘遭戰敗，明英宗朱祁鎮被俘，直接導致明朝面臨立國以來的重大危機。好在此時大明國力強盛，明朝應對得當，在此後的北京保衛戰中挫敗瓦剌。

需要注意的是，瓦剌大權雖然掌握在太師也先手中，但其仍然要奉黃金家族後裔脫脫不花為汗。而正是由於北京保衛戰後，也先與脫脫不花之間矛盾加劇，沒有黃金家族血統的也先僭越自立為汗，結果導致原本已經臣服於他的蒙古部落再度反叛，也先本人也於景泰四年（1453年）被殺，瓦剌就此分裂為四部。

如上，不論是瓦剌還是韃靼，黃金家族雖然大權旁落，但其在蒙古部落中的號召力仍然存在，以至於不論是韃靼太師阿魯臺，還是瓦剌太師也先，都必須奉黃金家族後裔為正統。

瓦剌衰敗之後，蒙古草原再度陷入混亂，黃金家族後裔則在內亂中重新崛起。成化三年（1467年），成吉思汗第27代傳人孛兒只斤dainty滿都魯在戰爭中去世，其子巴圖孟克在滿都海賽音可敦的支援下於成化六年（1470年）繼承汗位，尊號達延汗。

△達延汗

達延汗在滿都海賽音的支援下，迅速穩固了自己的統治地位，並透過戰爭將瓦剌勢力徹底趕出了蒙古中部地區。達延汗在位37年，先後征服亦思馬因、火篩、亦卜剌，使得黃金家族重新統治了草原中部和東部，再加上一系列卓有成效的改革，使得蒙古短暫得以中興。

然而，當達延汗去世之後，雖然他的後世子孫仍然能夠順利繼承汗位，但對於蒙古各部的統治，卻開始迅速下滑，以至於其可汗的權力只能集中於察哈爾等蒙古部落，而其餘蒙古各部，實際上已經處於半獨立狀態。

而就在蒙古各部分分合合之際，由於明朝經略遼東失敗，從隆慶四年（1570年）開始，遼東女真在努爾哈赤率領下開始逐漸崛起，並迅速實現了女真各部的統一，並於萬曆四十四年（1616年）建立後金政權，而這個後起的政權，則給殘存的黃金家族帶來了滅頂之災。

後金政權建立後，努爾哈赤雖然在遼東戰場屢敗明軍，但卻始終難將勢力延伸進關內，努爾哈赤死後，皇太極即位。皇太極見短期內無法入關，遂將戰略重心調整為東西兩端，在以武力迫使北韓臣服的同時，對東部蒙古進行分化拉攏。

在皇太極的努力下，後金先後與科爾沁部、扎魯特部聯姻結盟，時為蒙古可汗的林丹汗，自然也看出了後金的野心，於是派兵收復右翼鄂爾多斯、喀喇沁、土默特等部，並與喀爾喀部結為聯盟，意圖遏制後金西擴之勢。

崇禎元年（1628年），兀良哈的蘇布臺、喀喇沁的達來臺吉、土默特和布石圖汗、鄂爾多斯的額仁沁濟農以及永謝布、阿蘇惕、阿巴嘎、喀爾喀等部為擺脫林丹汗，公然結盟與其對抗，並在召城之戰中，斬殺林丹汗精銳四萬餘人，導致蒙古可汗實力大為削弱。

之後，土默特、喀喇沁、兀良哈等部為避免林丹汗報復，乾脆就此倒向後金，結果導致林丹汗陷入孤立無援之境地。后皇太極和東部蒙古各部，多次對林丹汗用兵，林丹汗被迫退出西拉木倫河流域，遷至歸化城（今呼和浩特）固守。

崇禎五年（1632年）4月，皇太極再度召集聯軍西進，自知不敵的林丹汗只得率領人畜十餘萬西渡黃河逃竄，最終逃至青海，兩年後病逝於打草灘。崇禎八年（1635年），多爾袞和嶽託等率兵再追，招降林丹汗餘部，林丹汗之子孛兒只斤·額爾孔果洛額哲只得獻傳國玉璽出降，漠南蒙古就此併入後金版圖，而蒙古汗位至此徹底斷絕，至此元朝才算徹底敗亡。

如上，從明朝建立，再到最後一位可汗額哲投降，元朝的統治其實還是延續了兩百餘年，並始終是明朝北部的巨患。而額哲投降後，不僅被皇太極封為親王，而且將皇女馬喀塔格格嫁給了額哲。而到康熙年間，林丹汗的孫子布林尼舉兵反清，但隨即便失敗，結果北元殘部也就此毀於一旦。

明朝建立後，元朝失去了正統地位，元順帝等殘餘勢力逃到蒙古草原，元朝算是真完了。只是明朝沒有徹底解決好蒙古草原蒙古族問題，在蒙古草原存在所謂北元政權，到1635年才被皇太極消滅，是清朝康熙帝時期才徹底對蒙古草原地區實行了有效管理。

明朝強盛時期曾對東北地區實行有效的管理，攻佔了雲南，安南（現在的越南），接管青藏高原，進剿蒙古草原殘元勢力，因此明朝是大一統政權。

明太祖朱元璋和明成祖朱棣想徹底消滅元朝殘餘勢力，幾次派兵深入蒙古草原，雖然對元朝殘餘勢力進行了沉重打擊，但是始終沒有徹底消滅他們。元順帝這一系在明將徐達、李文忠、馮勝、傅友德、藍玉、朱棣等打擊下又加上蒙古族內部爭權奪勢是完了，但是蒙古族政權還斷斷續續存在，甚至於在土木堡之戰中大敗明軍，活捉了明英宗朱祁鎮，也先還率蒙古軍打到了北京城下，多虧明大臣于謙等擊敗蒙古軍。俺達汗統治時期跟明朝恢復改善了關係。

後金滿清在東北興起，皇太極在位期間打敗了蒙古林丹汗，林丹汗西撒，得天花而死。1635年林丹汗的妻子、兒子歸順皇太極，交出傳國玉璽。林丹汗孫子在清朝時期叛亂，被消滅。是清朝康熙年間才徹底解決蒙古草原蒙古族問題，設烏里雅蘇臺將軍管理蒙古草原漠北即外蒙地區。

總體來看，明朝沒有徹底解決好蒙古草原蒙古族問題，從明朝本身來說，明朝和異族釆用“不和親，不納款，天子守國門策略”很有骨氣，有時候不變通就搞成僵局。朱元璋和朱棣主張用武力解決蒙古問題，最終沒有徹底解決好。除了朱元璋和朱棣，明朝其餘皇帝似乎缺乏雄才大略，對蒙古草原缺乏有效管理手段。從元朝方面來說，鐵木真成吉思汗及其子孫建立了強大蒙古帝國，元朝是宗主國，是最先被漢人明朝推翻的。忽必烈1271年建元朝，1279年滅南宋，1368年被推翻。元朝被推翻，而鐵木真兒子朮赤及孫子拔都建立的金帳汗國和中亞地區蒙古族勢力還很強大。蒙古草原蒙古族還有一定的勢力，而且成吉思汗黃金家族影響力還在。這些都為明朝解決蒙古草原蒙古族問題增加了阻力。