1.海軍當時的主要作戰物件就是白鬍子，沒有其他敵人.路飛一夥人，不在海軍的作戰方案力，這也是為什麼很多海軍沒有對路飛下死手的原因之一。黑鬍子當時的身份是七武海，和海軍是一夥的，即便當時黑鬍子身邊有從監獄出來的犯人，但是，當時的海軍根本沒有功夫去打黑鬍子。而且，黑鬍子一夥人當時也在打白鬍子團，理論上黑鬍子一夥和海軍的立場一樣，海軍不會打黑鬍子團。

2.海軍之所以要把白鬍子弄死，也是沒有辦法的辦法。因為，海軍當時是騎虎難下。白鬍子團氣勢洶洶的殺到了海軍總部，如果白鬍子團成功了，那麼海軍的顏面就會掃地，在新世界海軍將無法立足，將會助長海賊的氣焰，因此，海軍必須狠狠懲治白鬍子團。這是尊嚴問題。

3.海軍裡肯定有人知道，白鬍子團沒有了，新世界會打亂，但是，真正操控海軍的是五老星，不是海軍的元帥，海軍的高層也是聽命於他人的。作為軍人，服從命令是天職。因此，很多海軍的高層也是不想開戰的，但是，白鬍子團很高調，高層也很高調，海軍必須得打了，即便打亂也得打。

4.以白鬍子的性格，正面硬鋼是唯一的方案。白鬍子不會更不屑採取其他的方案的，比如綁架天龍人或者和革命軍聯手，或者和其他四皇聯手。自己的人，必須自己來救，就像《悟空傳》裡那句話，“此去可能一去不回”“那就一去不回”。白鬍子團知道這一戰是自己的最後一戰，是非成敗轉頭空，留給後人去評說吧。作為大海的兒子，就要有大海的灑脫，戰，就戰！

白鬍子海賊團才是精神領袖，只要破壞白鬍子海賊團，其旗下海賊團就會成為一盤散沙，那群海賊誰也不服誰，到最後那些海賊團可能會四分五裂，甚至互相攻伐，到時候海軍只要坐等各個海賊團相互打起來，海軍就可以一一將其殲滅。

而白鬍子海賊團由於其強大的力量及凝聚力，才能讓那些海賊團相互團結在一起，如果核心被滅，那群海賊各自都是聞名一師，肯定誰也不服誰，從馬爾科後來帶領殘部與黑鬍子大戰，就少了白鬍子這個主心骨，根本凝聚不起來，各自為戰，到後來白鬍子二世滅了旗下16個海賊團，可以看出，這些海賊都是被一個個殲滅的，這就表示這些海賊團失去白鬍子後就沒了合作意識，以至於馬爾科等都要躲避起來。

頂上戰爭中白鬍子海賊團是重點圍剿物件，你想過為什麼嗎？首先起因就是艾斯，他即是海賊王羅傑的兒子，也是白鬍子的乾兒子，還是惡魔之子，這個才是最重要的，自己的父親被處罰，他母親也了保護她延遲生育，海軍當然要斬草除根，永久後患。

路飛為了救自己的哥哥進入海軍監獄推進城，還放出了七武海巴基，小馮，人妖之王伊萬科夫等好多重要人物，白鬍子更是為了自己的兒子出動整個白鬍子海賊團，不死不休，一定要救出自己的兒子，不僅僅是生命的問題，也是顏面的關鍵，如果不出動救援，四皇的威望不在有，出動的話也是拼盡所有。

白鬍子海賊團和海軍是對立的兩個陣營，他們一定要救出艾斯，海軍一定要殺死艾斯，艾斯就是導火線，引爆了整個戰爭，也改變了整個世界格局。說到底頂上戰爭就是權力遊戲，如果白鬍子老爹贏了，海軍的顏面掃地，從此天龍人的威望也掃地，所以海軍不能輸，也不敢輸，他們邀請七武海助力，出動了海軍全員對付白鬍子。

最後的結局在想象中，肯定海軍贏，他代表的是政府行為，不能存在詬病，但是白鬍子老爹的聲望一下子漲起來了，成為人人崇拜的大英雄。

不管怎麼樣，白鬍子都是要死的，死在戰場上是死得其所。不是白鬍子被針對了。而是白鬍子是最強的，所以各方勢力都關注他。出於尊敬、恐懼、本能。

最強海盜帶領海賊團降臨海軍本部，是一種宣戰。對海軍而言就是公然挑釁。海軍就算頭皮發麻，為了尊嚴也得錘白鬍子。

這麼說吧，類似於黑幫老大帶人去警察局鬧事，走上這一步就是一死局。無解！

至於為什麼不偷偷地去救，因為根本就沒有這個機會。大將級別的人都知道艾斯是誰，艾斯背後有誰。所以從外救根本不可能，只能從裡面救。

海軍給了機會卡普，卡普給了機會艾斯，艾斯並不認可。這又是一個死局，無解。

黑鬍子看上了白鬍子的果實跟地盤，海軍為了尊嚴，兩方勢力都會把白鬍子往死裡錘。至於和白鬍子捆綁在一起的路飛，根本就不能對海軍構成威脅。所以海軍沒把他當回事。

黑鬍子也不想對路飛動手，因為親手殺掉白鬍子已經讓他內心激動、顫抖了。

還有也就是最重要的一點，白鬍子死了才能開創新時代，某種程度上也是為劇情犧牲的。太過於強大，又不是主角也是一種罪。

看了題主的描述，感覺前半部分的描述有些事後諸葛亮了，而後半部分又有些想當然了！

先說前半部分吧，為什麼海軍要針對白鬍子海賊團與路飛，而不管黑鬍子！

之所以會有頂上戰爭，就是因為艾斯被捉，促使白鬍子前來救人，針對白鬍子海賊團的一次圍剿。說白了就是要與白鬍子海賊團開戰，海軍的目標在戰爭之前就是白鬍子與白鬍子海賊團，目的就是為了擊垮白鬍子海賊團的！

而對於路飛與艾斯的追殺，這就要血統論了，艾斯是海賊王羅傑兒子，路飛是革命軍龍的兒子，這兩個人都是對於世界政府有著極大威脅的人。在海軍看來他們兩個就是世界的禍根，具體的表達赤犬也在頂上戰爭的時候說過了。即便是當時雙方傷亡已經十分慘重了，即便是紅髮已經出手組織了，但是當時青雉與黃猿依舊動手了，給出了路飛幾乎無法逃出昇天的打擊！

那麼為什麼對黑鬍子置之不理呢

首先黑鬍子當時只是一個名不經傳的小人物，之前黑鬍子的賞金可是一直都是0的，而且黑鬍子出現的時機也是恰到好處，海軍與白鬍子雙方已經傷亡慘重了，海軍判斷一個人的賞金是對於世界政府的威脅程度！以當時的情況確實是不適合在與黑鬍子開戰了！

至於說是白鬍子利用別人的能力等等……

這是對於一個強者的侮辱，而且以白鬍子的性格他也不屑於這樣做的！

對於這個問題，可能提問的是為什麼針對的是白鬍子海賊團，而不是針對他的附屬海賊團。

頂上戰爭在海賊中算是最經典的一場戰役了，而且也是海賊世界中死人最多的場景，一般來說海賊中是不死人的。

頂上戰爭是白鬍子海賊團為營救艾斯而與海軍全面開戰的一場大戰役。而白鬍子旗下有43艘船隊，但是真正屬於自己好像只有16艘，其餘都是附屬團隊。

白鬍子海賊團在開始戰鬥的時候，並不是要去針對那些附屬團，只是那些附屬團畢竟不是自己的隊伍，海軍正是利用這一點，將整個海賊團挑撥離間，以致白鬍子受到的第一刀是自己人捅的。

正解來說，白鬍子附屬團裡面的實力其實並不是很強，充其量每個人實力也只是中將水準，但是在頂上的時候，中將實力多如牛毛。

真正勝利的關鍵在於，白鬍子和旗下的幾個皇副級別的選手。小馬哥、喬滋、比斯塔幾個，以及剩下的隊長級別的。

畢竟海軍花精力去打小兵，這一點並不是很明智，畢竟有一個怪物級別的白鬍子。目前看，白鬍子完全能單挑兩名大將。

只有攻打主帥，海軍才真的有勝利的希望，畢竟附屬船可能也不太會為了艾斯付出太多的生命。

關於頂上戰爭被針對的大多都是白鬍子海賊團，因為此次戰爭是白鬍子海賊團與海軍的戰爭，白鬍子海賊團是最大的主力。路飛、人妖、巴基等逃犯只佔了一小部分，只有一艘軍艦的人數，而白鬍子海賊團外圍有43個海賊團，戰爭中央有三艘船，並且船上都是白鬍子海賊團的精英，海軍不針對他們那還針對誰，不針對他們艾斯就會被救走，就意味著海軍失敗。

至於為什麼不幹掉黑鬍子，海軍的兵力幾乎都佈置在了馬林佛多海底監獄只有麥哲倫看守，這讓黑鬍子有了進入推進城找夥伴的機會。並且黑鬍子在頂上戰爭後期才出現在馬林佛多，實力儲存非常好。而海軍傷亡慘重沒有能力再與黑鬍子開戰，硬要開戰只會傷上加傷。

想辦法潛入偷偷救人或者別的辦法，白鬍子請求羅那能力，自然系能力偷偷的救，我只想說：不現實。海軍為這場戰役佈下了周密的計劃，卡普戰國兩人在處刑臺上，別說偷偷救人連個蚊子都飛不過去。別的海賊連海軍的面都不願意見更別說參與這場與自己無關的戰爭了，即使能力再強大在這場戰爭中想要全身而退也不簡單。至於為什麼不請求羅的能力，因為白鬍子根本不認識羅啊，更不知道羅有這個能力。