天然水晶是大自然千錘百煉的產物，其形成的時間需要上億年的時間，水晶生長在地殼深處，通常都要經歷火山和地震，在形成過程中凝結了巨大的熱量和力量，而天然水晶在形成的過程中，由於複雜環境的變化，難免會融入雜質，因此，可以說百分百完美的天然水晶是沒有的，所謂完美也是相對而言的完美，當然，有時候天然水晶的瑕疵也造就了它獨特的觀賞價值，瑕疵就會變為美麗的景緻。 天然水晶中的棉、雲霧 這主要是出現在白水晶、茶水晶、紫水晶、黃水晶等或以白茶水晶為晶底的天然水晶中，是屬於通透型的水晶晶體中，由於棉狀、雨霧狀的出現，使原本應該更為通透的晶體，看上去如隔層薄紗一樣，有霧濛濛的感覺，這樣的棉和雨霧通常是顯白色，因此在通透的晶體中還是比較明顯的；比較常見的就是在白水晶、茶水晶、鈦晶、金髮晶裡面，通常佩戴一段時間後會感覺越來越通透，但可能只是由於人體分泌的體液將水晶表面的光澤和透明度提高，使它們看上去透明度提高。 天然水晶中的冰裂紋 這種情況主要出現在通透型的天然水晶中，透過觀察可以明顯地看到，在水晶晶體中，有裂痕的跡象，我們通常稱之為“冰裂”或者“冰裂紋”，就好像是在冰塊中出現的裂紋一樣，冰裂紋通常是白色的，但是由於受環境溫度的影響，有些冰裂紋是呈黃色或紅色，也就是我們說的焦花，焦花的出現也給原本晶瑩的水晶增添了一道亮麗的景緻，晶體中也有彩色焦花，不同角度看去五光十色，非常漂亮，其實天然水晶在結晶的過程中是不會產生冰裂紋的，據推測，應該是天然水晶在成長的過程中，可能是遇到地震或是地層的擠壓（地球內應力）而產生在其內部的一些“痕跡”而已（原子排列發生錯位），並不是裂痕，比較常見的有粉水晶、紫水晶、白水晶球、水晶柱等和一些白水晶擺件中。 天然水晶的人為損傷 這類情況主要是指天然水晶在開採、加工、設計、雕刻的過程中由不小心摔掉、碰撞等原因人為造成的損壞，這種情況較少，但是一旦出現，就是最不幸的情況了。 天然水晶的礦缺 主要指天然水晶表面感覺像坑窪或殘缺的地方，這主要是水晶在成長過程中結晶過程中斷或受其他物質的影響造成的，屬於自然形成，而並非是人為造成的損傷，（本來包有其他礦物晶體，由於表面拋光，使礦體脫落，留下空位，就造成了“殘缺”），綠幽靈、鈦晶、金髮晶上都比較常見。
天然水晶是大自然千錘百煉的產物，其形成的時間需要上億年的時間，水晶生長在地殼深處，通常都要經歷火山和地震，在形成過程中凝結了巨大的熱量和力量，而天然水晶在形成的過程中，由於複雜環境的變化，難免會融入雜質，因此，可以說百分百完美的天然水晶是沒有的，所謂完美也是相對而言的完美，當然，有時候天然水晶的瑕疵也造就了它獨特的觀賞價值，瑕疵就會變為美麗的景緻。 天然水晶中的棉、雲霧 這主要是出現在白水晶、茶水晶、紫水晶、黃水晶等或以白茶水晶為晶底的天然水晶中，是屬於通透型的水晶晶體中，由於棉狀、雨霧狀的出現，使原本應該更為通透的晶體，看上去如隔層薄紗一樣，有霧濛濛的感覺，這樣的棉和雨霧通常是顯白色，因此在通透的晶體中還是比較明顯的；比較常見的就是在白水晶、茶水晶、鈦晶、金髮晶裡面，通常佩戴一段時間後會感覺越來越通透，但可能只是由於人體分泌的體液將水晶表面的光澤和透明度提高，使它們看上去透明度提高。 天然水晶中的冰裂紋 這種情況主要出現在通透型的天然水晶中，透過觀察可以明顯地看到，在水晶晶體中，有裂痕的跡象，我們通常稱之為“冰裂”或者“冰裂紋”，就好像是在冰塊中出現的裂紋一樣，冰裂紋通常是白色的，但是由於受環境溫度的影響，有些冰裂紋是呈黃色或紅色，也就是我們說的焦花，焦花的出現也給原本晶瑩的水晶增添了一道亮麗的景緻，晶體中也有彩色焦花，不同角度看去五光十色，非常漂亮，其實天然水晶在結晶的過程中是不會產生冰裂紋的，據推測，應該是天然水晶在成長的過程中，可能是遇到地震或是地層的擠壓（地球內應力）而產生在其內部的一些“痕跡”而已（原子排列發生錯位），並不是裂痕，比較常見的有粉水晶、紫水晶、白水晶球、水晶柱等和一些白水晶擺件中。 天然水晶的人為損傷 這類情況主要是指天然水晶在開採、加工、設計、雕刻的過程中由不小心摔掉、碰撞等原因人為造成的損壞，這種情況較少，但是一旦出現，就是最不幸的情況了。 天然水晶的礦缺 主要指天然水晶表面感覺像坑窪或殘缺的地方，這主要是水晶在成長過程中結晶過程中斷或受其他物質的影響造成的，屬於自然形成，而並非是人為造成的損傷，（本來包有其他礦物晶體，由於表面拋光，使礦體脫落，留下空位，就造成了“殘缺”），綠幽靈、鈦晶、金髮晶上都比較常見。