旗艦即艦隊或者艦艇編隊指揮艦，其得名蓋因指揮艦主桅頂部會懸掛編隊指揮官的將旗(指揮官為將官時)或指揮旗(指揮官不是將官時)，這是從風帆時代繼承下來的傳統，蓋因當時艦艇編隊內部通訊都是依賴視覺訊號，尤其是在桅杆上懸掛的訊號旗，為了讓編隊各艦能夠迅速注意到指揮艦釋出的命令，則指揮艦必須有一個明確的標識，那麼懸掛在最高的主桅頂部的將旗/指揮旗就是最好的標識，指揮艦被稱為旗艦即由此而來。而對於一支大連隊來說，不但艦隊本身有旗艦，其下屬各個艦艇編隊也都有各自的旗艦，而選擇什麼艦艇作為艦隊或編隊旗艦則全看作戰指揮的需要而定。

至於第二個問題，我不知道誰告訴題主航母不能成為旗艦的，無論是二戰時期的美國航母特混艦隊或日本航母機動部隊，還是當代的航母戰鬥群，其旗艦也就是指揮艦通常都是由航母擔任，蓋因航母擁有較完善的通訊裝置和足夠容納編隊指揮部的空間，至於到了美國海軍一級不使用航母作為旗艦，一方面是艦隊一級司令部在大多數時候是駐紮在通訊條件更為完善的岸上基地，而航母是的主要前線打擊力量，艦隊司令部扣住一艘航母不放出去算幾個意思？例如尼米茲接任太平洋艦隊司令之後就隨便找了一艘潛艇升起將旗，隨後就把太平洋艦隊司令部完全搬到了岸上坐鎮指揮，而斯普魯恩斯指揮第五艦隊時選擇了重巡洋艦印第安納波利斯號而不是航母作為第五艦隊旗艦，主要是為了避免干擾58特混艦隊(航母特混艦隊)的指揮，相比之下，萊特灣哈爾西選擇紐澤西號快速戰列艦作為旗艦，很大程度上就極大地干擾了38特混艦隊(航母特混艦隊)和34特混艦隊(戰列艦特混艦隊)的指揮和運作。就當代而言，如果需要美軍艦隊級旗艦出場的情況，往往是規模極大極複雜的聯合軍事行動，這個時候即使是航母的指揮通訊系統也會不堪重負，甚至會影響到航母本身的作戰，所以二戰後美軍大力發展專用指揮艦作為艦隊級的旗艦，就是為了容納越發龐大的指揮和通訊需求。

日本投降儀式上密蘇里號空前絕後的升起了兩面五星上將旗

二戰後美國大力發展專用指揮艦作為複雜聯合軍事行動的艦隊旗艦

正常情況下航母戰鬥群旗艦都由航母擔任

馬島戰爭中英國特混艦隊旗艦就是無敵號航母

海軍用語裡的“旗艦”（Flagship）是指艦隊司令所在的軍艦。為什麼叫“旗艦”呢？這就要弄清楚那個“旗”字的含義。船和船離得遠，喊話聽不見，無線電才有幾天啊？船艦之間交流資訊從來就是旗語訊號，不只是軍艦，只要是船，就總是懸掛著五顏六色的各種旗幟，旗艦的“旗”字是指什麼旗呢？

（軍艦上永遠掛滿了旗，哪面才是“旗艦”的“旗”呢？）

是“將旗”，將軍的旗幟。

中國古代的將軍出門打仗，都要扛幾面旗子，比如張飛扛的旗子上面有一個“張”字，趙雲就有一個“趙”字，別人一看到這些旗子就知道了來將這是張飛還是趙雲。

（現在在南充，張飛沒事還打著旗出來遛彎）

現代軍隊也是這樣，將軍有將軍旗。

陸軍和空軍裡“將官”的英語是“General Officer”，但海軍的將官不能這麼叫，因為海軍管將軍不叫Genaral而叫Admiral，但一般沒有“Admiral Officer”這個字，用的是“Flag Officer”這個字，因為只有Admiral才有打旗的資格，其實在陸軍裡也常用“Flag Officer”，因為陸軍將軍的儀仗也有將軍旗。

簡單說來，就是不管是哪個軍種，不管是怎麼寫，反正“將官”，就是“有資格打旗的軍官”，所謂“Flag Officer”。

（遠東盟軍總司令麥克阿瑟的儀仗，從左至右：美國國旗、聯合國旗、五星上將旗）

海軍艦長的軍銜都不會超出上校（外國）或者大校（中國），因為本來上校（Captain）就是“船長”的意思，將軍當船長不合適，那名不正言不順。

但有例外，1944年10月20日到26日發生的萊特灣海戰中日本戰列艦大和號和武藏號分別有兩位少將艦長森下信衛和豬口敏平，因為這兩人都是10月15日被晉升為少將的，按理不能再擔任艦長了，但正在打仗，換不了人，這樣在錫布延海面上就很罕見地有兩位海軍少將在指揮戰列艦。

艦長們是上校，於是艦隊司令官就是將軍了，不管是少將還是上將都有一面旗，到了那艘船上就會升起來，這就來了“旗艦”的說法：掛著艦隊司令官大旗的那艘軍艦。

“旗艦”沒有什麼一定的標準，看各司令官的喜歡，大軍艦當旗艦當然理所當然，有哪位司令官就要去一艘小炮艇去升旗也只能隨他便。但是不會出現這種事情。

這是因為艦隊司令官通常不會是艦長，所以司令官的指揮部不能設在艦長指揮的艦橋上，因為司令官手下還有一大堆參謀和通訊人員吶，司令官要召集各艦長開各種會議，還需要一個會議室，也就是所謂旗艦首先要有能容納下艦隊司令部的空間，容積要大。

比如現在全世界現役的最古老軍艦是英國皇家海軍的勝利號戰艦（HMS Victory），這艘帆船是納爾遜爵士在1805年10月戰勝法國艦隊的特拉法加海戰時的旗艦，因為這艘船大，排水量3500噸，能提供一層後部甲板給參謀人員用，到現在還作為英國第一海軍卿的旗艦停在朴茨茅斯軍港。

（別看勝利號戰艦是條木頭船，人家可是皇家海軍老大，第一海軍卿的旗艦）

“旗艦”是對於艦隊而言，比如太平洋戰爭時日本聯合艦隊的旗艦先是陸奧號戰列艦，後是長門號戰列艦，再往後來是大和號戰列艦，都是當時最牛的大艦，但仗越往後打就怪事越多，聯合艦隊司令長官也不往前衝了，旗艦也就不要那麼大了，到了1944年5月豐田副武當聯合艦隊長官的時候，把旗艦變成了輕巡大澱。

再往後日本注意到這聯合艦隊幹嘛非要旗艦啊？弄大艦浪費，弄小艦又有容積和裝置問題，人家美國鬼畜的太平洋艦隊不也沒有旗艦嗎，尼米茲在岸上照樣能指揮打仗，再加上馬里亞納群島失守以後，日本本土受到美國B-29威脅，一艘小巡洋艦未免太危險，這樣到了1944年9月聯合艦隊乾脆不要旗艦了，司令部搬到岸上去，這就搬到日吉臺慶應大學校園裡的防空洞裡去了。

但是航母特混艦隊的司令一般都喜歡把航母當旗艦，比如南雲忠一帶著第一航空艦隊去襲擊珍珠港的時候，旗艦就是赤城號航空母艦。

看馬里亞納海戰的例子就更加知道旗艦了，雷蒙德·斯普魯恩斯帶著第五艦隊出征，他的旗艦是重型巡洋艦印第安納波利斯號。手下的馬克·米切爾和里奇蒙德·特納分率58和51兩個航母特混艦隊，米切爾的旗艦是約克城號航空母艦也好理解，但特納的旗艦有意思，既不是重巡也不是航母，而就是一艘專門的指揮艦落基山號（USS Rocky Mount）。

（51特混艦隊的旗艦，指揮艦落基山號）

對於現代造船工業來說，造一艘大船或者快船都不是問題，而艦隊也能保證旗艦不會遇到危險，這樣艦隊司令官在選用旗艦時更重視的是旗艦的通訊指揮能力，特納是支援兩棲作戰的專門家，兩棲作戰對於通訊聯絡的要求更加複雜，需要的參謀人員也就更多，這樣美華人就乾脆專門開發了一種指揮艦專門給艦隊司令們當旗艦。落磯山號就是這樣一艘指揮艦，給特納拿來做了旗艦。

美國海軍現在還有兩艘這樣的指揮艦：藍嶺號（USS Blue Ridge (LCC-19)）和惠特尼山號（USS Mount Whitney (LCC-20)），前者做過第七艦隊的旗艦，後者現在還是第6艦隊的旗艦。

（第6艦隊旗艦惠特尼山號USS Mount Whitney (LCC-20)）

（2011年3月，聯軍進行“敖德薩黎明作戰（Operation Odyssey Dawn）”時，英法美海軍軍官彙集遊弋在利比亞沿海的惠特尼山號指揮艦的會議室交換資訊）

軍隊是非常講究規矩禮儀的地方。比如日本首相安倍晉三在別處就是一個民選議員，誰都能罵他幾句，他還不能摔臉子，但一進自衛隊防地就不一樣了，身後有人捧著一面“總理大臣旗”，只要是身穿二尺半，不管在哪兒，不管在幹什麼，看見這面旗必須立正敬禮，手拿不起來也要致注目禮。老冰見過一次那個排場，於是就理解了為什麼安倍為什麼那麼喜歡去自衛隊，能擺譜啊。

不過，我兔雖然這些年來在正規化上下了不少功夫，但還是土了一些，似乎到現在還沒有將軍旗。

旗艦是艦隊的核心，指揮部。古來艦船作戰指揮白天靠旗語，夜間靠訊號燈，所以把指艦稱為旗艦。現代航母是以航母為中心組成的航母戰鬥群，在現代戰爭中發揮戰鬥作用，實行對海，對空，對地立體作戰。