《唐探3》講述了一個黑幫老大被人設計成殺人犯，為洗脫罪名，請唐人街神探唐仁和秦風出面查案的故事。

一屋內，黑幫老大仰面躺著，手中握著玻璃殘刃，上面血跡淋漓。他的旁邊，躺著奄奄一息的另一黑幫扛把子。這黑幫扛把子的胸口上血跡模糊。屋內地上碎了一地玻璃。

屋外聞聲，眾人衝進來，將黑幫扛把子緊急送樣醫院。不幸，經搶救無效死亡。經鑑定，死者傷口傷型和玻璃殘刃吻合。

由此，黑幫老大被認為是殺人嫌疑犯。

動機-黑幫爭鬥

人證-屋外的人，尤其是黑幫扛把子的私人助理小林杏奈

接手案件的秦風發現，黑幫老大所在的屋內區域是沒有玻璃碎屑的，而死者身邊是有大量玻璃碎屑的。由此，判定黑幫老大是兇手即存在疑點。若是在爭鬥過程中將屏風打碎，那麼黑幫老大身邊不可能沒有碎屑。這樣推理，屏風是在黑幫老大躺下後人為推翻的。

秦風的同行，一名女神探，經分析現場的玻璃碎屑，發現少了一塊，這一塊正是致死死者的那一塊。

秦風調出監控，發現小林杏奈在將黑幫扛把子搶救出來時上衣口袋內有個絲巾。之後這個絲巾卻不見了。由此產生疑點。

經過一些列調查，發現是小林杏奈在送黑幫扛把子去醫院路上，用玻璃殘刃殺害了黑幫扛把子。

面對指正，小林杏奈認罪，但黑幫老大卻在這時主動認罪。將殺人罪攬到自己身上。

眾人詫異。

原來小林杏奈是黑幫老大的親生女兒，她在幼年時被黑幫老大拋棄，連同她一起被拋棄的還有她的媽媽。她們經歷了一段非人的生活。長大後的小林杏奈，誓要報被拋棄之仇。

小林杏奈的老闆，也就是死者黑幫扛把子猥褻了小林杏奈，但他是小林杏奈復仇的依靠。加之有黑幫爭鬥，黑幫扛把子本想詐死，訛詐黑幫老大。但沒想到，卻死在了小林杏奈之手。

小林杏奈一石二鳥，既殺了黑幫扛把子，又殺了黑幫老大，雙仇得報。

黑幫老大內心對自己的親生女兒是非常愧疚和自責的。

可大錯已經鑄成，就要承受這良心的折磨。

唐探3的最後揭秘了大師Q的真面目，是劉德華為首的一個組織。

這也是唐探3對影迷的一個交代。