天漢二年(公元前99年)，正當司馬遷全身心地撰寫《史記》之時，卻遇上了飛來橫禍，這就是李陵事件。
這年夏天，武帝派自己寵妃李夫人的哥哥、二師將軍李廣利領兵討伐匈奴，另派李廣的孫子、別將李陵隨從李廣利押運輜重。李廣帶領步卒五千人出居延，孤軍深入浚稽山，與單于遭遇。匈奴以八萬騎兵圍攻李陵。經過八晝夜的戰鬥，李陵斬殺了一萬多匈奴，但由於他得不到主力部隊的後援，結果彈盡糧絕，不幸被俘。
李陵兵敗的訊息傳到長安後，武帝本希望他能戰死，後聽說他卻投了降，憤怒萬分，滿朝文武官員察言觀色，趨炎附勢，幾天前還紛紛稱讚李陵的英勇，現在卻附和漢武帝，指責李陵的罪過。漢武帝詢問太史令司馬遷的看法，司馬遷一方面安慰武帝，一方面也痛恨那些見風使舵的大臣，盡力為李陵辯護。他認為李陵平時孝順母親，對朋友講信義，對人謙虛禮讓，對士兵有恩信，常常奮不顧身地急國家之所急，有國士的風範。司馬遷痛恨那些只知道保全自己和家人的大臣，他們如今見李陵出兵不利，就一味地落井下石，誇大其罪名。他對漢武帝說:"李陵只率領五千步兵，深入匈奴，孤軍奮戰，殺傷了許多敵人，立下了赫赫功勞。在救兵不至、彈盡糧絕、走投無路的情況下，仍然奮勇殺敵。就是古代名將也不過如此。李陵自己雖陷於失敗之中，而他殺傷匈奴之多，也足以顯赫於天下了。他之所以不死，而是投降了匈奴，一定是想尋找適當的機會再報答漢室。"
司馬遷的意思似乎是二師將軍李廣利沒有盡到他的責任。他的直言觸怒了漢武帝，漢武帝認為他是在為李陵辯護，貶低勞師遠征、戰敗而歸的漢武帝李夫人的哥哥李廣利，於是下令將司馬遷打入大牢。
司馬遷被關進監獄以後，案子落到了當時名聲很臭的酷吏杜周手中，杜周嚴刑審訊司馬遷，司馬遷忍受了各種肉體和精神上的殘酷折磨。面對酷吏，他始終不屈服，也不認罪。司馬遷在獄中反覆不停地問自己"這是我的罪嗎?這是我的罪嗎?我一個做臣子的，就不能發表點意見？"不久，有傳聞說李陵曾帶匈奴兵攻打漢朝。漢武帝信以為真，便草率地處死了李陵的母親、妻子和兒子。司馬遷也因此事被判了死刑。
據漢朝的刑法，死刑有兩種減免辦法:一是拿五十萬錢贖罪，二是受"腐刑"。司馬遷官小家貧，當然拿不出這麼多錢贖罪。腐刑既殘酷地摧殘人體和精神，也極大地侮辱人格。司馬遷當然不願意忍受這樣的刑罰，悲痛欲絕的他甚至想到了自殺。可後來他想到，人總有一死，但"死或重於泰山，或輕於鴻毛"，死的輕重意義是不同的。他覺得自己如果就這樣 "伏法而死"，就像牛身上少了一根毛，是毫無價值的。他想到了孔子、屈原、左丘明和孫臏等人，想到了他們所受的屈辱以及所取得的驕人成果。司馬遷頓時覺得自己渾身充滿了力氣，他毅然選擇了腐刑。面對最殘酷的刑罰，司馬遷痛苦到了極點，但他此時沒有怨恨，也沒有害怕。他只有一個信念，那就是一定要活下去，一定要把 史記寫完，"是以腸一日而九回，居則忽忽若有所亡，出則不知所往。每念斯恥，汗未嘗不發背沾衣也。"正因為還沒有完成史記，他才忍辱負重地活了下來。
天漢二年(公元前99年)，正當司馬遷全身心地撰寫《史記》之時，卻遇上了飛來橫禍，這就是李陵事件。
這年夏天，武帝派自己寵妃李夫人的哥哥、二師將軍李廣利領兵討伐匈奴，另派李廣的孫子、別將李陵隨從李廣利押運輜重。李廣帶領步卒五千人出居延，孤軍深入浚稽山，與單于遭遇。匈奴以八萬騎兵圍攻李陵。經過八晝夜的戰鬥，李陵斬殺了一萬多匈奴，但由於他得不到主力部隊的後援，結果彈盡糧絕，不幸被俘。
李陵兵敗的訊息傳到長安後，武帝本希望他能戰死，後聽說他卻投了降，憤怒萬分，滿朝文武官員察言觀色，趨炎附勢，幾天前還紛紛稱讚李陵的英勇，現在卻附和漢武帝，指責李陵的罪過。漢武帝詢問太史令司馬遷的看法，司馬遷一方面安慰武帝，一方面也痛恨那些見風使舵的大臣，盡力為李陵辯護。他認為李陵平時孝順母親，對朋友講信義，對人謙虛禮讓，對士兵有恩信，常常奮不顧身地急國家之所急，有國士的風範。司馬遷痛恨那些只知道保全自己和家人的大臣，他們如今見李陵出兵不利，就一味地落井下石，誇大其罪名。他對漢武帝說:"李陵只率領五千步兵，深入匈奴，孤軍奮戰，殺傷了許多敵人，立下了赫赫功勞。在救兵不至、彈盡糧絕、走投無路的情況下，仍然奮勇殺敵。就是古代名將也不過如此。李陵自己雖陷於失敗之中，而他殺傷匈奴之多，也足以顯赫於天下了。他之所以不死，而是投降了匈奴，一定是想尋找適當的機會再報答漢室。"
司馬遷的意思似乎是二師將軍李廣利沒有盡到他的責任。他的直言觸怒了漢武帝，漢武帝認為他是在為李陵辯護，貶低勞師遠征、戰敗而歸的漢武帝李夫人的哥哥李廣利，於是下令將司馬遷打入大牢。
司馬遷被關進監獄以後，案子落到了當時名聲很臭的酷吏杜周手中，杜周嚴刑審訊司馬遷，司馬遷忍受了各種肉體和精神上的殘酷折磨。面對酷吏，他始終不屈服，也不認罪。司馬遷在獄中反覆不停地問自己"這是我的罪嗎?這是我的罪嗎?我一個做臣子的，就不能發表點意見？"不久，有傳聞說李陵曾帶匈奴兵攻打漢朝。漢武帝信以為真，便草率地處死了李陵的母親、妻子和兒子。司馬遷也因此事被判了死刑。
據漢朝的刑法，死刑有兩種減免辦法:一是拿五十萬錢贖罪，二是受"腐刑"。司馬遷官小家貧，當然拿不出這麼多錢贖罪。腐刑既殘酷地摧殘人體和精神，也極大地侮辱人格。司馬遷當然不願意忍受這樣的刑罰，悲痛欲絕的他甚至想到了自殺。可後來他想到，人總有一死，但"死或重於泰山，或輕於鴻毛"，死的輕重意義是不同的。他覺得自己如果就這樣 "伏法而死"，就像牛身上少了一根毛，是毫無價值的。他想到了孔子、屈原、左丘明和孫臏等人，想到了他們所受的屈辱以及所取得的驕人成果。司馬遷頓時覺得自己渾身充滿了力氣，他毅然選擇了腐刑。面對最殘酷的刑罰，司馬遷痛苦到了極點，但他此時沒有怨恨，也沒有害怕。他只有一個信念，那就是一定要活下去，一定要把 史記寫完，"是以腸一日而九回，居則忽忽若有所亡，出則不知所往。每念斯恥，汗未嘗不發背沾衣也。"正因為還沒有完成史記，他才忍辱負重地活了下來。