結論：根據提問者的描述，應該是合同全部無效。那麼在合同全部無效的情況下，不能讓甲方承擔合同裡所謂的違約責任。
理由在於，合同全部無效，不發生履行問題，自然也就沒有違約的問題，也就談不上適用違約條款的問題。
那麼，合同無效後，條款是否無一倖免呢？也不是的。這個仍然有效的幸運兒是“獨立存在的有關解決爭議方法條款”（《合同法》第57條規定：“合同無效、被撤銷或者終止的，不影響合同中獨立存在的有關解決爭議方法條款的效力。”）。包括：仲裁條款、訴訟條款、檢驗鑑定的機構、法律適用等。
另外，關於違約金的問題。有的人可能會認為，根據《合同法》第98條規定：“合同的權利義務終止，不影響合同中結算和清理條款的效力”，也就是我們說的“結算和清理條款”，違約金作為一種結算和清理條款，是可以有效的。首先，根據《最高院關於當前形勢下審理民商事合同糾紛案件若干問題的指導意見》（法發【2009】40號），確實可以把違約金作為一種結算和清理條款。但問題在於我們不能孤立地看這個條文，它首先並非57條所謂的“獨立存在的有關爭議解決方法的條款”，其次也只適用於《合同法》第91條“權利義務終止”的情形，說它適用於合同無效的場合，並不合適。
那麼，對於合同當事人來說，如何保障自己的權益呢？這一般從兩方面著手：1、合同無效的法律後果。即合同無效後，發生返還財產的法律效果。不能返還，要折價補償。有過錯的一方要賠償對方損失，與有過失的，各自承擔責任。2、締約過失責任。即對方在締約過程中違反先合同義務的，比如惡意締約、欺詐締約等，需要承擔締約過失的賠償責任。
結論：根據提問者的描述，應該是合同全部無效。那麼在合同全部無效的情況下，不能讓甲方承擔合同裡所謂的違約責任。
理由在於，合同全部無效，不發生履行問題，自然也就沒有違約的問題，也就談不上適用違約條款的問題。
那麼，合同無效後，條款是否無一倖免呢？也不是的。這個仍然有效的幸運兒是“獨立存在的有關解決爭議方法條款”（《合同法》第57條規定：“合同無效、被撤銷或者終止的，不影響合同中獨立存在的有關解決爭議方法條款的效力。”）。包括：仲裁條款、訴訟條款、檢驗鑑定的機構、法律適用等。
另外，關於違約金的問題。有的人可能會認為，根據《合同法》第98條規定：“合同的權利義務終止，不影響合同中結算和清理條款的效力”，也就是我們說的“結算和清理條款”，違約金作為一種結算和清理條款，是可以有效的。首先，根據《最高院關於當前形勢下審理民商事合同糾紛案件若干問題的指導意見》（法發【2009】40號），確實可以把違約金作為一種結算和清理條款。但問題在於我們不能孤立地看這個條文，它首先並非57條所謂的“獨立存在的有關爭議解決方法的條款”，其次也只適用於《合同法》第91條“權利義務終止”的情形，說它適用於合同無效的場合，並不合適。
那麼，對於合同當事人來說，如何保障自己的權益呢？這一般從兩方面著手：1、合同無效的法律後果。即合同無效後，發生返還財產的法律效果。不能返還，要折價補償。有過錯的一方要賠償對方損失，與有過失的，各自承擔責任。2、締約過失責任。即對方在締約過程中違反先合同義務的，比如惡意締約、欺詐締約等，需要承擔締約過失的賠償責任。