好種出好苗，選種是培育新品種和儲存優良品種的關鍵。為了保證幼魚的體質健康、品種純正，繁殖前必須做好種魚的挑選工作。
1.形態選擇
良種金魚需具備超群的外貌，即優美的體形、奇特的性狀和豔麗的色彩。蛋種魚要求其背部光滑無棘刺，尾鰭薄軟而平展；文種魚要求背鰭高大挺直如帆，體形短小，尾鰭長而舒展；龍種魚要求雙眼突起，背鰭挺直，尾鰭長寬而平展；五花魚要求色彩鮮豔，五彩繽紛，花斑清晰，分佈均勻而遍及全身。總之，留做種魚的金魚，其品種特徵越明顯越好。
2.品種選擇
真正的“純種”金魚極其少見，但相對的“純種”金魚（即指那些性狀穩定、子代變異返祖率低於10%～20%的種魚）還是存在的。金魚尾鰭是鑑定血緣的可靠部位。尾鰭柔軟而薄的魚，多為相對的純種金魚；尾鰭緊夾、質厚而小的金魚，多為偏種金魚；背部光滑、平直或略呈梳子背狀，多為純種金魚。
3.繁殖能力選擇
金魚的性器官即卵巢和精巢，分別位於雌、雄金魚體壁兩側，與生殖孔相連。魚苗2個月後性腺開始發育，到入冬時，雌性卵巢已發育達第四期，越冬期間如水溫適宜、餌料充足，性腺可繼續發育。來年立春後，選擇體肥而健壯、性腺發育良好、腹部柔軟、富有彈性的雌魚作母本，選健壯而性腺發育良好的雄魚作父本，其受精卵的孵化率和魚苗的質量就比較令人滿意。
4.年齡的選擇
2～3齡的金魚體壯力強，性慾旺盛，遺傳性穩定，是理想的種魚。1齡金魚的生殖系統已發育完善，並具備了繁殖後代的能力，但某些性狀仍在變異中，選作種魚對後代性狀遺傳不利。若種魚缺乏，也可選用生長髮育良好、體長達10釐米以上的1齡魚作種魚。年齡過大、性機能衰退、性細胞質量欠佳的老魚，不可作種魚。
5.體質選擇
肥胖度是鑑別魚體健康與否的重要標準。金魚的繁殖活動，需要消耗大量的營養物質和能量。瘦弱的金魚則無力承受，魚卵的質量也較差，如用這樣的雌魚作母本，不僅產卵量少，且產卵時間要晚於其他金魚，瘦弱的雄魚還有可能導致追逐雌魚失敗。相反，若種魚過肥，腹腔內脂肪積累較多，會影響雌魚的排卵，甚至因魚卵長時間不能排出體外而難產死亡。選擇偏胖或肥胖適中者作種魚最為適宜。
6.性別比例選擇
好種出好苗，選種是培育新品種和儲存優良品種的關鍵。為了保證幼魚的體質健康、品種純正，繁殖前必須做好種魚的挑選工作。
1.形態選擇
良種金魚需具備超群的外貌，即優美的體形、奇特的性狀和豔麗的色彩。蛋種魚要求其背部光滑無棘刺，尾鰭薄軟而平展；文種魚要求背鰭高大挺直如帆，體形短小，尾鰭長而舒展；龍種魚要求雙眼突起，背鰭挺直，尾鰭長寬而平展；五花魚要求色彩鮮豔，五彩繽紛，花斑清晰，分佈均勻而遍及全身。總之，留做種魚的金魚，其品種特徵越明顯越好。
2.品種選擇
真正的“純種”金魚極其少見，但相對的“純種”金魚（即指那些性狀穩定、子代變異返祖率低於10%～20%的種魚）還是存在的。金魚尾鰭是鑑定血緣的可靠部位。尾鰭柔軟而薄的魚，多為相對的純種金魚；尾鰭緊夾、質厚而小的金魚，多為偏種金魚；背部光滑、平直或略呈梳子背狀，多為純種金魚。
3.繁殖能力選擇
金魚的性器官即卵巢和精巢，分別位於雌、雄金魚體壁兩側，與生殖孔相連。魚苗2個月後性腺開始發育，到入冬時，雌性卵巢已發育達第四期，越冬期間如水溫適宜、餌料充足，性腺可繼續發育。來年立春後，選擇體肥而健壯、性腺發育良好、腹部柔軟、富有彈性的雌魚作母本，選健壯而性腺發育良好的雄魚作父本，其受精卵的孵化率和魚苗的質量就比較令人滿意。
4.年齡的選擇
2～3齡的金魚體壯力強，性慾旺盛，遺傳性穩定，是理想的種魚。1齡金魚的生殖系統已發育完善，並具備了繁殖後代的能力，但某些性狀仍在變異中，選作種魚對後代性狀遺傳不利。若種魚缺乏，也可選用生長髮育良好、體長達10釐米以上的1齡魚作種魚。年齡過大、性機能衰退、性細胞質量欠佳的老魚，不可作種魚。
5.體質選擇
肥胖度是鑑別魚體健康與否的重要標準。金魚的繁殖活動，需要消耗大量的營養物質和能量。瘦弱的金魚則無力承受，魚卵的質量也較差，如用這樣的雌魚作母本，不僅產卵量少，且產卵時間要晚於其他金魚，瘦弱的雄魚還有可能導致追逐雌魚失敗。相反，若種魚過肥，腹腔內脂肪積累較多，會影響雌魚的排卵，甚至因魚卵長時間不能排出體外而難產死亡。選擇偏胖或肥胖適中者作種魚最為適宜。
6.性別比例選擇