臺灣有二間店鋪宣稱是珍珠奶茶發明者。一說是臺中市經營泡沫紅茶店「春水堂」的劉漢介先生於1983年開始實驗製作奶茶，他當時加的是水果，糖漿，糖漬地瓜，和粉圓。他推出的奶茶剛開始的時候並不受到歡迎，但是在一次一個日本電視節目的訪問後，終於吸引了生意人的注意。

另一說則是臺南市翰林茶館塗宗和先生所發明，據稱是在鴨母寮市場見得白色粉圓而得到靈感。故早期珍珠為白色，而後才改為黑色今貌。但這兩店好像皆未申請專利權或商標權,珍珠奶茶成為臺灣最具代表性的國民飲料。

1990年代後期，有業者引進「自動封口機」取代傳統杯蓋。許多新的投資業者，如樂立杯、休閒小站、大聯盟、快可立等，採用自動封口機開始拓展連鎖外帶飲料店業務。自此，外帶式的珍珠奶茶店成為主流，也因為連鎖店的參加，商人開始將珍珠奶茶拓展到全世界，成為臺灣國際知曉的知名食物之一。

有一說是春水堂某職員於1987年將粉圓與冰奶茶、檸檬紅茶做融合與調配，發明出第一杯珍珠奶茶。珍珠奶茶在剛開始推出的時候並不受到歡迎，但是偶然機緣下，經一家日本電視節目的訪問後，終於吸引了注意。此外，春水堂也對外稱他們在1983年發明泡沫紅茶。

另一說法是由“翰林茶館老闆”於1986年看到白色粉圓得到靈感，將其和奶茶混合所發明，因白色粉圓晶瑩剔透如珍珠而命名，之後粉圓加上黑糖才改為黑色今貌；現在門市仍可買到黑、白珍珠兩種茶飲。