一、水利工程建設管理體制
國家發改委、財政部、水利部、建設部規定，水利工程建設必須按照國家基本建設管理程式有關規定認真執行專案法人責任制、招標投標制、建設監理制、合同管理制等管理制度。
專案法人組建：新上專案在專案建議書被批准後，應及時組建專案法人籌備組，具體負責專案法人的籌建工作。
專案法人籌備組應主要由專案的投資方派代表組成。在申報專案可行性研究報告時，須同時提出專案法人的組建方案，在專案可行性研究報告經批准後，正式成立專案法人，並按規定確保資本金按時到位，同時及時辦理公司設立登記。國家重點建設專案的公司章程須報國家投資主管部門備案，其他專案的公司章程按專案的隸屬關係分別報有關部門、地方投資主管部門備案。
大型水利工程專案法人組建方案由省人民政府審批，中型水利工程專案法人組建方案由市州人民政府審批或委託縣市人民政府審批。
二、專案建設主管部門
專案建設主管部門主要包括國家投資主管部門、質量監督單位、專案稽察、審計機關和水利行業主管部門。主管部門在專案的建設過程中，主要抓建設程式中五個關鍵環節的監督管理，即專案建議書、可行性研究報告、初步設計報告、開工報告（建設實施開始）的審批以建設專案竣工驗收。
1.國家投資主管部門（國家發改委）：主要負責對中央投資和中央、地方合資的國家重點建設專案進行管理，其主要職責為：
(1）審批大型建設專案的可行性研究報告（大型包括專案建議書）。審批過程中，國家投資主管部門主要依據行業主管部門的技術審查意見和財政、金融等部門的投資意見，並委託有資格的工程諮詢公司評估。
(2）審查總投資超過2億元的重大建設專案的可行性研究報告，並報國務院審批。
(3）負責國家重點專案的後評價。國家投資主管部門在建設單位自評、行業評價的基礎上，委託中國國際工程諮詢公司組織複審。
（4）省級投資主管部門（省發改委）負責按上述程式履行大中型水利專案的省級審批和建設管理許可權。
2．質量監督：水利工程質量監督機構是水行政主管部門對水利工程質量進行監督管理的專職機構，對水利工程質量進行強制性的監督管理。
3．專案稽察：建設專案稽察的基本任務是對工程建設活動全過程進行監督檢查。對國家出資為主的水利基本建設專案實行稽察制度，稽察工作實行稽察特派員負責制。對建設專案的稽察，主要包括專案前期工作與設計工作、專案建設管理、專案計劃下達與執行、資金使用、工程質量、國家有關政策、法律、法規、規章和技術標準執行情況等方面的內容。
4．審計機關：為保證建設資金的合理使用，專案法人或建設單位應主動接受或聘請審計機關對專案建設資金的使用進行審計。
5．水行業主管部門：
(1）水利部是國務院水行政主管部門，對全國水利工程建設實行宏觀管理。
(2）流域機構是水利部的派出機構，對其所在流域行使水行政主管部門的職責，負責本流域水利工程建設的行業管理。
(3）省(自治區、直轄市）水利(水電）廳(局）是本地區的水行政主管部門，負責本地區水利工程建設的行業管理。
三、專案建議書、可研報告編制
1、開展大中型水利工程專案建議書、可研報告編制，應積極推行招標投標制度，打破區域和行業界限，按照公平、公正、科學、擇優的原則，確定諮詢、勘察、設計單位。
2、國家規劃內專案安排優先開展前期工作，並優先開工建設。
3、大型水利工程按國家有關規定開展前期工作。納入國家和省級相關規劃的中型水利工程，直接編制專案可行性研究報告，不再編制專案建議書。
4、前期工作經費由當地和專案業主負責落實，省級對大型水利工程給予適當支援。
四、資金籌措方案
大中型水利工程建設主要依靠中央投資支援，不足部分由省級和地方政府配套及專案業主自籌解決。
1、對經營性部分，充分發揮市場配置資源的基礎性作用，利用專案融資解決資金問題；對非經營性部分，省級投資給予適當支援，包乾使用，超概算投資部分由市（州）、縣（市、區）及專案業主自行負責。
2、對新開工的大型水利工程，根據國家投資情況和專案資金籌措情況，省級原則上按專案非經營性部分投資的10-15%包乾支援。
3、納入國家規劃的中型水利工程，中央資金支援達到50%的，省級原則上按非經營性部分投資的20%包乾支援；中央資金支援未達到50%，地方難以足額籌措建設資金的專案，省級可適當提高非經營性部分投資的支援比例。經營性投資比重較大、市場融資能力較強的專案，主要依靠爭取中央資金和市場融資解決，省級原則上不給予資金支援。
4、未納入國家規劃，中央未給予資金支援，省委、省政府確定開工的中型水利工程，省級投資比例原則上按非經營性部分投資的35%干支持。
5、根據水利工程建設具體情況，省級投資採取補助或專案資本金注入方式支援。補助方式的省級投資，直接補助到專案業主；專案資本金注入方式的省級投資，透過四川發展（控股）有限責任公司注入省水務投資集團，由省水務投資集團作為出資人代表，行使出資人權利。
五、水利專案審批工作程式
根據省發展改革委印發的《關於進一步加強農林水利基本建設專案管理的通知》（川發改農經［2011］202號）文規定，州發改委農經科對水利專案審批工作程式如下：
（一）大型水利工程（庫容1億立方以上，灌面50萬畝以上）
1、專案建議書：由發改部門層層轉報國家發展改革委，發展改革委委託水利部審查並提出審查意見後審批。
2、可行性研究報告：由發展改革部門層層轉報國家發展改革委審批，附規劃選址意見書、用地預審意見、環境影響評價檔案、節能審批批覆檔案及其它相關規定應提供的附件。
（二）中型水利工程（庫容1千萬立方—1億立方，不含1億立方；灌面5萬畝—50萬畝，不含50萬畝）
除國家、省對編制專案建議書有明確要求的專案外，省略專案建議書階段，以可行性研究報告代專案建議書，其程式為：發展改革部門層層轉報省發展改革委審批，附規劃選址意見書、用地預審意見、環境影響評價檔案、節能審查批覆檔案及其它相關規定應提供的附件。
（三）小型水利工程（庫容1千萬立方以下，不含1千立方）
可行性研究報告或實施方案由縣發展改革局報州發展改革委審批，附設計單位編制文字、政務中心受理通知、行業主管部門技術審查意見、用地預審意見、環境影響評價檔案、節能審查批覆檔案及其它相關規定應提供的附件等。
一、水利工程建設管理體制
國家發改委、財政部、水利部、建設部規定，水利工程建設必須按照國家基本建設管理程式有關規定認真執行專案法人責任制、招標投標制、建設監理制、合同管理制等管理制度。
專案法人組建：新上專案在專案建議書被批准後，應及時組建專案法人籌備組，具體負責專案法人的籌建工作。
專案法人籌備組應主要由專案的投資方派代表組成。在申報專案可行性研究報告時，須同時提出專案法人的組建方案，在專案可行性研究報告經批准後，正式成立專案法人，並按規定確保資本金按時到位，同時及時辦理公司設立登記。國家重點建設專案的公司章程須報國家投資主管部門備案，其他專案的公司章程按專案的隸屬關係分別報有關部門、地方投資主管部門備案。
大型水利工程專案法人組建方案由省人民政府審批，中型水利工程專案法人組建方案由市州人民政府審批或委託縣市人民政府審批。
二、專案建設主管部門
專案建設主管部門主要包括國家投資主管部門、質量監督單位、專案稽察、審計機關和水利行業主管部門。主管部門在專案的建設過程中，主要抓建設程式中五個關鍵環節的監督管理，即專案建議書、可行性研究報告、初步設計報告、開工報告（建設實施開始）的審批以建設專案竣工驗收。
1.國家投資主管部門（國家發改委）：主要負責對中央投資和中央、地方合資的國家重點建設專案進行管理，其主要職責為：
(1）審批大型建設專案的可行性研究報告（大型包括專案建議書）。審批過程中，國家投資主管部門主要依據行業主管部門的技術審查意見和財政、金融等部門的投資意見，並委託有資格的工程諮詢公司評估。
(2）審查總投資超過2億元的重大建設專案的可行性研究報告，並報國務院審批。
(3）負責國家重點專案的後評價。國家投資主管部門在建設單位自評、行業評價的基礎上，委託中國國際工程諮詢公司組織複審。
（4）省級投資主管部門（省發改委）負責按上述程式履行大中型水利專案的省級審批和建設管理許可權。
2．質量監督：水利工程質量監督機構是水行政主管部門對水利工程質量進行監督管理的專職機構，對水利工程質量進行強制性的監督管理。
3．專案稽察：建設專案稽察的基本任務是對工程建設活動全過程進行監督檢查。對國家出資為主的水利基本建設專案實行稽察制度，稽察工作實行稽察特派員負責制。對建設專案的稽察，主要包括專案前期工作與設計工作、專案建設管理、專案計劃下達與執行、資金使用、工程質量、國家有關政策、法律、法規、規章和技術標準執行情況等方面的內容。
4．審計機關：為保證建設資金的合理使用，專案法人或建設單位應主動接受或聘請審計機關對專案建設資金的使用進行審計。
5．水行業主管部門：
(1）水利部是國務院水行政主管部門，對全國水利工程建設實行宏觀管理。
(2）流域機構是水利部的派出機構，對其所在流域行使水行政主管部門的職責，負責本流域水利工程建設的行業管理。
(3）省(自治區、直轄市）水利(水電）廳(局）是本地區的水行政主管部門，負責本地區水利工程建設的行業管理。
三、專案建議書、可研報告編制
1、開展大中型水利工程專案建議書、可研報告編制，應積極推行招標投標制度，打破區域和行業界限，按照公平、公正、科學、擇優的原則，確定諮詢、勘察、設計單位。
2、國家規劃內專案安排優先開展前期工作，並優先開工建設。
3、大型水利工程按國家有關規定開展前期工作。納入國家和省級相關規劃的中型水利工程，直接編制專案可行性研究報告，不再編制專案建議書。
4、前期工作經費由當地和專案業主負責落實，省級對大型水利工程給予適當支援。
四、資金籌措方案
大中型水利工程建設主要依靠中央投資支援，不足部分由省級和地方政府配套及專案業主自籌解決。
1、對經營性部分，充分發揮市場配置資源的基礎性作用，利用專案融資解決資金問題；對非經營性部分，省級投資給予適當支援，包乾使用，超概算投資部分由市（州）、縣（市、區）及專案業主自行負責。
2、對新開工的大型水利工程，根據國家投資情況和專案資金籌措情況，省級原則上按專案非經營性部分投資的10-15%包乾支援。
3、納入國家規劃的中型水利工程，中央資金支援達到50%的，省級原則上按非經營性部分投資的20%包乾支援；中央資金支援未達到50%，地方難以足額籌措建設資金的專案，省級可適當提高非經營性部分投資的支援比例。經營性投資比重較大、市場融資能力較強的專案，主要依靠爭取中央資金和市場融資解決，省級原則上不給予資金支援。
4、未納入國家規劃，中央未給予資金支援，省委、省政府確定開工的中型水利工程，省級投資比例原則上按非經營性部分投資的35%干支持。
5、根據水利工程建設具體情況，省級投資採取補助或專案資本金注入方式支援。補助方式的省級投資，直接補助到專案業主；專案資本金注入方式的省級投資，透過四川發展（控股）有限責任公司注入省水務投資集團，由省水務投資集團作為出資人代表，行使出資人權利。
五、水利專案審批工作程式
根據省發展改革委印發的《關於進一步加強農林水利基本建設專案管理的通知》（川發改農經［2011］202號）文規定，州發改委農經科對水利專案審批工作程式如下：
（一）大型水利工程（庫容1億立方以上，灌面50萬畝以上）
1、專案建議書：由發改部門層層轉報國家發展改革委，發展改革委委託水利部審查並提出審查意見後審批。
2、可行性研究報告：由發展改革部門層層轉報國家發展改革委審批，附規劃選址意見書、用地預審意見、環境影響評價檔案、節能審批批覆檔案及其它相關規定應提供的附件。
（二）中型水利工程（庫容1千萬立方—1億立方，不含1億立方；灌面5萬畝—50萬畝，不含50萬畝）
除國家、省對編制專案建議書有明確要求的專案外，省略專案建議書階段，以可行性研究報告代專案建議書，其程式為：發展改革部門層層轉報省發展改革委審批，附規劃選址意見書、用地預審意見、環境影響評價檔案、節能審查批覆檔案及其它相關規定應提供的附件。
（三）小型水利工程（庫容1千萬立方以下，不含1千立方）
可行性研究報告或實施方案由縣發展改革局報州發展改革委審批，附設計單位編制文字、政務中心受理通知、行業主管部門技術審查意見、用地預審意見、環境影響評價檔案、節能審查批覆檔案及其它相關規定應提供的附件等。