大殿正面5個開間共有22扇雕花隔扇門，其中明間6扇各雕雲龍一條，組成“六龍捧聖”，排列於殿內孔子聖像前；次間、梢間每扇為一中國民間傳統吉祥圖案，如“雙獅分水”、“喜鵲鬧梅”、“三羊開泰”、“旭日東昇”、“竹報平安”、“祿祿有福”、“一路連科”等，共雕有100多個大小動物及翎毛花卉，形態惟妙惟肖、栩栩如生，個個鏤空為立體狀，堪稱木雕藝術的珍品。

大殿樑架、斗拱上的彩畫繪製精美，儲存完好，也有極高的藝術價值。

大殿中共懸掛了清代帝王贊孔尊孔的“御題”貼金匾額8塊，它們分別是康熙的“萬世師表”、雍正的“生民未有”、乾隆的“與天地參”、嘉慶的“聖集大成”、道光的“聖協時中”、咸豐的“德齊幬載”、同治的“聖神天縱”以及光緒的“斯文在茲”，充分顯示了清代帝王對孔子及其儒家學說的推崇備至。

大殿東西兩側各有東西碑亭一座。東碑亭中立有清代雍正皇帝的《平定青海告成太學碑記》。西碑亭中立有乾隆皇帝御製《平定回部告成太學碑記》，這是用兩塊巨石和滿漢兩種文字書寫雕刻而成的滿漢碑。

兩通碑上鑲一塊完整的碑首，將其聯為一體。該碑原立於北京文廟內，臨安知府雙鼎摹刻於建水文廟，實屬罕見的滿漢文碑。

大殿後牆外牆腳處，還立有10多她石碑，其中元代至元年武宗皇帝追封孔子為“大聖至聖文宣王”的聖旨碑，為滇南最古老的碑刻遺存。