鹽酸米諾環素膠囊的主要不良反應如下： 1 菌群失調：本品引起菌群失調較為多見。輕者引起維生素缺乏，也常可見到由於白色念珠菌和其他耐藥菌所引起的二重感染。亦可發生難辨梭菌性假膜性腸炎。 2 消化道反應：食慾不振、噁心、嘔吐、腹痛、腹瀉、口腔炎、舌炎、肛門周圍炎等；偶可發生食管潰瘍。 3 肝損害：偶見噁心、嘔吐、黃疸、脂肪肝、血清氨基轉移酶升高、嘔血和便血等，嚴重者可昏迷而死亡。 4 腎損害：可加重腎功能不全者的腎損害，導致血尿素氮和肌酐值升高。 5 影響牙齒和骨發育：本品可沉積於牙齒和骨中，造成牙齒黃染，並影響胎兒、新生兒和嬰幼兒骨骼的正常發育。 6 過敏反應：主要表現為皮疹、蕁麻疹、藥物熱、光敏性皮炎和哮喘等。罕見全身性紅斑狼瘡，若出現，應立即停藥並作適當處理。 7 可見眩暈、耳鳴、共濟失調伴噁心、嘔吐等前庭功能紊亂（呈劑量依耐性，女性比男性多見），常發生於最初幾次劑量時，一般停藥24～48小時後可恢復。 8 血液系統：偶有溶血性貧血、血小板減少、中性粒細胞減少、嗜酸性粒細胞增多等。 9 維生素缺乏症：偶有維生素K缺乏症狀（低凝血酶原症、出血傾向等）、維生素B族缺乏症狀（舌炎、口腔炎、食慾不振、神經炎等）等。 10 顱內壓升高：偶見嘔吐、頭痛、複視、視神經乳頭水腫、前囟膨隆等顱內壓升高症狀，應立即停藥。 11 休克：偶有休克現象發生，須注意觀察，如發現有不適感、口內異常感、哮喘、便意、耳鳴等症狀時，應立即停藥，並作適當處理。 12 面板：斑丘疹、紅斑樣皮疹等；偶見剝脫性皮炎、混合性藥疹、多形性紅斑和Steven-Johnson綜合徵。長期服用本品，偶有指甲、面板、粘膜處色素沉著現象發生。13 其他：偶有頭暈、倦怠感等。長期服用本品，可使甲狀腺變為棕黑色，甲狀腺功能異常少見。罕見聽力受損。