明朝，萬曆年間。
俠盜楚留香為拯救災民，受人僱傭，來到雲來客棧盜取“天下第一美女”魚尺素的心，不想卻被魚尺素的經歷感動，決定放棄一切，就在這時，雲開客棧一眾人忽然死於“天一神水”之下，而神水宮的宮南燕更是一口咬定是楚留香盜取了他們的“天一神水”。
無奈的楚留香只好著手調查，路上邂逅了一心替父報仇的蘇蓉蓉，二人打打鬧鬧，鬧出不少笑話，經過重重難關，留香意外地發現這件事居然跟摯交好友妙僧無花及丐幫幫主李紅袖有關，原來當年無花與李紅袖之父天楓十四郎來中原習武，被人拒之門外，痛苦之下，混於各門之間，偷學武功，而後又與各大門派決鬥，最終死於丐幫任慈和少林方丈天峰之手，任慈和天峰不知天楓十四郎在跟他交手前已跟別人交手，十分後悔。
天楓十四郎義女石觀音為了報復任慈，將無花和紅袖送往少林和丐幫撫養，後雙雙繼承衣缽，為父報仇。
紅袖表面是男兒生，實際卻是女子，她對留香一片深情，卻始終糾纏在兄長和留香之間，左右為難，最終無花飲毒自盡，紅袖遠去，獨留留香一人惆悵……
留香視為妹妹的宋甜兒，因為留香和紅袖的一段過去而吃醋出走，蓉蓉怕她有危險緊跟其後，不想卻被人販子抓走，留香前往相救，人販子沒抓到，卻救下了孤女琳琅，三人一路進入大沙漠，沒想到他鄉遇故知，居然讓留香碰見了童年的好朋友胡鐵花，並且糾纏進了龜茲國和石觀音的鬥爭之中。
可愛的琳琅喚起了楚留香沉睡的愛意，可是她忽然失蹤了，等她再出現時，她已成了龜茲國的王妃，而更令留香意外的是，蓉蓉居然是龜茲國的琵琶公主，而她的失蹤，只是因為國家有難，迅速趕回。
愛也難，恨也難，就當留香衝冠一怒為紅顏，準備拼死帶走琳琅時，他忽然發現，她就是傳說中的石觀音，她來只是因為想顛覆龜茲國，而且無花沒有死，他搖身一變成了叛軍的首領，正準備協助石觀音，背水一戰。
情和義留香必須選擇，所以當石觀音來的時候，他給了她一掌，他不知道那一刻石觀音已被他的愛感動，準備捨棄一切，跟他遠走，他那一掌打碎了一切，石觀音一夜白髮，更加殘酷，直到留香把劍刺入了她的咽喉，她——落淚了……
狼狽失敗的無花，被妄圖利用石觀音事件在龜茲國表功的柳無眉挑斷了手筋腳筋，爬出大沙漠，結果被一個女人救了去……
而柳無眉的精妙計策也被楚留香一眼看穿而迅速逃走……
幾人走出沙漠，感慨萬千。
留香經石觀音一役，暗自神傷，而此時江湖再起風雲，八大門派因不滿神水宮偏居一方，欲群起而攻之，留香受邀，甜兒覺得這是一個忘掉過去煩惱的好機會，可是留香卻覺得神水宮一向無大過，沒必要大動干戈。
而此時，在沙漠中受挫的柳無眉夫婦匆匆加入到八大門派當中，無眉料定此戰八大門派必勝，想替丈夫混個名聲，沒想到水母陰姬早有準備，不但將八大門派全部擊退，還將船掀翻，要眾人自生自滅，求生的木板只有一塊，無眉為了活命，將丈夫玉涵一把推進了深海之中。
此戰不但八大門派受挫，陰姬自己也受了重傷，她知道自己命不久矣，怕神水宮無人庇佑，欲找大弟子宮南燕傳授神功，沒想到在關鍵時刻居然發現宮南燕與人有染，陰姬雖不忍殺她，亦不想她接手神水宮，此時鳳姑提醒她，她還有一個女兒在世上，這些話恰巧被飄到岸上的無眉聽到了。
宮南燕將廢除武功的無花藏在山洞，渴望一生一世照顧他，可是無花卻野心未滅鼓勵她去殺陰姬，南燕經不住他一再慫恿決定動手，可是最後還是戰勝不了感情這一關，撒手而去，結果和無眉狹路相逢。
南燕將無眉抓到無花面前，無花恨她廢了自己的武功，要殺她，無眉把陰姬找女兒的事告訴二人，並表示自己可以冒充她的女兒，無花覺得這是個好機會，要南燕跟鳳姑去追查，探聽陰姬女兒有何特徵。
晚上，無眉來到無花床前，向他述說愛戀，原來她從小就喜歡無花，只恨無花眼裡從來沒有自己，所以她才會廢了他的武功，所以她才會嫁一個跟無花長得三分像的玉涵，無花忽然感覺到眼前的小妹妹已經長大。
留香執意不肯與八大門派為伍令甜兒十分生氣，她抓了鐵花一起，準備冒充留香替他揚名立萬，沒想到在途中遇見了鳳姑和南燕的大戰，鳳姑臨死前將信物交給甜兒，要甜兒幫著去找陰姬的女兒。
甜兒覺得攻破神水宮太難的，這是唯一一個突破口，於是便假裝陰姬的女兒，前往神水宮，南燕欲除之而後快，卻被另一宮女彩雀強先一步將甜兒和鐵花迎入神水宮。
陰姬得見甜兒，寵愛有加，甜兒屢次想要滅神水宮，都因為陰姬的愛而放棄，無眉希望落空，氣急敗壞，不斷地給南燕出主意，對付甜兒，一時紛爭不斷。
留香和蓉蓉得知甜兒被神水宮抓去，大急，匆匆趕往神水宮，沒想到就在這時，甜兒中了無眉的圈套，自亂陣腳，被陰姬發現了她的身份，將她關押。
無花覺得這是個好機會，要無眉冒充陰姬之女，無眉表示，得到了神水宮你有宮南燕，而我卻一無所有，無花聽了無言以對，第二天，無眉就離開了，她要逼無花殺南燕。
無花想殺南燕保無眉，可是南燕的柔情和愛一再地牽絆著他，讓他下不了手。
無眉久等無花的訊息不得，十分難過，一個人又無所依靠，只要在酒樓裡以跳舞為生。
南燕忽然懷孕，陰姬要她招出姦夫，南燕死也不從，被陰姬關押。
留香和蓉蓉來救甜兒，被指為姦夫，陰姬與留香大戰，打成平手，留香答應要幫陰姬查出誰是她女兒。
留香和蓉蓉就著一點點線索慢慢檢視，被無眉發現，無眉在市井飽受欺負，殺了不少人，已經引起官府的注意，留香的到來正好給了她一個機會，她布了個局，讓留香和蓉蓉認為她改邪歸正了，並故意露出假做的胎記，讓蓉蓉誤認她是陰姬的女兒。
無眉與陰姬相認，留香、蓉蓉、鐵花、甜兒終於相逢，不想甜兒記起鳳姑臨死前的話，發現無眉的破綻，而此時，無眉也準備將所有的人都滅口。
留香等人九死一生，逃出神水宮，繼續追查整件事，居然意外地發現陰姬跟留香的身世有關。
另一邊，無眉不斷地討好陰姬，陰姬也將武功傳授，可是二人間總是隔著些什麼，無花催促無眉殺陰姬，無眉卻反而要無花先殺南燕。
無花假裝送飯的宮女，企圖遊說南燕自殺，可是卻禁不起南燕的款款深情，反而要她好好活著，等待機會，無眉聽到一切，心裡十分難過，幾次想殺無花，可最後還是下不了手，她抱著無花流著眼淚告訴他，我寧願你就這麼騙騙我，一輩子這麼騙騙我，無花無語。
留香追查到當年的滅門血案以及陰姬過去的故事，隱隱覺得她就是自己的殺母仇人，他迫不及待地要殺她報仇，於是和蓉蓉等人匆匆往回趕。
無眉覺得陰姬傳她的武功令她走火入魔，不明白為什麼，陰姬笑著表示，她早知道她是冒充的，所以故意引她入局，無眉不明白自己哪裡露了破綻，陰姬告訴她，自己當年生的孩子是個男孩，鳳姑怕她討厭男孩，所以故意說是女孩，鳳姑走之前，已經留下遺書將此事告之了。
無眉大駭，而此時，彩雀也將無花和南燕押來，刺瞎了無花的眼睛，刺聾了他的耳朵，要他在二女之間選擇一個殺掉，無花不知該走向誰，無眉長嘆一聲，自己跳進了萬丈深淵。
留香來，責問陰姬，陰姬直認不諱，二人大戰，陰姬輸了，留香欲殺她，忽然發現她口中唸的詩曾在童年的記憶裡出現，陰姬道出，原來她就是留香的母親。
母子相認，格外親熱。
陰姬病危，留香答應替她永遠照顧神水宮，可是在葬禮上，蓉蓉無意中發現陰姬的手上有一點守宮砂，她從來都沒跟任何男人有過肌膚之親。
原來一切都是陰姬的陰謀，她只是想要留香來替她守住神水宮，說還是不說？蓉蓉為難了，說吧，等於毀掉了留香好不容易得來的親情，不說又欺騙了留香……
山谷裡，南燕默默地照顧著無花，無花一直以為身邊的人是無眉，因為他覺得無眉生還的機會比較大，在某一天的一個下午，他終於忍不住告訴她，他心裡其實一直在想南燕，他不知道他以為的無眉其實就是南燕，一句“愛”字聽得南燕淚流滿面。
蓉蓉為難中，留香自己說出了一切，原來他也早知道了答案，只是為了讓一個老人去得安心，所以才隱瞞了一切。
歌舞聲中，甜兒當上了神水宮的宮主，她和鐵花成了一對歡喜冤家。
留香牽著馬繼續遊劍江湖，蓉蓉跑過來問他，是不是準備好要愛自己了？
留香摸摸鼻子笑著說，好像剛剛開始了……
明朝，萬曆年間。
俠盜楚留香為拯救災民，受人僱傭，來到雲來客棧盜取“天下第一美女”魚尺素的心，不想卻被魚尺素的經歷感動，決定放棄一切，就在這時，雲開客棧一眾人忽然死於“天一神水”之下，而神水宮的宮南燕更是一口咬定是楚留香盜取了他們的“天一神水”。
無奈的楚留香只好著手調查，路上邂逅了一心替父報仇的蘇蓉蓉，二人打打鬧鬧，鬧出不少笑話，經過重重難關，留香意外地發現這件事居然跟摯交好友妙僧無花及丐幫幫主李紅袖有關，原來當年無花與李紅袖之父天楓十四郎來中原習武，被人拒之門外，痛苦之下，混於各門之間，偷學武功，而後又與各大門派決鬥，最終死於丐幫任慈和少林方丈天峰之手，任慈和天峰不知天楓十四郎在跟他交手前已跟別人交手，十分後悔。
天楓十四郎義女石觀音為了報復任慈，將無花和紅袖送往少林和丐幫撫養，後雙雙繼承衣缽，為父報仇。
紅袖表面是男兒生，實際卻是女子，她對留香一片深情，卻始終糾纏在兄長和留香之間，左右為難，最終無花飲毒自盡，紅袖遠去，獨留留香一人惆悵……
留香視為妹妹的宋甜兒，因為留香和紅袖的一段過去而吃醋出走，蓉蓉怕她有危險緊跟其後，不想卻被人販子抓走，留香前往相救，人販子沒抓到，卻救下了孤女琳琅，三人一路進入大沙漠，沒想到他鄉遇故知，居然讓留香碰見了童年的好朋友胡鐵花，並且糾纏進了龜茲國和石觀音的鬥爭之中。
可愛的琳琅喚起了楚留香沉睡的愛意，可是她忽然失蹤了，等她再出現時，她已成了龜茲國的王妃，而更令留香意外的是，蓉蓉居然是龜茲國的琵琶公主，而她的失蹤，只是因為國家有難，迅速趕回。
愛也難，恨也難，就當留香衝冠一怒為紅顏，準備拼死帶走琳琅時，他忽然發現，她就是傳說中的石觀音，她來只是因為想顛覆龜茲國，而且無花沒有死，他搖身一變成了叛軍的首領，正準備協助石觀音，背水一戰。
情和義留香必須選擇，所以當石觀音來的時候，他給了她一掌，他不知道那一刻石觀音已被他的愛感動，準備捨棄一切，跟他遠走，他那一掌打碎了一切，石觀音一夜白髮，更加殘酷，直到留香把劍刺入了她的咽喉，她——落淚了……
狼狽失敗的無花，被妄圖利用石觀音事件在龜茲國表功的柳無眉挑斷了手筋腳筋，爬出大沙漠，結果被一個女人救了去……
而柳無眉的精妙計策也被楚留香一眼看穿而迅速逃走……
幾人走出沙漠，感慨萬千。
留香經石觀音一役，暗自神傷，而此時江湖再起風雲，八大門派因不滿神水宮偏居一方，欲群起而攻之，留香受邀，甜兒覺得這是一個忘掉過去煩惱的好機會，可是留香卻覺得神水宮一向無大過，沒必要大動干戈。
而此時，在沙漠中受挫的柳無眉夫婦匆匆加入到八大門派當中，無眉料定此戰八大門派必勝，想替丈夫混個名聲，沒想到水母陰姬早有準備，不但將八大門派全部擊退，還將船掀翻，要眾人自生自滅，求生的木板只有一塊，無眉為了活命，將丈夫玉涵一把推進了深海之中。
此戰不但八大門派受挫，陰姬自己也受了重傷，她知道自己命不久矣，怕神水宮無人庇佑，欲找大弟子宮南燕傳授神功，沒想到在關鍵時刻居然發現宮南燕與人有染，陰姬雖不忍殺她，亦不想她接手神水宮，此時鳳姑提醒她，她還有一個女兒在世上，這些話恰巧被飄到岸上的無眉聽到了。
宮南燕將廢除武功的無花藏在山洞，渴望一生一世照顧他，可是無花卻野心未滅鼓勵她去殺陰姬，南燕經不住他一再慫恿決定動手，可是最後還是戰勝不了感情這一關，撒手而去，結果和無眉狹路相逢。
南燕將無眉抓到無花面前，無花恨她廢了自己的武功，要殺她，無眉把陰姬找女兒的事告訴二人，並表示自己可以冒充她的女兒，無花覺得這是個好機會，要南燕跟鳳姑去追查，探聽陰姬女兒有何特徵。
晚上，無眉來到無花床前，向他述說愛戀，原來她從小就喜歡無花，只恨無花眼裡從來沒有自己，所以她才會廢了他的武功，所以她才會嫁一個跟無花長得三分像的玉涵，無花忽然感覺到眼前的小妹妹已經長大。
留香執意不肯與八大門派為伍令甜兒十分生氣，她抓了鐵花一起，準備冒充留香替他揚名立萬，沒想到在途中遇見了鳳姑和南燕的大戰，鳳姑臨死前將信物交給甜兒，要甜兒幫著去找陰姬的女兒。
甜兒覺得攻破神水宮太難的，這是唯一一個突破口，於是便假裝陰姬的女兒，前往神水宮，南燕欲除之而後快，卻被另一宮女彩雀強先一步將甜兒和鐵花迎入神水宮。
陰姬得見甜兒，寵愛有加，甜兒屢次想要滅神水宮，都因為陰姬的愛而放棄，無眉希望落空，氣急敗壞，不斷地給南燕出主意，對付甜兒，一時紛爭不斷。
留香和蓉蓉得知甜兒被神水宮抓去，大急，匆匆趕往神水宮，沒想到就在這時，甜兒中了無眉的圈套，自亂陣腳，被陰姬發現了她的身份，將她關押。
無花覺得這是個好機會，要無眉冒充陰姬之女，無眉表示，得到了神水宮你有宮南燕，而我卻一無所有，無花聽了無言以對，第二天，無眉就離開了，她要逼無花殺南燕。
無花想殺南燕保無眉，可是南燕的柔情和愛一再地牽絆著他，讓他下不了手。
無眉久等無花的訊息不得，十分難過，一個人又無所依靠，只要在酒樓裡以跳舞為生。
南燕忽然懷孕，陰姬要她招出姦夫，南燕死也不從，被陰姬關押。
留香和蓉蓉來救甜兒，被指為姦夫，陰姬與留香大戰，打成平手，留香答應要幫陰姬查出誰是她女兒。
留香和蓉蓉就著一點點線索慢慢檢視，被無眉發現，無眉在市井飽受欺負，殺了不少人，已經引起官府的注意，留香的到來正好給了她一個機會，她布了個局，讓留香和蓉蓉認為她改邪歸正了，並故意露出假做的胎記，讓蓉蓉誤認她是陰姬的女兒。
無眉與陰姬相認，留香、蓉蓉、鐵花、甜兒終於相逢，不想甜兒記起鳳姑臨死前的話，發現無眉的破綻，而此時，無眉也準備將所有的人都滅口。
留香等人九死一生，逃出神水宮，繼續追查整件事，居然意外地發現陰姬跟留香的身世有關。
另一邊，無眉不斷地討好陰姬，陰姬也將武功傳授，可是二人間總是隔著些什麼，無花催促無眉殺陰姬，無眉卻反而要無花先殺南燕。
無花假裝送飯的宮女，企圖遊說南燕自殺，可是卻禁不起南燕的款款深情，反而要她好好活著，等待機會，無眉聽到一切，心裡十分難過，幾次想殺無花，可最後還是下不了手，她抱著無花流著眼淚告訴他，我寧願你就這麼騙騙我，一輩子這麼騙騙我，無花無語。
留香追查到當年的滅門血案以及陰姬過去的故事，隱隱覺得她就是自己的殺母仇人，他迫不及待地要殺她報仇，於是和蓉蓉等人匆匆往回趕。
無眉覺得陰姬傳她的武功令她走火入魔，不明白為什麼，陰姬笑著表示，她早知道她是冒充的，所以故意引她入局，無眉不明白自己哪裡露了破綻，陰姬告訴她，自己當年生的孩子是個男孩，鳳姑怕她討厭男孩，所以故意說是女孩，鳳姑走之前，已經留下遺書將此事告之了。
無眉大駭，而此時，彩雀也將無花和南燕押來，刺瞎了無花的眼睛，刺聾了他的耳朵，要他在二女之間選擇一個殺掉，無花不知該走向誰，無眉長嘆一聲，自己跳進了萬丈深淵。
留香來，責問陰姬，陰姬直認不諱，二人大戰，陰姬輸了，留香欲殺她，忽然發現她口中唸的詩曾在童年的記憶裡出現，陰姬道出，原來她就是留香的母親。
母子相認，格外親熱。
陰姬病危，留香答應替她永遠照顧神水宮，可是在葬禮上，蓉蓉無意中發現陰姬的手上有一點守宮砂，她從來都沒跟任何男人有過肌膚之親。
原來一切都是陰姬的陰謀，她只是想要留香來替她守住神水宮，說還是不說？蓉蓉為難了，說吧，等於毀掉了留香好不容易得來的親情，不說又欺騙了留香……
山谷裡，南燕默默地照顧著無花，無花一直以為身邊的人是無眉，因為他覺得無眉生還的機會比較大，在某一天的一個下午，他終於忍不住告訴她，他心裡其實一直在想南燕，他不知道他以為的無眉其實就是南燕，一句“愛”字聽得南燕淚流滿面。
蓉蓉為難中，留香自己說出了一切，原來他也早知道了答案，只是為了讓一個老人去得安心，所以才隱瞞了一切。
歌舞聲中，甜兒當上了神水宮的宮主，她和鐵花成了一對歡喜冤家。
留香牽著馬繼續遊劍江湖，蓉蓉跑過來問他，是不是準備好要愛自己了？
留香摸摸鼻子笑著說，好像剛剛開始了……