根據《稅務稽查工作規程》、《稅務稽查案源管理辦法（試行）》等的規定，稅務機關對案源（稅收違法案件的來源）的選取以風險管理為導向，由稽查局歸口管理，從案源的來源上歸類，一類為稅務系統內部確定的案源，一類為公安、審計、紀檢等外部轉辦的案源，一類為檢舉案源。
（一）稅務系統內部案源——風險推送、協查、上級交辦（督辦）
1、納稅評估、風險推送、隨機抽查異常名錄庫
稅務局在稅收管理過程中，透過對企業的各項資料資訊進行收集，根據各行業稅負監控結果等資料設立評估指標及預警值。對企業資料資訊的收集，包括企業申報資訊，如稅務登記、發票領用、稅收優惠、企業財務報表等；與統計、科技、工商等各部門的資訊交換獲取的企業涉稅資訊；公開資料採集的企業資訊等。基層稅務機關透過對上述資料的分析，根據行業不同設定評估指標，一般採集同行業近三年平均水平數值作為參照指標，設立預警值，推送風險。例如，對醫藥製造業進行評估時，列出同行業同期企業的費用率、增值稅稅負率、企業所得稅貢獻率等指標，評估企業是否存在不計或少計收入、多列成本費用等問題。
透過納稅評估等方法，稅務機關對日常管理中發現的指標異常企業，存在偷、逃、抗、騙嫌疑的移交稽查局；風險管理部門透過類似的分析識別方法推送高風險納稅人風險資訊；市一級及以上稽查局綜合考慮納稅規模、所述行業、分佈區域等因素建立隨機抽查物件名錄庫，並將風險等級高、長期納稅申報異常、被相關部門列為違法失信聯合懲戒的納稅人列入隨機抽查物件異常名錄。
2、協查、上級稅務機關交辦或督辦
稽查局對需異地調查取證的發票可以委託有管轄權的稽查局，傳送《稅收違法案件協查函》，由此形成受託方稽查局的案件來源。華稅在接到的醫藥行業涉稅案件諮詢中，相當比例案件由協查引發。此外，國家稅務總局、上級稅務局以交辦函、督辦函的形式下發案源。例如，2017年度，國家稅務總局稽查局關於醫藥行業開展專項整治工作，下發疑點資料要求各地稽查局予以落實。
（二）外部案源——轉辦、檢舉案源
稽查局案源資訊的來源中，公安、審計、紀檢監察等外部單位在查處其他違法行為時，可能牽出涉稅違法行為，移交稽查局。例如，2016年食品藥品監督總局對藥品流通領域違法經營行為進行整治，其中對“購銷藥品，票、賬、貨、款不能相互對應一致；藥品為入庫，設立賬外賬，使用銀行個人賬戶進行業務往來”的檢查，將可能查處藥企虛開發票、少計不計收入偷稅等涉稅刑事行政責任風險，移交稅務部門。2019年7月財政部對醫藥行業會計資訊質量的工作檢查，因對費用、成本、收入真實性的檢查均會涉及發票，也將引發藥企存在涉稅行政、刑事責任風險，從而移交稅務部門稽查立案。
二、製藥企業的稅務稽查重點與稽查方法
國醫改辦發[2016]4號正式明確在公立醫療機構藥品採購中推行“兩票制”，“兩票制”要求藥品在生產企業到流通企業開一次發票，流通企業到醫療機構開一次發票。在醫院招標環節，要求醫療機構不僅要索要第二票，而且要求流通企業提供第一票的影印件，兩票相互印證才可入庫。“兩票制”的推行深刻影響醫藥行業企業的涉稅風險格局，將原來透過七票、八票“過票”“洗出銷售佣金”的壓力集中傳導到製藥企業，由於醫藥行業處於買方市場，銷售佣金、商業賄賂在現行醫療體制下無法避免，製藥企業在發票開具環節只能轉“低開”為“高開”，一方面，銷售費用激增，另一方面，獲取進項發票合規抵扣成本壓力增大。
（一）核查企業各項費用發生的真實性，確定是否以虛增費用方式套取現金
“兩票制”壓縮了開票鏈條，但並未根本改變藥品處於買方市場的銷售模式，藥品銷售人員的佣金、醫生等的回款依然需要以各種費用的名義進入企業核算體系，費用列支的依據之一即為企業虛增的費用。
對費用的檢查包括：諮詢費、會議費、住宿費、差旅費、業務招待費、廣告費、業務宣傳費、研發費用。
稽查方法包括：
（1）核查費用報銷制度、銷售費用列支政策；
（2）將期間費用與主營業務收入進行比較，判定期間費用列支是否合理，找出多列費用的疑點；
（3）提供營銷人員報銷的銷售費用；
（4）核查管理費用、銷售費用明細賬；
（5）核查發票、合同、銀行付款憑證、費用報銷單；
（6）核查發票內容與會議日程、參會人員、會議地點等要素是否相符；
（7）廣告和業務宣傳費發生額是否相對穩定，增長較快且無新產品投放市場的情況下，可能存在虛增廣告和業務宣傳費；
（8）結合個人所得稅的申報核查研發人員的工資、薪金支出；核查企業從研發立項到成果轉化的過程控制；關注研發費用列支專案是否合理；是否將其他有比例扣除費用擠進研發費用中全額扣除。
（二）分析比對農產品收購進項比率，確定是否存在虛開農產品收購發票
“兩票制”下，醫藥製造/生產企業可能透過虛開農產品收購發票、虛增進項抵消“高開”必須承擔的增值稅及企業所得稅稅負。就製藥企業而言，生產經營正常、產品穩定、藥材市場穩定的情形下，藥材購進也應相對穩定，稽查局可能透過測算農產品收購進項稅額佔所有進項稅額的比例，判斷製藥企業是否存在虛開農產品收購發票、虛增進項的問題。
製藥企業的虛開發票風險，還在於容易受到上游藥材貿易公司的牽連，若上游藥材貿易公司涉嫌虛開，則製藥企業作為下游受票企業，則可能會受到牽連，由上游稽查局發出《已證實虛開通知單》，要求製藥企業主管稅局協查。
（三）是否透過醫藥服務商（醫藥諮詢公司）接受虛開增值稅專用發票
“兩票制”下，製藥企業的開票合規問題，大多數透過將營銷服務外包方式，由CSP/CSO等諮詢服務公司解決。2018年9月份，湖北省稅務局對醫藥諮詢公司的大檢查使該種業務模式面臨的虛開風險激增。
稽查方法主要包括：（1）核查服務費、諮詢費發票對應的合同，記賬憑證、發票記賬聯、服務達成的證明材料；（2）製藥企業同第三方諮詢公司存在關聯關係的，核查實際控制人等的銀行賬戶資金流水，核查是否存在資金迴流；（3）檢查企業是否建立了推廣服務商選取等內控制度；（4）醫藥諮詢公司是否存在提供服務的能力，詳細說明醫藥諮詢公司提供諮詢服務、會議服務、市場推廣服務、廣告服務等的業務流程。
三、製藥企業如何有效應對稅務稽查
（一）服務商的合規才能帶來製藥企業的合規
兩票制後，製藥企業透過醫藥諮詢公司接受大量的諮詢費、服務費等發票，由於製藥企業與服務商合作的緊密性及具有的關聯關係，製藥企業應建立內控制度，建立服務商選取制度；與服務商之間的交易應從真實性、合法性、關聯性角度盡到合理注意義務及審查義務，制定格式合同，注重服務證據鏈的完整性與真實性。
（二）及時自查自糾，透過聽證等方式充分申辯意見
根據《稅務稽查工作規程》的規定，稅務稽查必須經歷選案、檢查、審理和執行四個基本程式，每個程式都必須按照工作規程的規定。企業在接到《稅務事項通知書》後，一方面應及時進行自查自糾，與稅務機關溝通協調，確有少繳、未繳稅款情形的，及時補繳稅款及滯納金；另一方面，應注重留存稽查部門是否按照法定程式出示相關通知書，是否按照電子資料取證規範、賬簿調取規範、銀行流水查詢規範等要求檢查相關證據。經檢查後，若檢查部門認為企業存在稅收違法事項的，向企業下達稅務行政處罰事項通知書，企業應提出書面聽證申請，透過聽證程式陳述、申辯。
（三）與稅務機關保持良性溝通，避免虛開移送刑事風險
稅務稽查程式中，企業應當積極配合稅局提供證明業務真實發生、費用真實發生的合同、記賬憑證等原始資料，與稽查局保持良性溝通，必要時可尋求專業稅務律師介入，透過提交書面的申辯意見、整理證據清單、證據材料等方式，尤其針對存在虛開刑事責任風險的，應當透過跟稽查局的充分溝通、證據材料的充分準備梳理，將風險在稽查程式中化解。
根據《稅務稽查工作規程》、《稅務稽查案源管理辦法（試行）》等的規定，稅務機關對案源（稅收違法案件的來源）的選取以風險管理為導向，由稽查局歸口管理，從案源的來源上歸類，一類為稅務系統內部確定的案源，一類為公安、審計、紀檢等外部轉辦的案源，一類為檢舉案源。
（一）稅務系統內部案源——風險推送、協查、上級交辦（督辦）
1、納稅評估、風險推送、隨機抽查異常名錄庫
稅務局在稅收管理過程中，透過對企業的各項資料資訊進行收集，根據各行業稅負監控結果等資料設立評估指標及預警值。對企業資料資訊的收集，包括企業申報資訊，如稅務登記、發票領用、稅收優惠、企業財務報表等；與統計、科技、工商等各部門的資訊交換獲取的企業涉稅資訊；公開資料採集的企業資訊等。基層稅務機關透過對上述資料的分析，根據行業不同設定評估指標，一般採集同行業近三年平均水平數值作為參照指標，設立預警值，推送風險。例如，對醫藥製造業進行評估時，列出同行業同期企業的費用率、增值稅稅負率、企業所得稅貢獻率等指標，評估企業是否存在不計或少計收入、多列成本費用等問題。
透過納稅評估等方法，稅務機關對日常管理中發現的指標異常企業，存在偷、逃、抗、騙嫌疑的移交稽查局；風險管理部門透過類似的分析識別方法推送高風險納稅人風險資訊；市一級及以上稽查局綜合考慮納稅規模、所述行業、分佈區域等因素建立隨機抽查物件名錄庫，並將風險等級高、長期納稅申報異常、被相關部門列為違法失信聯合懲戒的納稅人列入隨機抽查物件異常名錄。
2、協查、上級稅務機關交辦或督辦
稽查局對需異地調查取證的發票可以委託有管轄權的稽查局，傳送《稅收違法案件協查函》，由此形成受託方稽查局的案件來源。華稅在接到的醫藥行業涉稅案件諮詢中，相當比例案件由協查引發。此外，國家稅務總局、上級稅務局以交辦函、督辦函的形式下發案源。例如，2017年度，國家稅務總局稽查局關於醫藥行業開展專項整治工作，下發疑點資料要求各地稽查局予以落實。
（二）外部案源——轉辦、檢舉案源
稽查局案源資訊的來源中，公安、審計、紀檢監察等外部單位在查處其他違法行為時，可能牽出涉稅違法行為，移交稽查局。例如，2016年食品藥品監督總局對藥品流通領域違法經營行為進行整治，其中對“購銷藥品，票、賬、貨、款不能相互對應一致；藥品為入庫，設立賬外賬，使用銀行個人賬戶進行業務往來”的檢查，將可能查處藥企虛開發票、少計不計收入偷稅等涉稅刑事行政責任風險，移交稅務部門。2019年7月財政部對醫藥行業會計資訊質量的工作檢查，因對費用、成本、收入真實性的檢查均會涉及發票，也將引發藥企存在涉稅行政、刑事責任風險，從而移交稅務部門稽查立案。
二、製藥企業的稅務稽查重點與稽查方法
國醫改辦發[2016]4號正式明確在公立醫療機構藥品採購中推行“兩票制”，“兩票制”要求藥品在生產企業到流通企業開一次發票，流通企業到醫療機構開一次發票。在醫院招標環節，要求醫療機構不僅要索要第二票，而且要求流通企業提供第一票的影印件，兩票相互印證才可入庫。“兩票制”的推行深刻影響醫藥行業企業的涉稅風險格局，將原來透過七票、八票“過票”“洗出銷售佣金”的壓力集中傳導到製藥企業，由於醫藥行業處於買方市場，銷售佣金、商業賄賂在現行醫療體制下無法避免，製藥企業在發票開具環節只能轉“低開”為“高開”，一方面，銷售費用激增，另一方面，獲取進項發票合規抵扣成本壓力增大。
（一）核查企業各項費用發生的真實性，確定是否以虛增費用方式套取現金
“兩票制”壓縮了開票鏈條，但並未根本改變藥品處於買方市場的銷售模式，藥品銷售人員的佣金、醫生等的回款依然需要以各種費用的名義進入企業核算體系，費用列支的依據之一即為企業虛增的費用。
對費用的檢查包括：諮詢費、會議費、住宿費、差旅費、業務招待費、廣告費、業務宣傳費、研發費用。
稽查方法包括：
（1）核查費用報銷制度、銷售費用列支政策；
（2）將期間費用與主營業務收入進行比較，判定期間費用列支是否合理，找出多列費用的疑點；
（3）提供營銷人員報銷的銷售費用；
（4）核查管理費用、銷售費用明細賬；
（5）核查發票、合同、銀行付款憑證、費用報銷單；
（6）核查發票內容與會議日程、參會人員、會議地點等要素是否相符；
（7）廣告和業務宣傳費發生額是否相對穩定，增長較快且無新產品投放市場的情況下，可能存在虛增廣告和業務宣傳費；
（8）結合個人所得稅的申報核查研發人員的工資、薪金支出；核查企業從研發立項到成果轉化的過程控制；關注研發費用列支專案是否合理；是否將其他有比例扣除費用擠進研發費用中全額扣除。
（二）分析比對農產品收購進項比率，確定是否存在虛開農產品收購發票
“兩票制”下，醫藥製造/生產企業可能透過虛開農產品收購發票、虛增進項抵消“高開”必須承擔的增值稅及企業所得稅稅負。就製藥企業而言，生產經營正常、產品穩定、藥材市場穩定的情形下，藥材購進也應相對穩定，稽查局可能透過測算農產品收購進項稅額佔所有進項稅額的比例，判斷製藥企業是否存在虛開農產品收購發票、虛增進項的問題。
製藥企業的虛開發票風險，還在於容易受到上游藥材貿易公司的牽連，若上游藥材貿易公司涉嫌虛開，則製藥企業作為下游受票企業，則可能會受到牽連，由上游稽查局發出《已證實虛開通知單》，要求製藥企業主管稅局協查。
（三）是否透過醫藥服務商（醫藥諮詢公司）接受虛開增值稅專用發票
“兩票制”下，製藥企業的開票合規問題，大多數透過將營銷服務外包方式，由CSP/CSO等諮詢服務公司解決。2018年9月份，湖北省稅務局對醫藥諮詢公司的大檢查使該種業務模式面臨的虛開風險激增。
稽查方法主要包括：（1）核查服務費、諮詢費發票對應的合同，記賬憑證、發票記賬聯、服務達成的證明材料；（2）製藥企業同第三方諮詢公司存在關聯關係的，核查實際控制人等的銀行賬戶資金流水，核查是否存在資金迴流；（3）檢查企業是否建立了推廣服務商選取等內控制度；（4）醫藥諮詢公司是否存在提供服務的能力，詳細說明醫藥諮詢公司提供諮詢服務、會議服務、市場推廣服務、廣告服務等的業務流程。
三、製藥企業如何有效應對稅務稽查
（一）服務商的合規才能帶來製藥企業的合規
兩票制後，製藥企業透過醫藥諮詢公司接受大量的諮詢費、服務費等發票，由於製藥企業與服務商合作的緊密性及具有的關聯關係，製藥企業應建立內控制度，建立服務商選取制度；與服務商之間的交易應從真實性、合法性、關聯性角度盡到合理注意義務及審查義務，制定格式合同，注重服務證據鏈的完整性與真實性。
（二）及時自查自糾，透過聽證等方式充分申辯意見
根據《稅務稽查工作規程》的規定，稅務稽查必須經歷選案、檢查、審理和執行四個基本程式，每個程式都必須按照工作規程的規定。企業在接到《稅務事項通知書》後，一方面應及時進行自查自糾，與稅務機關溝通協調，確有少繳、未繳稅款情形的，及時補繳稅款及滯納金；另一方面，應注重留存稽查部門是否按照法定程式出示相關通知書，是否按照電子資料取證規範、賬簿調取規範、銀行流水查詢規範等要求檢查相關證據。經檢查後，若檢查部門認為企業存在稅收違法事項的，向企業下達稅務行政處罰事項通知書，企業應提出書面聽證申請，透過聽證程式陳述、申辯。
（三）與稅務機關保持良性溝通，避免虛開移送刑事風險
稅務稽查程式中，企業應當積極配合稅局提供證明業務真實發生、費用真實發生的合同、記賬憑證等原始資料，與稽查局保持良性溝通，必要時可尋求專業稅務律師介入，透過提交書面的申辯意見、整理證據清單、證據材料等方式，尤其針對存在虛開刑事責任風險的，應當透過跟稽查局的充分溝通、證據材料的充分準備梳理，將風險在稽查程式中化解。