故事承接2代傑洛特記憶恢復完畢，與維澤米爾南下尋找葉奈法。傑洛特路上打盹時夢到了多年前希裡在凱爾莫罕訓練的時候，不可思議的是居然夢到了葉奈法，即使她此前從沒去過凱爾莫罕。（序章的夢）夢裡，希裡被狂獵之王艾瑞汀揮刀，傑洛特驚醒，感知到希裡已經回到這個世界，並且身處險境。

在百果園傑洛特遇到了尼弗迦德帝國軍官彼得·薩爾格溫利有葉奈法的情報，幫他完成委託後不久就遇到了主動來找他的葉奈法，傑洛特與維澤米爾分手並與葉奈法動身去見恩希爾大帝。剛動身不久即遭遇了狂獵的襲擊，所幸二人逃出生天。

到了帝國，傑洛特首先沐浴更衣，剃鬚時莫爾凡·沃里斯會問你許多關於2代故事線結局的事情，此時你的回答將作為2代至3代的劇情連續（如你回答雷索不死就可以再見到他）。恩希爾告訴傑洛特他已確信希裡返回他們的世界，並且遭遇危險。他希望狩魔獵人可以幫他找回女兒，即使傑洛特出於自身原因也會尋找希裡。

傑洛特來到了無人之地——威倫，調查希裡留下的蛛絲馬跡。皇帝的密探死於狂獵之手，傑洛特此時卻找到了曾與特莉斯共事的女術士凱拉，並在凱拉幫助下找到了阿瓦拉克留下的殘影。故事隨即到了“血腥男爵”，在幫助血腥男爵解決了家務事後，傑洛特得知希裡曾經到達威倫，並與男爵等人一起生活過一段時間。傑洛特也是此時與三美女發生摩擦。

傑洛特根據線索來到了自由市諾維格瑞，這個城市保持中立，由四大黑幫和永恆之火教會控制。傑洛特在此遇到了老情人特莉斯，老夥計丹德里恩和卓爾坦·齊瓦。經過一系列諾維格瑞的主線支線，傑洛特得知了希裡曾來到諾維格瑞，得到了丹德里恩等人的幫助，但最終又不知去向。

傑洛特來到了史凱利傑群島與葉奈法相匯，恰逢布蘭王去世，島內正在推舉下一位領袖，根據傑洛特的選擇最終的領袖會是哈爾瑪或者凱瑞斯。葉奈法和傑洛特偷走了爾米亞的面具，透過它看到希裡被強大的法師傳送走，後來葉奈法用死靈術利用窩囊廢“史凱裘”的屍體得知希裡逃到在群島也被狂獵追殺，層層線索都指向希裡身邊強大的法師。

傑洛特又回到烏鴉窩找到了被詛咒的烏馬，帶著他去見了恩希爾之後將他帶回凱爾莫罕進行治療，詛咒解除後，烏馬竟是精靈賢者阿瓦拉克，阿瓦拉克隨即交代了事情的原委，並告訴傑洛特自己將希裡藏在了一個狂獵無法發現的島上，傑洛特立刻帶著阿瓦拉克的發光小精靈動身前去尋找希裡，小精靈激活了希裡，狂獵緊追而來，希裡將兩人傳送回凱爾莫罕，眾人開始著手與狂獵的大戰。

為了準備戰鬥

第三部的故事是接第二部和小說結尾，希裡在各個次元（世界）流亡多年後試圖偷偷回來，結果仍被狂烈一夥發現和追捕。

希裡在精靈法師阿瓦拉克的幫助下順利的返回了世界，並在史凱利傑群島引發一場魔力大爆炸之後成功逃離狂烈的追捕，但阿瓦拉克卻身中詛咒，兩人也分離了。隨後希裡在威倫治好傷後便立刻北上諾維戈瑞，把丹德里恩坑進監獄之後被迫利用能力跳躍回了史凱利傑並順利和阿瓦拉克匯合，但跳躍的蹤跡又被狂烈發現，在狂烈追擊之下阿瓦拉克身中只得用魔法將希裡催眠並藏到了迷霧之海中。

而希裡這一路上製造的種種痕跡被尼拂嘉德帝國的眼線發現了，“在敵人墳頭蹦迪”的恩希爾大帝希望把握這次機會找回自己的親生女兒——也就是希裡，於是向具備這樣的能力並且視希裡為親生女兒的兩人——葉奈法和傑洛特提出了合作。他先找到了葉奈法，並透過葉奈法找到了傑洛特，於是，傑洛特再度踏上了尋女之旅——這就是巫師三本篇的開始。

傑洛特根據恩希爾提供的線索在威倫、諾維格瑞和史凱利傑群島展開搜尋。結果，雖然發現了希裡的蹤跡，卻無法得知其最後的去向。正在這時，他偶然間發現了一個畸形的小怪物——烏馬。種種跡象表明這個“烏馬”並非天生如此醜陋，而是遭到了詛咒，並且其可能和希裡關係匪淺。於是傑洛特將其尋獲並帶回了狼派witcher的秘密城堡——山澗中的凱爾莫漢。他們在那裡解除......也許這個詞不大準確，應該是逆轉了詛咒的效果，讓其恢復了本來面貌——烏馬就是被詛咒的精靈法師阿瓦拉克。

根據阿瓦拉克提供的情報，傑洛特尋回了希裡並集結戰力打算在凱爾莫漢與狂烈大戰一場，但最終功敗垂成。雖然狂烈在暴走的希裡面前狼狽逃離，但如傑洛特、希裡親人一般的老witcher維瑟米爾卻在此戰中喪生。

沒有放棄的傑洛特等人隨後在威倫偷襲暗殺了狂烈手下的大將，隨後利用政治因素孤立了狂烈，並將其引到了史凱利傑群島困住。最終，在尼拂嘉德和史凱利傑的聯合圍攻之下，狂烈軍團覆滅，狂烈本人死在了傑洛特手中。

隨後傑洛特尾隨阿瓦拉克和希裡前往精靈之塔，在沒能打消希裡阻止世界級災難——白霜——的決心後，他只得目送希裡走入精靈之塔，前往充滿白霜的世界。

以上就是巫師3·狂烈的主線固定劇情，接下來的結局視玩家在遊戲過程中做出的選擇，希裡有失蹤（幾乎等同於和白霜同歸於盡）、存活併成為狩魔獵人以及存活並接替恩希爾成為女王三種不同結局。而白狼傑洛特自己則視對女性伴侶的選擇也有三種結局（傳說中的雙飛結局並不存在）~

接下來是兩個DLC，石之心和血與酒。

石之心的故事是這樣的：末路貴族歐吉爾德為了和愛人不被奪走而向魔鬼進行交易，以自己的靈魂換取財富、讓競爭對手歐菲爾國王子變成怪物和不死之身，並且頗為狡猾的在協議中加入了需要第三人完成自己三個願望以及“最後完成交易必須在月亮上”這樣的苛刻條件。

而當他獲得這一切之後卻發現自己逐漸失去了感情，而這導致了他本來美滿的婚姻徹底的破滅。

傑洛特這邊，則由於歐吉爾德的陷害將歐菲爾王子當做怪物殺死，引得歐菲爾人的報復，欲將其抓回歐菲爾。

這時，此前與歐吉爾德簽訂契約的魔鬼出現在傑洛特面前。他以救了傑洛特一命為代價，讓其作為第三方幫助他完成歐菲爾德的交易條件。

傑洛特完成歐吉爾德三個願望的過程就是石之心DLC的大部分主線劇情了，最後在破敗的神廟中，月亮型的地磚上，魔鬼利用契約將歐吉爾德逼上了絕路。

隨後的結局有兩個，玩家可以冷眼旁觀歐吉爾德的末路，也可以向魔鬼發起挑戰，在遊戲中取勝以放逐魔鬼，徹底的拯救只剩下一顆石之心的歐吉爾德。

血與酒，發生在美酒與童話的故鄉陶森特。這片大地的統治者——女爵安娜·亨利葉塔曾經有一個親姐姐，席安娜。她的出生日期不祥，因而被認為患有暗日詛咒——一種被宣稱患者會慢慢變成嗜血暴虐的人形怪物的詛咒。

因此，席安娜受盡了歧視，並最終遭到放逐。但她並不認命，並很快捲土重來建立了自己的地位。隨後，她利用偶然結識並深愛著自己的高等吸血鬼狄拉夫對陶森特展開了復仇。

席安娜設計讓本來安心隱藏於市井間做著玩具匠人的狄拉夫誤以為愛人——也就是席安娜自己——被人綁架，隨後指使狄拉夫一個一個殺死當年押解放逐甚至試圖侮辱自己的、現在境地不同但都過得頗為滋潤的四名騎士並計劃殺死女爵。

高等吸血鬼和同樣被稱為吸血鬼的普通貨色不同，他們是天球交匯時從異世界遷徙而來的古老而強大的智慧生物。他們行動如風，能化作煙霧、力大無窮、爪牙猶如利劍，而最重要的是人類無法殺死他們，能徹底殺死高等吸血鬼的只有同族而已。高等吸血鬼狄拉夫的存在讓這一系列的謀殺發生的輕而易舉而又毫無破綻，女爵安娜則對此毫無辦法，只得尋求曾經相識的”怪物專家和獵人“，witcher傑洛特。

傑洛特在陶森特遇到了本以為早已死去的老朋友——同樣是高等吸血鬼的雷吉斯。在雷吉斯的幫助下，他們找到了狄拉夫，得知了事情的原委並最終戳穿了席安娜的陰謀。

但隨後，女爵安娜出於對姐姐的虧欠和惻隱之心，拒絕了狄拉夫交出席安娜的要求，這惹怒了他。於是，狄拉夫利用自己的天賦召喚了成百上千的吸血鬼對陶森特發起了攻擊。傑洛特一行迫於無奈，只得將狄拉夫誘至野外，以解決這次事件。

接下來是玩家們可以改變的劇情了，玩家可以選擇如何找到狄拉夫——一是從女爵安娜手中找到被藏起來的席安娜並帶到指定地點引狄拉夫出現，二則是去求暗影長者——一個即使是雷吉斯也認為極度危險地存在——它能夠以自己在高等吸血鬼中絕對的高地位，要求狄拉夫去見傑洛特一行。

而結局方面，不管哪一個都會讓陶森特解圍，區別是後面發生的事。如果讓狄拉夫殺死席安娜，狄拉夫會離開，而傑洛特則會被女爵囚禁，並最終在夥伴的幫助下逃出；而如果狄拉夫沒能殺死席安娜，則只有打敗狄拉夫，並最終讓雷吉斯徹底殺死他這一個選擇，而雷吉斯也會因此揹負殺死同族的罪名被吸血鬼們厭惡和敵視，他因此不得不離開陶森特。席安娜如果不死，傑洛特將會獲得女爵安娜頒發的勳章和其他獎勵，隨後亦有兩個結局：如果在將其帶到狄拉夫面前之前以及之後選對了選項，則席安娜會與安娜冰釋前嫌。反之，席安娜則會心懷嫉恨的在眾人眼前偷襲和殺死安娜，自己也會當場被衛兵射殺。