乾隆年輕的時候微服私訪，在大明湖畔邂逅夏雨荷，有了女兒夏紫薇。但是乾隆並不知道這個女兒的存在。二十年後，夏紫薇進京認父，偶遇孤兒小燕子，陰差陽錯間，小燕子憑藉紫薇的信物被乾隆認作女兒，封為還珠格格。小燕子一心想歸還這個格格的位置，在福爾康福爾泰以及五阿哥永琪的幫助下，將紫薇接進宮裡，只是是以宮女的身份。

眾人經過種種磨難，終於讓乾隆認了紫薇，封為明珠格格，賜婚給福爾康。封小燕子為還珠郡主，賜婚給五阿哥。

只是兩位格格的婚事一直遭到皇后和太后的阻撓，後來在成婚之前，小燕子得知自己的身世，是被乾隆下令滿門抄斬的遺孤，尋得親哥哥簫劍，亦得知乾隆是自己的殺父仇人。

永琪和小燕子頗為痛苦，太后得知，以此為要挾，要永琪娶知畫為福晉，小燕子當側福晉。為保護小燕子，永琪答應。

知畫外表柔弱，內心狠毒，挑撥永琪和小燕子的感情，小燕子苦不堪言。

時值大清與緬甸交戰，五阿哥永琪，駙馬福爾康，和簫劍奔赴戰場，一場激戰後，爾康被緬甸公主所救 並切逼婚 紫薇等眾人以為爾康戰死，痛不欲生。

簫劍發現端倪，紫薇執意去尋找爾康，終於尋得。小燕子和永琪一同前往，並永居大理。知畫雖得一子，卻永遠獨居宮中，淒涼一生。

紫薇和爾康回京，大家都得到了幸福的結局。