大魚海棠講述了掌管海棠花生長的少女椿在人間巡禮時被困，被人類男孩鯤所救。而鯤卻因救椿犧牲，為了報答鯤，椿決定冒著違背天神的風險復活鯤，而在這個過程中她不得不與命運做鬥爭，最後在湫的幫助下，椿與鯤都回到了人類世界。

在海天相連的海洋深處，生活著一群掌管人類世界執行規律的“其他人”。椿就是生活在這個世界的少女，在椿十六歲生日那天，化作了一隻海豚在人類世界巡禮的時候結果被漁網困住，而人類男孩鯤為了救她犧牲了自己。

為了報恩，椿決定拯救他的靈魂。而復活鯤需要椿在自己的世界裡讓鯤的靈魂——一條小魚成長為比鯨更巨大的魚並回歸大海才行。因為此舉違背天神的指令，因此在整個過程中，椿遇到了重重的阻礙。最後在本是天神的湫的幫助下，男孩死後終於獲得重生。

大魚海棠主要講述在天空與人類世界的大海相連的海洋深處，生活著掌管著人類世界萬物執行規律的“其他人”，居住在“神之圍樓”裡的女孩“椿”，十六歲生日那天變作一條海豚到人間巡禮，被大海中的一張網困住，一個人類男孩因為救她而落入深海死去。

為了報恩，她需要在自己的世界裡幫助男孩的靈魂——一條拇指那麼大的小魚，成長為比鯨更巨大的魚並回歸大海，歷經種種困難與阻礙，男孩死後終於獲得重生，但這一過程卻不斷地違背“神”的世界規律而引發種種災難。