肛門直腸疼痛是肛腸疾病發生的最常見的症狀，由於解剖和生理學的關係，肛腸疾病的疼痛多發生於下腹部、會陰部，肛緣及直腸下段。引起肛門疼痛的疾病可根據其引起疼痛的原因不同分為兩類。

(1)肛門疼痛與排便有關者:

患者於排便時感覺有燒灼樣痛，排便後又出現週期性的劇烈疼痛，常常持續十分鐘至數小時，這種情況多數是由肛裂引起的。

患者有內痔脫垂的歷史，疼痛多由排便後內痔不能回縮，引起區域性水腫及持續性疼痛，這種情況多數是絞窄性內痔。

患者感覺排便時肛門某一側針刺樣疼痛，排便後數分鐘，疼痛會自然消失者，多屬肛隱窩炎。

排便時突然發生疼痛，肛門邊皮一側出現紫黑色圓形腫塊，水腫嚴重者腫塊發亮，並伴有持續性疼痛，應考慮是血栓性外痔。

(2)肛門疼痛與排便無關者：

肛門周圍不明原因出現紅腫，並伴有發熱等全身症狀，肛門周圍及肛管內脹疼、跳疼，並不斷加重，有時肛門周圍還可觸到腫塊者，有的還有下墜感，多半是肛門周圍感染引起的症狀。

如有長期持續、不斷加重的肛門疼痛，並伴有下墜感和大便次數增多，偶而可摸到肛門內不規則的硬塊，應懷疑肛管癌的發生。

還有少數肛門疼痛是由異物引起，有人誤食雞骨、魚刺、帶殼的瓜子，嵌頓於肛管，會出現肛門部突然疼痛，大便時疼痛加重。也有個別情況異物是由肛門推入。