主要特性微生物最大的特點，不但在於體積微小，而且在結構上亦相當簡單。由於微生物體積極之微小，故相對面積較大，物質吸收快，轉化快。微生物在生長與繁殖上亦是很迅速的，而且適應性強。從寒冷的冰川到極酷熱的溫泉，從極高的山頂到極深的海底，微生物都能夠生存。由於微生物適應性強，又容易在較短時間內積聚非常多的個體（例如10^10個/毫升的數量級），因此容易篩選並分離到突變株。容易得到微生物突變株的性質，給人類利用與開發微生物帶來廣闊契機，但也是導致抗藥性的內在原因。

通常分為細菌、真菌、放線菌、螺旋體、支原體（黴形體）、衣原體、立克次氏體、病毒這麼幾大類，現在人們又把朊病毒(鋸蛋白)也加進來了，它被懷疑是瘋牛病的病原。大致就是這樣，沒有發現更新的分類法。微生物分類目前採用的當然還是其結構的不同進行分類，分為　　原核細胞型　　真核細胞型　　非細胞型　　其中原核細胞型又根據其生物學特性的不同分為不同的類別：細菌、放線菌、螺旋體、支原體、衣原體、立克次氏體。　　當然在這種分類上有些是有不同見解的，比如放線菌，由於其有菌絲、孢子、並以孢子分裂方式進行繁殖，以前把它歸為真菌類。而現在認為它只有一個擬核，應和細菌相似，所以認為它是一種界於細菌和真菌之間的微生物，在分類上仍屬於原核細胞型。隨著人們對微生物的研究和認識程度的逐漸深入，在不同時期人們對微生物的分類也不一致，目前人們傾向於微生物分類的三域學說。人類在發現和研究微生物之前，把一切生物分成截然不同的兩大界－動物界和植物界。隨著人們對微生物認識的逐步深化，從兩界系統經歷過三界系統、四界系統、五界系統甚至六界系統，直到70年代後期，美華人Woese等發現了地球上的第三生命形式－古菌，才導致了生命三域學說的誕生。該學說認為生命是由古菌域（Archaea）、細菌域（Bacteria）和真核生物域（Eucarya）所構成。古菌域包括嗜泉古菌界（Crenarchaeota）、廣域古菌界（Euryarchaeota）和初生古菌界（Korarchaeota）；細菌域包括細菌、放線菌、藍細菌和各種除古菌以外的其它原核生物