因為智齒是最後長出的，這時下頜骨的遠端與第二對大磨牙之間的距離很小，長出智齒的位置不夠，牙冠僅能部分長出。倘若牙槽骨很硬，智齒就向牙槽骨疏鬆的方向長，結果造成智齒成水平位置長出，或向近中方向傾斜長出，這時就會有脹痛的感覺。如果牙冠表面被一部分牙齦覆蓋，牙面和牙齦之間形成一個口袋，食物殘渣容易集存在口袋裡，刷牙漱口時，食物殘渣又不易洗刷出來，這就為細菌生長繁殖製造了有利條件。當身體抵抗力低下時，智齒的牙齦常常會發生炎症就是我們所熟悉的智齒冠周炎，消炎治療後炎症消失但很容易復發（當身體抵抗力降低時如勞累熬夜感冒時)正常的智齒，對咀嚼是有利的，如果以下原因可考慮拔除:1.蛀牙：如果智齒蛀牙，除了很簡單的咬合面不深的蛀牙可以補之外，那些鄰接面蛀牙，需要很好的技術，以及蛀得很深，甚至需要根管治療的，我們一律建議拔除，杜絕後患。2.侵犯鄰牙：通常患者不自知，而由牙醫以Ｘ光診斷得知。通常智齒萌發的空間不足，而會倒在第二大臼齒上，因而造成第二大臼齒清潔不易，甚至是牙齒部分吸收的現象，造成患者不舒適或牙疼。3.空間不足：智齒在人類的演化史上，是屬於消逝狀態。因此牙弓也越來越小，空間不足的情況是很常見的。以萌發的時候最能感覺到腫脹、疼痛感。很多人就是因為不能忍受這種疼痛感，而決定拔掉智齒。4.清潔不易：由於空間不足的關係，智齒常長得歪七扭八，因此常造成清潔牙齒的困難，以致發生蛀牙現象。5.沒有對咬牙：前面提過，不是每個人四個智齒都會長齊的。所以，智齒的對面，如果沒有相抗衡的智齒來對咬的話，有時會發生智齒過度萌發，進而影響咬合。6.阻生齒：通常這是最討厭的一種，牙醫會覺得很難搞定，但病人卻不一定有感覺，因此忽略了。這一種型別的牙齒，通常埋在齒槽骨的裡面，如果會痛，或是診斷會有病灶發生的時候，就需要拔除了。