回到長安的朱全忠隨即露出廬山真面，他比李茂貞更為驕橫，不臣之心溢於言表。朱全忠在殿堂上宣佈事情，眾官員都避席而立，一身傲骨的韓偓十分鄙視朱的行徑，依然端坐不動，稱“侍宴無輒立”。

他的傲岸觸怒了朱全忠，又因他為昭宗寵臣，參與樞密，朱全忠恐其於己不利，故屢進讒言陷害韓偓，致使韓偓一再被貶。

光化三年(900年)，宦官頭子左右神策軍中尉劉季述發動宮廷政變，廢昭宗，立太子李裕為帝。韓偓協助宰相崔胤平定叛亂，迎昭宗復位，成為功臣之一，任中書舍人，深得昭宗器重，多次欲立為相，都被力辭。

中書門下同平章事李繼昭依附宦官頭子韓全誨，排擠崔胤，崔胤召鳳翔節度使李茂貞入朝，意欲抑制宦官集團。 李茂貞入朝後，擁兵跋扈，崔胤又想召宣武鎮節度使朱全忠入朝牽制李茂貞。韓偓諫道：這樣造成“兩鎮兵鬥闕下，朝廷危矣”，應一面罷去李茂貞，一面處理宦官。

議尚未行，而李茂貞、韓全誨已將昭宗劫往鳳翔。韓偓聞訊，星夜趕往鳳翔行在，見昭宗時慟哭失聲。昭宗任韓偓為兵部侍郎。後朱全忠兵到，敗李茂貞，殺韓全誨，韓偓隨同昭宗回長安。

　　韓偓回長安後，見朱全忠比李茂貞更為驕橫，心中甚感不滿。

一次，朱全忠和崔胤在殿堂上宣佈事情，眾官都避席起立，只有韓偓端坐不動，稱“侍宴無輒立”，因此激怒朱全忠。朱全忠一則惱怒韓偓無禮，再則忌他為昭宗所寵信，參預樞密，恐於己不利，便藉故在昭宗面前指斥韓偓。

崔胤聽信讒言，也不予救護。 朱全忠本欲置韓偓於死地，幸經京兆尹鄭元規勸阻，被貶為濮州(今山東鄄縣、河南濮陽以南地區)司馬。不久，又被貶為榮懿(今貴州桐梓縣北)尉，再貶為鄧州(今河南鄧縣)司馬。

韓偓離京，使昭宗左右無親信之人。

　　天祐元年(904年)，朱全忠弒昭宗，立李柷為昭宣帝(即哀帝)。 為收買人心，偽裝豁達大度，矯詔召韓偓回京復職。韓偓深知一回長安，即入虎口，便不奉詔，攜眷南逃到江西撫州。

威武軍節度使王審知重視延攬人才，派人到撫州邀韓偓入閩。天祐二年(905年)八月，韓偓自贛入閩。

　　韓偓入閩後，在長汀、沙縣寓居一個時期。天祐四年(907年)，朱全忠篡唐，改國號梁，王審知向朱全忠獻表納貢。

韓偓對此心有牴觸，想再回江西。從沙縣走到邵武時，王審知急忙派人前去挽留。但韓偓因感“宦途險惡終難測”，功名之念已淡，堅拒王審知的任命。在從邵武回到沙縣後，不久又經尤溪到桃林場(今永春)小住，然後進入泉州。

在泉州，受到刺史王審邽父子的優禮接待，住泉州西郊招賢院，多年來疲憊的身心得到憩息。 在飽覽當地風物之時，又感嘆“盡道途窮未必窮”，興之所至，寫下許多有名的詩篇。

　　不久，韓偓到南安漫遊，認為這裡是晚年棲止的理想地點，便在葵山(又名黃旗山)山麓的報恩寺旁建房舍，以為定居之地，時稱“韓寓”。

在這裡，韓偓下地耕種，上山砍柴，自號“玉山樵人”，自稱“已分病身拋印綬，不嫌門巷似漁樵”，過著退隱生活。 樑龍德三年(923年)，韓偓病逝，威武軍節度使檢校尚書左僕射傅實為其營葬，墓在葵山之陽