1、用窗簾遮蔽光線，關閉房間內的電燈，除去熒光顯微鏡的防塵罩，確保熒光顯微鏡燈室通風良好、無遮蓋。裝上汞燈燈箱，並轉動燈箱卡圈上的撥杆，將燈箱與鏡臂連線。
2、將汞燈燈箱的電源插頭插入熒光電源箱後的插座，再將熒光電源箱的插頭插入220V外接電源。
3、開啟熒光顯微鏡電源開關，電壓表顯示出電源電壓，如電源電壓波動不大於額定電壓值的5%，即可按下啟動開關點燃汞燈，如因天氣太冷或電壓不穩定等原因，一次啟動未點燃汞燈，可以多按幾次。待超高壓汞燈弧光達到穩定狀態並達到Zda發光效率，即可開始工作。
4、燈泡的調中：
①任選一塊標本放在熒光顯微鏡載物臺上。
②轉動鏡臂上的聚光鏡旋鈕使聚光鏡移出光路，轉動濾色片組轉換手輪，將紫光(V)或藍光(B)或綠光(G)激發濾色片組轉入光路，並將25熒光物鏡轉入光路。
④前後推動垂直照明器右邊的聚光鏡調焦推杆，使視場光欄成像清晰，轉動視場光欄撥杆將視場光欄收小，調節視場光欄調中螺釘使視場光欄居中，然後再將視場光欄開至Zda。
⑤轉動鏡臂上的聚光鏡旋鈕使聚光鏡移入光路，前後調節燈箱上的聚光鏡撥杆，使汞燈的弧光在視場內成像清晰。
⑥調整燈箱上的燈泡水平調節螺釘和垂直調節螺釘，使汞燈的弧光居中。
⑦調整反光鏡水平調節螺釘和垂直調節螺釘，使光源的反射像與汞燈的弧光分開。
5、熒光觀察：
①將熒光染色標本放到熒光顯微鏡載物臺上。
②將10x平場物鏡或25x熒光物鏡轉入光路，調節載物臺縱橫移動手輪，將標本移入光路。
③轉動濾光片轉換撥輪，將熒光染色標本所需要的激發濾光片組轉入光路。激發濾光片組編號刻在濾片組轉換撥輪上。濾光片選擇正確與否，是熒光顯微鏡能否得到正確應用的關鍵。選用濾光片時，必須遵守斯托克斯定律：激發濾光片的透射波長<雙色束分離器的透射波長<阻斷濾光片的透射波長。
④調節粗調手輪，當看清熒光影象輪廓後，再用微調手輪調焦，直至看到清晰的熒光影象。
⑤當需要得到較強的熒光影象時，可轉動聚光鏡旋鈕把聚光鏡移入光路，可獲得較明亮的熒光影象。
⑥當需要使用40x或100x熒光物鏡觀察時，應在標本和物鏡間加上甘油，油中不能有影響觀察的小泡或雜質。使用時可使甘油慢慢浸潤一會兒，然後輕輕左右來回轉動物鏡轉換器以排除氣泡。
6、熒光顯微攝影
由於熒光影象一般均較明場觀察暗得多，所以進行熒光顯微攝影需要較長的曝光時間，在曝光時應注意避免熒光顯微鏡震動。為了縮短曝光時間，可選擇倍率較低的攝影目鏡或感光度較高的攝影膠片如ASA200以上或DIN24以上。
熒光顯微鏡攝影技術對於記錄熒光影象十分必要，由於熒光很易褪色減弱，要即時攝影記錄結果。方法與普通顯微攝影技術基本相同。因紫外光對熒光猝滅作用大，如FITC的標記物，在紫外光下照射30s，熒光亮度降低50%。所以，曝光速度太慢，就不能將熒光影象拍攝下來。一般研究型熒光顯微鏡都有半自動或全自動顯微攝影系統裝置。
7、熒光影象的記錄方法
熒光顯微鏡所看到的熒光影象，一是具有形態學特徵，二是具有熒光的顏色和亮度，在判斷結果時，必須將二者結合起來綜合判斷。結果記錄根據主觀指標，即憑工作者目力觀察。作為一般定性觀察，基本上是可靠的。
8、熒光顯微鏡使用結束，關閉所有電源，做好鏡頭和載物臺的清潔工作，待燈室冷卻至室溫後，用防塵罩蓋好顯微鏡，並做好使用記錄。
熒光顯微鏡使用注意事項
1、嚴格按照熒光顯微鏡說明書要求進行操作，不要隨意改變程式。
2、熒光顯微鏡應在暗室中進行檢查。進入暗室後，接上電源，點燃超高壓汞燈5～15min，待光源發出強光穩定後，眼睛完全適應暗室，再開始觀察標本。
3、防止紫外線對眼睛的損害，在調整光源時應戴上防護眼鏡。
4、檢查時間每次以1～2h為宜，超過90min，超高壓汞燈發光強度逐漸下降，熒光減弱;標本受紫外線照射3～5min後，熒光也明顯減弱;所以，Z多不得超過2～3h。
5、熒光顯微鏡光源壽命有限，標本應集中檢查，以節省時間，保護光源。天熱時，應加電扇散熱降溫，新換燈泡應從開始就記錄使用時間。燈熄滅後欲再用時，須待燈泡充分冷卻後才能點燃。一天中應避免數次點燃光源。
6、標本染色後立即觀察，因時間久了熒光會逐漸減弱。若將標本放在聚乙烯塑膠袋中儲存，可延緩熒光減弱時間，防止封裱劑蒸發。
7、熒光亮度的判斷標準：一般分為四級，即“-”表示無或可見微弱熒光。“+”表示僅能見明確可見的熒光。“++”表示可見有明亮的熒光。“+++”表示可見耀眼的熒光。
1、用窗簾遮蔽光線，關閉房間內的電燈，除去熒光顯微鏡的防塵罩，確保熒光顯微鏡燈室通風良好、無遮蓋。裝上汞燈燈箱，並轉動燈箱卡圈上的撥杆，將燈箱與鏡臂連線。
2、將汞燈燈箱的電源插頭插入熒光電源箱後的插座，再將熒光電源箱的插頭插入220V外接電源。
3、開啟熒光顯微鏡電源開關，電壓表顯示出電源電壓，如電源電壓波動不大於額定電壓值的5%，即可按下啟動開關點燃汞燈，如因天氣太冷或電壓不穩定等原因，一次啟動未點燃汞燈，可以多按幾次。待超高壓汞燈弧光達到穩定狀態並達到Zda發光效率，即可開始工作。
4、燈泡的調中：
①任選一塊標本放在熒光顯微鏡載物臺上。
②轉動鏡臂上的聚光鏡旋鈕使聚光鏡移出光路，轉動濾色片組轉換手輪，將紫光(V)或藍光(B)或綠光(G)激發濾色片組轉入光路，並將25熒光物鏡轉入光路。
④前後推動垂直照明器右邊的聚光鏡調焦推杆，使視場光欄成像清晰，轉動視場光欄撥杆將視場光欄收小，調節視場光欄調中螺釘使視場光欄居中，然後再將視場光欄開至Zda。
⑤轉動鏡臂上的聚光鏡旋鈕使聚光鏡移入光路，前後調節燈箱上的聚光鏡撥杆，使汞燈的弧光在視場內成像清晰。
⑥調整燈箱上的燈泡水平調節螺釘和垂直調節螺釘，使汞燈的弧光居中。
⑦調整反光鏡水平調節螺釘和垂直調節螺釘，使光源的反射像與汞燈的弧光分開。
5、熒光觀察：
①將熒光染色標本放到熒光顯微鏡載物臺上。
②將10x平場物鏡或25x熒光物鏡轉入光路，調節載物臺縱橫移動手輪，將標本移入光路。
③轉動濾光片轉換撥輪，將熒光染色標本所需要的激發濾光片組轉入光路。激發濾光片組編號刻在濾片組轉換撥輪上。濾光片選擇正確與否，是熒光顯微鏡能否得到正確應用的關鍵。選用濾光片時，必須遵守斯托克斯定律：激發濾光片的透射波長<雙色束分離器的透射波長<阻斷濾光片的透射波長。
④調節粗調手輪，當看清熒光影象輪廓後，再用微調手輪調焦，直至看到清晰的熒光影象。
⑤當需要得到較強的熒光影象時，可轉動聚光鏡旋鈕把聚光鏡移入光路，可獲得較明亮的熒光影象。
⑥當需要使用40x或100x熒光物鏡觀察時，應在標本和物鏡間加上甘油，油中不能有影響觀察的小泡或雜質。使用時可使甘油慢慢浸潤一會兒，然後輕輕左右來回轉動物鏡轉換器以排除氣泡。
6、熒光顯微攝影
由於熒光影象一般均較明場觀察暗得多，所以進行熒光顯微攝影需要較長的曝光時間，在曝光時應注意避免熒光顯微鏡震動。為了縮短曝光時間，可選擇倍率較低的攝影目鏡或感光度較高的攝影膠片如ASA200以上或DIN24以上。
熒光顯微鏡攝影技術對於記錄熒光影象十分必要，由於熒光很易褪色減弱，要即時攝影記錄結果。方法與普通顯微攝影技術基本相同。因紫外光對熒光猝滅作用大，如FITC的標記物，在紫外光下照射30s，熒光亮度降低50%。所以，曝光速度太慢，就不能將熒光影象拍攝下來。一般研究型熒光顯微鏡都有半自動或全自動顯微攝影系統裝置。
7、熒光影象的記錄方法
熒光顯微鏡所看到的熒光影象，一是具有形態學特徵，二是具有熒光的顏色和亮度，在判斷結果時，必須將二者結合起來綜合判斷。結果記錄根據主觀指標，即憑工作者目力觀察。作為一般定性觀察，基本上是可靠的。
8、熒光顯微鏡使用結束，關閉所有電源，做好鏡頭和載物臺的清潔工作，待燈室冷卻至室溫後，用防塵罩蓋好顯微鏡，並做好使用記錄。
熒光顯微鏡使用注意事項
1、嚴格按照熒光顯微鏡說明書要求進行操作，不要隨意改變程式。
2、熒光顯微鏡應在暗室中進行檢查。進入暗室後，接上電源，點燃超高壓汞燈5～15min，待光源發出強光穩定後，眼睛完全適應暗室，再開始觀察標本。
3、防止紫外線對眼睛的損害，在調整光源時應戴上防護眼鏡。
4、檢查時間每次以1～2h為宜，超過90min，超高壓汞燈發光強度逐漸下降，熒光減弱;標本受紫外線照射3～5min後，熒光也明顯減弱;所以，Z多不得超過2～3h。
5、熒光顯微鏡光源壽命有限，標本應集中檢查，以節省時間，保護光源。天熱時，應加電扇散熱降溫，新換燈泡應從開始就記錄使用時間。燈熄滅後欲再用時，須待燈泡充分冷卻後才能點燃。一天中應避免數次點燃光源。
6、標本染色後立即觀察，因時間久了熒光會逐漸減弱。若將標本放在聚乙烯塑膠袋中儲存，可延緩熒光減弱時間，防止封裱劑蒸發。
7、熒光亮度的判斷標準：一般分為四級，即“-”表示無或可見微弱熒光。“+”表示僅能見明確可見的熒光。“++”表示可見有明亮的熒光。“+++”表示可見耀眼的熒光。