小說開端，快過十五歲生日的蘇菲收到兩封奇怪的信，信中有“你是誰”“世界從何而來”這樣兩個問題，但找不到關於寄信人的任何資訊。

緊接著，極不尋常的信紛至沓來，世界像謎團一樣在她眼前展開。蘇菲不斷收到自稱為哲學家寄來的書信，接下來蘇菲慢慢明白，寫信者是一個自稱為哲學家的神秘人，他以書信的形式向蘇菲介紹哲學的歷史和基本理論。

一般每封信介紹一個時期的哲學或者一個西方代表性哲學家。這樣，奇特的哲學課程從希臘神話開始，按哲學發展的時間順序介紹了古代自然派哲學家蘇格拉底、柏拉圖、亞里士多德，歐洲中世紀哲學，文藝復興，笛卡爾、史賓諾莎、休姆、康德、浪漫主義、黑格爾、祁克果、馬克思、達爾文和弗洛伊德等。

自收到這位神秘哲學家的書信後，蘇菲一直希望弄清楚哲學家的真實身份， 為此她想辦法跟蹤和調查哲學家的行蹤。

與此同時，小說中還會用簡單卻傳神的筆畫勾勒出蘇菲的生活場景，如交代她的爸爸在一艘大油輪上工作，忙得幾乎一年到頭都在外面，難得有時間在家；蘇菲有個同年級同班的好朋友叫做喬安；蘇菲的15歲生日快到了，她的媽媽和同學喬安在為她的生日聚會做準備，等等。

蘇菲的世界內容概括：14歲的少女蘇菲某天放學回家，發現了神秘的一封信，給她寄信的人非常神秘，就這樣，在神秘導師的指引下，蘇菲開始思索，從古希臘到康德、從祁克果到佛洛佛德等各位大師所思考的根本問題。

與此同時，蘇菲不斷接到一些極不尋常的來信，世界像謎團一般在她眼底展開。蘇菲企圖解開這些謎團，然而，事實真相遠比她所想的更怪異、更離奇。

蘇菲漸漸意識到自己只是書中的一個角色，在忠實的完成自己主角的任務之餘，他們開始了向上帝的抗爭。在他們的努力下，書中世界漸漸扭曲了，變得古怪而難以駕馭。最終，艾勃特和蘇菲莫名的逃出了書中世界，來到了席德所在的世界。