首次辦理港澳通行證可以異地辦理。

2019年4月1日起，來港澳通行證、往來臺灣通行證等出入境證件實行“全國通辦”，即內地居民可在全國任一出入境管理視窗申請辦理出入境證件，申辦手續與戶籍地一致。出入境證件實行“全國通辦”後，可以實現三個“都能辦”：

1、全國各地都能辦，即內地居民可在全國任一出入境管理視窗申辦出入境證件，申請材料與戶籍地一致。

2、出國出境證件都能辦，往來港澳通行證、往來臺灣通行證等都可在異地申辦。申請人異地申辦赴港澳臺團隊旅遊簽註，還可在自助簽註機上辦理，立等可取。

3、內地居民都能辦，即不受戶籍地、居住地等條件限制，內地居民均可在異地申辦出入境證件。

首次辦理須本人至當地的出入境管理處提交申請，申請材料有：居民身份證及影印件（用A4紙影印，可影印在同一張紙上）以及填寫《中國公民出入境證件申請表》，2寸淡底色彩照2張，同時分別申請赴香港、澳門的簽註。只去香港則申請香港簽註，只去澳門則申請澳門簽註，如果香港、澳門都去，則兩地簽註都要申請。

辦理時限為自受理之日起10個工作日（首次或非首次申請）。但均不含郵遞日（一般在五天左右）以及節假日。費用為《往來港澳通行證》每本80元，一次往來簽註，每個15元，二次往來簽註，每個30元。