化學改底：平時我們改底用的表情比如生石灰，二氧化氯，過硫酸氫鉀複合鹽等等藥劑，其實就是一種化學改底方法，雖然這些藥劑的成分有所不同，但是它們改底的工作原理都是差不多的，就是這些藥劑溶於水後會迅速產生化學反應，會在短時間內改變水質的ph值屬性以及底層有機質和氨氮等其他元素的化學屬性，分解出遊離銨和小分子的氮，達到快速改底的作用。

但是一來由於這些藥劑的化學反應持續時間不長，容易導致改底不徹底。而且化學改底本質上是一種氧化劑改底，在改底過程中的氧化作用和硫化作用對水生生物有很大的刺激性和腐蝕作用，一旦使用過量，會導致魚蝦以及水草藻類大量死亡。所以化學改底一般用來救急，其次在沒有魚蝦出來活動的時候化學改底的效果才能最大化，典型的例子就是生石灰，生石灰清塘是槓槓滴。而且化學改底之後一般會殺死所有藻類和細菌，所以最後還要重新肥水培藻培菌。生物改底：生物改底的本質是一種微生物迴圈，底層惡化就是微生物迴圈某些環節出現了問題，有機質過多，分解不徹底一方面會消耗大量氧氣，導致溶解氧降低，同時會生成有毒的亞硝酸鹽和超標的氨氮，同時厭氧菌大量滋生，這些情況直接導致水質惡化，藻類缺氧死亡。間接影響魚蝦健康生長。這個時候透過人工干預培育有益菌，讓有機質分解徹底，控制氨氮超標，將亞硝酸鹽轉化為無毒的硝酸鹽，培育有益菌的繁殖優勢來擠壓厭氧菌，這樣可以讓藻類正常繁殖，讓底層溶解氧充足，最終達到正常的微生物迴圈。但是由於有益菌繁殖比較緩慢，所以生物改底效果在短時間之內不明顯。