亞急性甲狀腺炎是自限性疾病，多數可痊癒，一般病程為2～3個月，也可數週至半年以上，少數患者復發。亞急性甲狀腺炎沒有特異性的治療方法，治療的目的在於消除症狀和糾正甲狀腺功能異常狀態。

（1）早期以減輕炎症反應及緩解疼痛為主。輕症可選用非甾體類消炎藥如阿司匹林（1～3克/天，分次口服）、吲哚美辛（75～150毫克/天，分次口服）或環氧化酶-2抑制劑（對有心血管傾向者慎用）。

（2）對疼痛劇烈，體溫升高、用上述藥物無效者，可選用腎上腺皮質激素。可在給藥後數小時明顯緩解疼痛及甲狀腺腫脹症狀，用於症狀嚴重者。如潑尼松20～40毫克/天，分次服用。症狀完全緩解並持續1～2周後可逐漸減量，以後根據症狀、體徵及血沉的變化緩慢減少劑量，總療程6～8周以上。過快減量、過早停藥可使病情反覆，應注意避免。停藥後如復發，可重複治療。

（3）亞甲炎有甲亢症狀時可用普萘洛爾（心得安）治療，10～20毫克/次，3次/天，甲狀腺功能一旦恢復正常即可停用。

（4）對有甲狀腺功能減退者可加用甲狀腺激素，甲狀腺片40～120毫克或L-T100～200微克/天，注意避免抑制TSH過低。幾個月後逐漸減量，最後停用。

（5）亞甲炎預後良好，一般無復發，一般不須手術。嚴重的反覆發作疼痛的亞甲炎，當其他治療均無效時，或伴有甲狀腺腫瘤者偶爾可以考慮手術切除。