主要機構

中央

中書省：上承天子，下總百司，領六部，為最高行政機關，行使宰相職權。中書省下有六部：吏、戶、禮、兵、刑、工。

尚書省，主要負責財政事務，不過時置時廢。

樞密院：中央最高軍事管理機關。

御史臺：最高監察機關。

地方

宣政院：掌管佛教僧徒及西藏事務。

澎湖巡檢司：管轄澎湖和琉球。

行省制度：管理地方具體事務。

行中書省

元朝地方最高行政機構，併為一級政區名稱。簡稱行省，或只稱省。元置中書省總理全國政務，也稱都省；因大元幅員遼闊，除腹裡地區直隸於中書省、西藏地區由宣政院管轄外，又於諸路重要都會設立十個行中書省，以分管各地區。在世祖、武宗朝三次短期設立尚書省主管政務期間，行中書省也相應改稱行尚書省。元人稱其製為：“都省握天下之機，十省分天下之治。”

除河北、山東、山西由中書省吐蕃地區由宣政院管轄。元帝國在地方設定行中書省。元代“行中書省”的性質，有一個轉變的過程。早期是作為中央政府的派出機構，帶中書省的職銜，在外行使“省”的職能。滅南宋之後，行省逐漸轉變成了一級地方行政組織，其首長也不再帶中書省的官銜。

行省下有道、路、府、州、縣、基層行政設施。