生物燃料種類多，其中最主要的有酒精、替代燃料、生物柴油、工業酒精等等。酒精——有機化合物，由於含有一個羥基而與碳水化合物有明顯差異。甲醇和乙醇是兩種最簡單的酒精。替代燃料——甲醇、變性乙醇及其它酒精；含甲醇、燃料乙醇及其它至少含有85％酒精含量的汽油混合物或酒精與其它燃料的混合物；天然氣；液化石油氣；氫氣；煤提取的液化燃料；從生物材料中提取的非酒精燃料（例如生物柴油）；電力。無水——指的是不含任何水分的化合物。作為燃料而生產的乙醇，由於水分基本被除盡，一般被稱作無水乙醇。B100——100％（純）生物柴油。B20——生物柴油與石油柴油的混合物，其中20％為生物柴油。生化轉化——利用酶和催化劑實現生物材料化學轉化，以生產能源產品。例如，利用微生物消化有機廢物或廢水生產乙醇的過程便是一種生化轉化過程。生物柴油——一種可生物降解的運輸燃料，適用於柴油發電機，透過有機提取的油和脂肪之間發生酯交換反應而產生。生物柴油現在是柴油燃料的組成部分。將來也許能夠取代柴油。生物量——可用於生產能量的可再生有機物質，例如農作物、作物廢物殘留、木材、動物和城市廢物、水生植物、菌類生長等。英制熱單位（Btu）——衡量熱能的標準單位。1Btu等於在海平面上把一磅水升高一華氏度所需的熱量。二氧化碳（CO2）——一種燃燒產物，近年來已經成為環境關注的焦點。二氧化碳並不會直接危害人類健康，但卻是一種溫室氣體，阻礙地球熱量散發，導致全球變暖。一氧化碳（CO）——一種無色無味的氣體，氧氣供應不足、燃料不完全燃燒時產生，例如摩托車引擎排放的氣體。碳固化——植物的葉和根從大氣中吸收二氧化碳並將其儲存；碳轉變成土壤中的有機物。纖維素乙醇——用樹木、雜草和作物肥料製造的乙醇被稱為纖維素乙醇。單一燃料車輛——只用一種燃料的車輛。總的說來，由於單一燃料車輛只用一種燃料，設計時可以實現針對該燃料的最最佳化，因而專用車輛的排放和表現都更加突出。工業酒精——含有少量有毒物質的乙醇，例如甲醇或汽油，其有毒物質通常不易透過化學或物理方法除去。工業用途的酒精都必需經過變性處理，不然，則需繳納聯邦酒精飲料稅。E10——酒精混合物，含有10％酒精和90％無鉛汽油。E85——酒精/汽油混合物，含有85％工業酒精和15％汽油。乙醇——可以透過乙烯化學反應產生，也可以透過發酵農作物和作物樹木纖維殘留物中碳水化合物所含的糖而產生。在美國，其作為汽油辛烷新增劑和氧化劑使用。當濃度達到10％時，可將辛烷從2.5提高到3.0。乙醇還可以在最佳化改造的替代燃料汽車中以更高的濃度使用。給料——任何轉變為其它形式燃料和能源產物的材料。例如，玉米澱粉可以作為乙醇生產的給料。發酵——微生物對糖等有機物的酶轉化。通常有氣體產生，例如葡萄糖發酵產生乙醇和二氧化碳。可適用多種燃料汽車——帶有普通燃料箱，但該種車輛能使用無鉛汽油與乙醇或甲醇各種比例混合的燃料。基礎設施——通常指的是替代燃料車輛的加油和加燃料網路，這對於替代燃料車輛的開發、生產、商業化和運作非常重要。具體包括燃料供應、公共和私有加油加燃料設施、加油站的具體標準、客戶服務、教育和培訓以及建立規範條規。