1949年後，郭沫若出任中國科學院院長，跟陳寅恪有一定程度的交往，期間表現了對陳寅恪的關愛。陳寅恪剛開始寫詩諷刺郭沫若，後來對於郭沫若的工作很配合。

1953年，中共中央決定組建中國歷史問題研究委員會，中國科學院根據會議精神和中宣部的提議，決定成立上古、中古和近代史所三個歷史研究所，分別由郭沫若、陳寅恪、范文瀾擔任所長。陳寅恪當時任教於中山大學。中國科學院請北京大學歷史系副教授、陳寅恪的弟子汪籛帶著郭沫若、李四光署名的邀請信前往廣州，請陳寅恪來京就職。

1953年12月，陳寅恪口述《對科學院的答覆》，重提他給王國維的碑文，並認為“對於獨立精神，自由思想，我認為是最重要的，所以我說‘唯此獨立之精神，自由之思想，歷千萬祀與天壤而日久，共三光而永光’。”他提出就職條件：“允許中古史研究所不宗奉馬列主義，並不學習政治”；“請毛公或劉公給一允許證明書，以作擋箭牌”。他還要求汪籛：“你要把我的意見不多也不少地帶到科學院。碑文你帶去給郭沫若看。郭沫若在日本曾看到我挽王國維的詩。碑是否還在，我不知道。如果做得不好，可以打掉，請郭沫若做，也許更好。郭沫若是甲骨文專家，是‘四堂’之一，也許更懂得王國維的學說。那麼我就做韓愈，郭沫若就做段文昌，如果有人再做詩，他就做李商隱也很好。我的碑文已流傳出去，不會湮沒。”

陳寅恪用了韓愈段文昌的典故。韓愈曾寫了《平淮西碑》，敘述裴度平息蔡州淮西節度使吳元濟叛亂的戰事。李愬的妻子是公主，她認為戰功應歸功於她的丈夫，於是令人毀去韓愈書寫的碑文，令段文昌重撰碑文為李愬頌功。但後人記住的卻是韓愈的碑文。李商隱曾寫了長詩《韓碑》，盡力歌頌裴度和韓愈，表明公道自在人心。對於這個典故，郭沫若十分清楚。他在19歲時曾評點李商隱《韓碑》詩：“謂韓退之平淮西碑：點竄堯典舜典字，塗改清廟生民詩。此二語者，非愈孰能當之，然亦少褒矣。” 皖南事變後，他又寫了一首七絕："鵬鳥縱遭鳩鷃笑，鳳鸞雖死不為雞。韓碑毀去韓文在，莫道樊然無是非。 ”

這首詩也用了韓愈碑文的典故，為新四軍鳴不平。沒想到現在陳寅恪卻諷喻郭沫若要毀去“韓碑”。

對於陳寅恪的諷喻，郭沫若並不在乎。就在郭沫若接到答覆後不久，《歷史研究》編委會成立，請陳寅恪做編輯委員。郭沫若為此事於1954年1月16日再次致信陳寅恪。陳寅恪收信後立即回信：“沫若先生左右：一九五四年一月十六日手示敬悉。尊意殷拳,自當勉副。寅恪現仍從事於史學之研究及著述,將來如有需要及稍獲成績,應即隨時函告並求教正也。” 不久，陳寅恪《李唐之李武韋楊婚姻集團》和《論韓愈》分別發表在《歷史研究》創刊號和第2期上。

1955年，中國科學院成立四個學部，透過杜國庠徵求陳寅恪的意見，陳寅恪願意就任學部委員。郭沫若獲悉後十分欣喜，請劉大年代為起草一封致陳寅恪的信，郭沫若作了潤色：

學友杜守素先生來京,獲悉先生尊體健康,並已蒙慨允擔任中國科學院社會科學學部委員,曷勝欣幸!

學部乃科學院指導全國科學研究工作與學術活動之機構,不致影響研究工作,日前正積極籌備,詳情由守素兄返粵時面達。

尊著二稿已在《歷史研究》上先後發表,想已達覽。《歷史研究》編輯工作缺點頗多,質量亦未能盡滿人意,尚祈隨時指教,以期有所改進。尊處於學術研究工作中,有何需要,亦望隨時賜示,本院定當設法置備。（下圖為劉大年）

郭沫若對陳寅恪十分尊重，後來兩次去拜訪陳寅恪。

1961年3月3日，郭沫若利用到廣州的機會，在馮乃超的陪同下拜訪陳寅恪。陳寅恪屬虎，郭沫若屬龍。郭沫若開玩笑說當天的相見是龍虎鬥。他在日記中寫到：“伊左目尚能見些白光，但身體甚弱，今年曾病了好久。胃腸不好。血壓不大高。不相信中藥，自言平生不曾用過參。” 他們還談到陳寅恪的《柳如是別傳》，陳寅恪要找北京圖書館的《一笑亭集》，要紙張。他倆談了一個小時，郭沫若才告別出來。

1961年11月15日，郭沫若再一次去中山大學拜訪了陳寅恪。這天下著雨，但他們的會晤卻十分溫暖。郭沫若在日記中記載： “訪陳寅恪，彼頗信雲貞曲之楓亭為仙遊縣之楓亭。說舒四爺，舉出《隨園詩話》中有閩浙總督五子均充軍伊犁事，其第四子即可謂舒四爺。餘近日正讀《隨園詩話》，卻不記有此人。我提到“句山樵舍”，他囑查陳氏族譜。“壬水庚金龍虎鬥，郭聾陳瞽馬牛風。”渠聞此聯解頤，談約一小時，看來彼頗愜意。”

這些細節都說明兩位著名的學者關係是很融洽的。

郭從本質上說，他是個詩人，雖然，在歷史上，在甲骨學上，都有一定的成就。只是可惜他不夠純粹，是個有顆不安於當詩人的心的詩人。而陳就是個純粹的學者大家了。他的獨立之思想，自由之精神，到今天，還讓人又敬又佩。他們關係，雖有交集，然本質上是兩類人，好不了。

1953年，中共中央決定設立歷史研究委員會，同年10月，歷史研究委員會決定創辦刊物《歷史研究》，並在中國科學院設立三個歷史研究所，擬由郭沫若、陳寅恪、范文瀾分別出任一所（上古史研究所）、二所（中古史研究所）及三所（近代史研究所）所長。

11月中旬，陳的學生、時為北京大學歷史系副教授的汪籛南下廣州請陳寅恪北上。結果，陳寅恪拒絕了這一請求，並讓汪把自己的意見記錄下來，這就是《對科學院的答覆》。在這篇《答覆》的最後一個部分，陳寅恪特意提到了一個人，那就是郭沫若：

碑文你帶去給郭沫若看。郭沫若在日本曾看到我的王國維詩。碑是否還在，我不知道。如果做得不好，可以打掉，請郭沫若做，也許更好。郭沫若是甲骨文專家，是“四堂”之一，也許更懂得王國維的學說。那麼我就做韓愈，郭沫若就做段文昌，如果有人再做詩，他就做李商隱也很好。我的碑文已流傳出去，不會湮沒。

在這段文字中。陳先稱呼郭沫若是“甲骨文專家”，是“四堂”之一，“四堂”就是甲骨四堂，指的是中國近代四位著名地研究甲骨文的學者：郭沫若（字鼎堂）、董作賓（字彥堂）、羅振玉（號雪堂）和王國維（號觀堂）。從表面上來看，這似乎是充滿了對郭沫若甲骨文研究成就的讚賞。

但接下來他引用了一個典故“那麼我就做韓愈，郭沫若就做段文昌，如果有人再做詩，他就做李商隱也很好”。他是把碑中的“獨立之精神，自由之思想”視若生命，警告郭沫若不要做段文昌。面對學術指導思想上的單一化，陳寅恪在信裡直接針對國內學術機構的最高代言人郭沫若，重申學術獨立的價值，並提醒郭沫若不要忘記以生命抗爭學術的王國維，彼此都是“四堂”之一，要他能真正對得起他的位置和他的名聲，也作為學術獨立聲張正義的人。　　

再者，在《答覆》的前面，陳寅恪還專門提到“王國維之死，不關與羅振玉之恩怨，不關滿清之滅亡，其一死乃以見其獨立自由之意志。”其實也是專門針對進而反駁郭沫若對於王國維之死的解讀。郭沫若在《魯迅與王國維》一文中談到：“王國維由於受了羅振玉的影響，一層層封建的綱紀便把王先生封鎖著了，逐漸逐漸地被迫成為了一位遺臣。”陳寅恪不同意王國維自殺是為滿清“殉節”的說法，他認為王的死因是由於受了羅振玉的逼迫與傷害。陳寅恪認為這與當年他為王國維紀念碑題所表達的思想是一致的。

10年以後，郭沫若在其新著《李白與杜甫》中對早已含冤去世並無還手之力的陳寅恪殺了個回馬槍。　　

一些人以此為據，陳寅恪和郭沫若“積怨”甚深。但關於二人之間的關係，譚解文在《關於郭沫若與陳寅恪關係的辯正》一文中論述得非常好：

我們不僅應看到兩人固然有政治和學術觀點上不同的一面，更要看到，作為詩人和學者，他們在本質上也有許多相通之處，其中最主要的，乃是他們的精神血脈中，都灌注著深厚的中國傳統文化學養，都有著對國家、民族的摯愛，對學術的執著痴迷，他們都取得了舉世矚目的學術成就，成為現代中國的文化巨人。這種共同之處使得他們雖然一居北京，一處廣州，但政治和地域上的距離，並沒有割斷他們精神和文化上的聯絡，日常交往上的疏離，也沒有遮蔽他們學術上的相互關注，他們是“道”有所別，心有所通的。

郭是有才的政客，陳為純粹的學者。兩人同為民國時期第一屆中央研究院院士，陳是史學界一面旗幟，郭只是勉強當選，這一點透過傳斯年實施學人搶救計劃足以證明。新中國後，郭講政治講關係講人脈進入權力核心，毀陵考古，巴結江青，迫害學者，性亂婚雜；陳由北平到南京後，迅速經廣西到廣州，遠離權力中心，避禍嶺南學院。當學生汪籛受託來請陳到北京就職時，以征服者的口氣說話，陳當即斥責:“你不是我的學生，給我滾出去！我的學生必須意志獨立，精神自由。”可見其骨氣。陳之所以沒有被定為右派，只算中右受到批鬥，並不是郭不想迫害他，那是高層的意思。

郭沫若和陳寅恪的關係很一般。

兩人的治學理路、政治信仰、專業志趣都不相同。換句話說，這兩個人天生不對路子。

例如，1958年郭沫若曾在《人民日報》上發表了《關於厚今薄古問題——答北京大學歷史系師生的一封信》一文。這篇文章主要就是要反對陳寅恪式的史學研究方法，推崇“厚今薄古”式的研究（也就是馬克思主義史學）。郭沫若在文章中指出：

資產階級的史學家只偏重史料，我們對這樣的人不求全責備，只要他有一技之長，我們可以採用他的長處，但希望他不自滿，更不能把他作為不可企及的高峰。

最後，郭沫若呼籲大家要超越陳寅恪。由於這篇文章的背景是大躍進，所以陳寅恪自然也就遭到了批評。如陳先生所言：“1958年，全國有厚今薄古運動。我當時也受到批判 。我便不再上課。”

對於有些將郭沫若說成是對陳寅恪進行政治打擊的觀點，其實也站不住腳。

郭沫若是馬克思主義史學的權威，陳寅恪是舊史學或資本主義史學的權威，兩人不對盤是必然的。但是，郭沫若很認可陳寅恪的研究。用郭沫若自己的話講：

同乃超去看陳寅恪，他生於庚寅，我生於壬辰，我笑說今日相見是龍虎鬥。

因此，郭對陳的批判主要還是以學術價值觀為主，而不是單純的政治人身攻擊。

總而言之，關係一般，但是維持了學術人的體面。