1、乳酸桿菌類

乳酸桿菌屬乳酸桿菌科，因發酵糖產生大量乳酸而命名。其存在廣泛，嗜酸性，在無芽胞桿菌中是耐酸力最強，pH3.0～4.5的環境中仍然能生存。是動物腸道重要的生理性菌群之一，負擔著動物體內重要的生理功能。該菌在固體培養時繁殖較慢，產生大量代謝物，包括乳酸、抗菌肽、生物素等，研究發現，代謝產物和活菌液對革蘭氏陽性菌、革蘭氏陰性菌都有很強的抑菌效果，隨著pH 值的降低抑菌作用逐漸變強，活菌和代謝產物中含有較高的超氧化物歧化酶（SOD），能增強動物的體液免疫和細胞免疫。一般的飼料發酵都離不開乳酸桿菌乳酸菌是應用最早、最廣泛的益生菌。

2、酵母類

酵母是一類非絲狀真核微生物單細胞微生物，屬於高等微生物的真菌類，有氧氣或者無氧條件下都能繁殖。一般泛指能發酵糖類的各種單細胞真菌， 酵母菌體中含有非常豐富的蛋白質、B 族維生素、脂肪、糖、酶等多種營養成分。可分解糖變成水、酒精、二氧化碳，是固體發酵中產氣的主要部分，一般用來提高發酵飼料的風味，透過破壁等方式處理酵母細胞也可以作為一種益生元來使用。大量的應用研究試驗證明，酵母在提高動物免疫力、提高動物生產效能和減少應激等方面均起到一定的作用。飼用酵母的主要種類有啤酒酵母和產朊假絲酵母。酵母一般用於粕類發酵。