1860年（清咸豐十年）何任兩江總督.江南大營遇大雪，缺餉，噪亂潰敗。和春、張國樑退守丹陽。桂清上疏推諉責任：“丹陽以上軍務，和春、張國樑主之。常州軍務，臣與張玉良主之。”

部署稍定後進軍溧陽，而太平軍已攻破丹陽，張國樑戰死，和春逃奔常州，桂清震驚。總理糧臺查文經等洞悉其意，建議退守蘇州。桂清便奏言軍事已交託和春，自赴蘇州籌餉。

出逃時隨從開槍打死跪留的常州士紳死19人方脫身，張玉良不久也出走。常州士民自籌登陴守城。數日後常州城破，以人民抵抗而屠城。蘇州守軍聞訊大為憤恨，何桂清到達後，江蘇巡撫徐有壬拒絕開門，並彈劾何“棄城喪師”。和春兵潰重傷退至無錫，自殺殉節。桂清託言借外兵，逃進上海租界。數日後蘇州城陷，徐有壬於巷戰被殺殉節，遺疏再彈劾何桂清多條罪狀。

桂清統領十萬清軍竟棄城潛逃，導致常州、常熟、蘇州皆失守，咸豐下詔革職逮捕送北京審訊。湊巧遇英法聯軍，咸豐帝避難熱河，何案擱置兩年。期間王有齡及江蘇巡撫薛煥等相繼上疏乞恩，不準。

同治元年（1862）言官紛紛彈劾，恭親王與租界交涉，正式逮捕下獄，擬斬監候。秋審處總辦、直隸司郎中餘光倬，將其由封疆大吏失守城池應處之“斬監候”加上罪名“擊殺執香跪留父老十九人，忍心害理，罪當加重”而改擬“斬立決”。刑部審訊時，桂清提出一份薛煥等人具名之公稟，請其退到蘇州，以保餉源重地，作為其本不欲棄地的證明。公稟出於當時或事後偽造已無從查究，朝廷命兩江總督曾國藩查核具奏。曾國藩身在江南，瘡痍遍地，且負破敵責任，考慮士氣影響，覆奏：“疆吏以城守為大節，不當以僚屬一言為進止；大臣以心跡罪狀，不必以公稟有無為權衡。”判處斬立決定讞，12月21日在京師菜市口法場執行，棄市。《清史稿》評論：“以才敏負一時之望，膺江表重寄。桂清無料敵之明，又失效死之節。身名俱隕，罪實難辭。”

其實剛開始，浙江巡撫王有齡知道何桂清有此苗頭的時候，就寫信勸告它，身為大臣，不能這樣不負責任。人說擒賊先擒王，你這倒好，人家還沒來打你，你就跑了，那肯定會導致軍心渙散，到時候肯定是一擊必破。何桂清當時確實聽了王有齡的勸告，但是當太平軍攻破丹陽，直搗常州的時候，何桂清就按奈不住了。隨後在手下大將的勸導下，準備逃離到常州，然而常州計程車紳聽到何桂清要離開常州的訊息，最後何桂清在常州士紳的勸阻下，終於惱羞成怒，殺了19名士紳，逃去了蘇州。

江蘇巡撫徐有壬得知此事，沒有放何桂清進城，並上奏朝廷，彈劾何桂清。而後不久，常州失守，蘇州也隨之失守，徐有壬在戰死之前再次彈劾何桂清。隨後咸豐皇帝才震怒，隨即將何桂清革職拿問。不過這時因為第二次鴉片戰爭，英法聯軍攻進了北京城，咸豐皇帝自己無奈逃到了承德避暑山莊，導致何桂清的案子又被擱置了兩年之久。

何桂清臨陣脫逃，置國家與百姓於不顧(雖然面對的是起義軍)，確實罪不可恕。當時很多人看出他要逃跑的苗頭，並極力相勸相阻，但他還是殺鄉紳，害部下，跑了。

讓他自由了兩年是命運對他最後的眷顧，適逢第二鴉片戰爭，朝廷無暇顧及。……不信回頭看，蒼天饒過誰？最終還是被繩之以法。

何桂清（中）被抓後，恰好遇到第二次鴉片戰爭爆發，這案子就這樣耽誤下來，再者朝中有兩個不同的聲音僵持不下。一個以恭親王奕訢為首的包容派認為:作為一品大員的用刑應該慎重，應該網開一面。另一個以曾國藩為首的認為:何桂清棄城而逃就該處死。這樣一拖就是兩年，最後慈禧徵詢曾國藩的意見，以前曾國藩和何桂清因為軍餉等事情不和，又因為江南在戰亂後士氣低迷，有消極殆戰情緒。便抓住這次機會，說了一句話:“疆吏以城守為大節，不當以僚屬一言為進止；大臣以心跡罪狀，不必以公稟有無為權衡。”慈禧應允，於是，這句話最終要了何桂清的命，最終當年被斬首棄市。

其實，常州之戰以前的何桂清基本都是順風順水的，19歲考中進士，41歲當上總督，比曾國藩名氣更大，曾國藩還只是撿了何桂清逃跑而丟掉的官職，兩江總督。

然而1860年，盛極而衰，何桂清最為鼎盛時期，遭遇最大的轉折，李秀成領導的太平軍攻破江南大營，這是太平軍最為傑出，最為濃墨重彩的一場勝利。李秀成率軍直攻常州，而常州正是當時兩江總督何桂清臨時治所所在。當時，常州守軍軍力空虛，以何桂清當時的兵力，是萬萬守不住的。於是，在下屬的建議下，何桂清決定棄城而逃。當地鄉紳們雖跪在他的府衙前請求死守，但何桂清還是讓屬下殺了阻攔的十餘人之後棄城而去。

何桂清原打算逃到江蘇巡撫徐有壬所在的蘇州，兩者合兵一處，可以先保住蘇州，再攻回常州。然而，徐有壬聽說何桂清來了，竟“閉城不納”。沒有辦法，何桂清以請洋人來打太平軍為藉口，逃到上海租界，再也不肯露頭。1862年，恭親王奕訢與租界交涉，將躲在租界的何桂清逮捕。於是，何桂清在曾國藩的參奏下丟了性命。

何桂清滿清一品大員，兩江總督。

1860年3月，太平天國忠王李秀成親率約十多萬人，分五路進攻江南大營。在江南大營被太平軍攻破時，身為兩江總督何桂清要逃離常州，他的好友浙江巡撫王有齡遞書告戒何桂清勿不要逃離常州：“事棘時危，身為大臣，萬目睽睽，視以動止。一舉足則人心瓦解矣。”此時何桂清走意已決，便奏言軍事已交託和春，自赴蘇州籌餉。

何桂清逃走時，常州士紳執香跪請留下守城，何桂清不但不留下來守城，竟然開槍打死執香跪留父老十九人，脫身常州後逃進上海租界。

常州士民只有自發守城了。數日後常州城失陷，因為人民抵抗遭到太平軍屠城。

何桂清統領十萬清軍竟棄城潛逃，導致常州、常熟、蘇州皆失守，咸豐下詔革職逮捕何桂清送北京審訊。恰在此時，英法聯軍攻打大清，咸豐帝避難熱河，何桂清案因此擱置兩年。

同治元年（1862）恭親王與租界交涉，正式逮捕下獄。刑部審訊時，何桂清提出一份薛煥等人具名之公稟，請其退到蘇州，以保餉源重地，作為其本不欲棄地的證明。因此刑部判了死緩。

朝廷隨即命兩江總督曾國藩查核具奏。此時曾國藩身在江南，負破敵責任，因而上奏：

“ 疆吏以城守為大節，不當以僚屬一言為進止；大臣以心跡罪狀，不必以公稟有無為權衡。”

朝廷立即改判“斬立決”。

1862年12月21日何桂清在京師菜市口法場被執行死刑。

說起何桂清不得不提起王有齡，兩個人年齡相仿，小時候讀書在一起，成年後是同僚，後來雙雙因為太平天國運動而亡，不得不感慨命運的蹉跎和無奈。何桂清雲南昆明人，當時何桂清的父親是在雲南做官的王有齡父親手下當差。王有齡在衙門裡讀書，何桂清做了王有齡的伴讀。何桂清自幼聰慧異常，讀書很有天賦。何桂清十九歲就中了二甲第四十九名進士，入了翰林院當了庶吉士。隨後官運亨通，一直做到兩江總督(1857年），年僅41歲，可以說是青雲直上，比起同時期的王有齡和曾國藩官運要順利很多。何桂清臨陣脫逃這件事就發生在他兩江總督任內，當時他的主要工作就是負責籌餉供給江南大營對抗太平軍，協助和春和張國樑等負責軍事的將領構建江南大營圍困太平軍佔領的南京。當時江南地區太平軍實力強勁，所以很多衙門辦公的地方都有遷移。兩江總督衙門就搬到江蘇常州。

咸豐八年（1858年）何桂清為了籌集更多的軍餉，在清朝政府的授意下，會同大學士桂良以及當時的吏部尚書一起與英，法，美三國修訂通商稅務章程。在上海設立稅務總局，有限承認鴉片貿易，進出口貨物一律按照百分之五抽釐。何桂清盡一切努力籌響，而且何桂清認為能攻克太平軍的一定是和春，張國樑等人。因為江南大營離太平天國都城比較近。而對極度缺餉的曾國藩的湘軍很不看好。有多餘的軍餉也不分配給湘軍。因此與湘軍曾國藩有了很深的矛盾。也為後來的悲劇埋下了一定的伏筆。但是江南大營這邊的將帥不和，軍隊腐敗嚴重，士兵鬥志很弱。太平軍面對江南大營的包圍，也制定了粉碎江南大營的作戰計劃。謀劃進兵浙江迫使江南的清軍增援，以解南京之圍。果然在太平軍猛烈的攻勢下，杭州危如累卵。於是朝廷命令和春為浙江清軍總指揮，率領一萬多江南清兵增援浙江。等援兵到達浙江湖州的時候，太平軍已經攻克了部分杭州城，浙江巡撫羅遵殿也戰死。何桂清舉薦王有齡為新任的浙江巡撫。這個時候江南大營的清兵由於被抽調去了浙江，大營兵力空虛。太平軍英王陳玉成在安徽發起攻勢，然後快速撤出浙江的太平軍策應配合向何桂清所在的常州移動。然後太平軍發動二破江南大營的戰役，清軍舉措失當，兵力空虛，一觸即潰，大營失陷。留守常州的何桂清驚慌失措，一方面截流增援前線的清軍各部，另一方面暗暗準備逃跑。已是浙江巡撫的王有齡來信告誡何桂清，“事棘時危，身為大臣，萬目睽睽，視以動止。一舉足則人心瓦解矣。”何桂清也曾上疏表示過：“丹陽以上軍務，和春、張國樑主之。常州軍務，臣與張玉良主之。”但當太平軍攻破丹陽後，嚇破了膽的何桂清決心出逃。他以將軍事交付和春，自己到蘇州籌餉為由，逃出常州。常州百姓跪地勸阻，衛隊竟然開槍，打死十幾人，才逃到城外。到蘇州時，江蘇巡撫徐有壬拒絕開城門，並上疏彈劾他喪師棄城之罪。何桂清索性籍口借兵外國軍隊，一口氣逃到了上海。不久，蘇州也被太平軍攻陷，徐有壬巷戰而死，遺疏再次彈劾何桂清。朝廷下旨，革除何的一切職務，逮捕進京。

此時正是第二次鴉片戰爭期間，英法聯軍攻陷北京，咸豐逃往熱河，自顧不暇。何桂清得以在上海逍遙了兩年。

同治元年（1862），聯軍已退出北京，清廷又恢復了正常，何桂清的案子也終於到了開審的時候。他被逮捕入獄，以封疆大吏失守城池，加上殺害“執香跪留父老十九人”的罪名，判處“斬立決”。大學士祁俊藻等十七人上疏論救，大理寺卿李棠階認為何桂清身為兩江總督，驕橫顢頇，治軍無方，剋扣軍餉導致將士譁變、全軍覆沒，棄城而逃又嫁禍他人，實在是罪不容誅。“刑賞大政，不可為謬悠之議所撓，今欲平賊，而先庇逃帥，何以作中興將士之氣？”最後，曾國藩由於之前因為軍餉分配的問題，對何桂清的成見很大。又加上了一根重重的稻草：“疆吏以城守為大節，不當以僚屬一言為進止；大臣以心跡罪狀，不必以公稟有無為權衡。”當年冬天，何桂清被斬殺於北京菜市口。