首先葡萄牙明朝開始殖民，就是錯誤的！明朝時期，葡萄牙只有經商權，沒有治安，行政等一切政府權利，所有行政都歸大明澳門縣令管理，就是說一個捕快都可以把他們都抓來，而且葡萄牙每年要向大明交稅！葡萄牙真正殖民澳門還是在鴉片戰爭以後！

首先更正一下，題主的說法是有誤的，葡萄牙人的確從明朝開始居住在澳門，但並不是殖民。公元1553年，即明嘉靖23年，葡萄牙人藉口商船觸礁損毀，貢品被浸溼，需要地方晾曬，並賄賂當時的廣東官員，登陸澳門。但是在明朝時，澳門的葡萄牙人雖然有居住權，葡萄牙人需嚮明朝政府交納租金，且明朝依然擁有地方行政及司法權力，這跟列強的殖民地截然不同。

公元1644年，清軍入關佔領天下後，滿清繼續執行明朝簽訂的法律及政策，葡萄牙人在澳門的地位並未變化。在雍正年間，滿清政府在澳門望夏村設立了縣丞衙門，統一管理葡萄牙人及華人的訴訟事務。而在康熙年間，更是在澳門設立了海關。此時，澳門依然不是葡萄牙的殖民地。

直到1840年鴉片戰爭失敗後，列強看清了滿清虛弱腐敗的真面目。葡萄牙政府單方面宣佈了澳門為自由港，使中國的海關及收稅衙門被迫撤出，葡萄牙政府也停止了向中國政府交納租金，並不斷的擴大在澳門的佔領範圍。1887年，清政府與葡萄牙政府簽訂了《中葡會議草約》和《中葡和好通商條約》，澳門正式淪為葡萄牙的殖民地。直到1999年，一百多年後，澳門方才迴歸祖國。

大明王朝1556年的三年前，即公元1553年，嘉靖三十二年，葡萄牙人在佔地32平方公里的澳門取得了居住權，從此，一直到1999年中國才徹底收回澳門。其實，法理上，澳門成為葡萄牙殖民地是在1887年，腐敗的清政府與葡萄牙籤訂了條約，澳門正式租借給葡萄牙。

很多人會覺得是清朝人孱弱，沒有能力收回澳門，但實際上不止這一個理由。澳門對於清朝沒有那麼大的影響力，並且也能夠為清廷所用，而明朝把澳門給葡萄牙人居住，也僅僅是居住，當時明朝對於澳門的管理還是非常有力的。

葡萄牙在最初時，是打算武力侵佔澳門，第一次來到被明軍打敗，第二年再次集結軍隊，然而大明朝和非洲不一樣，葡萄牙再一次失敗，後來花錢買通了一個明朝將領，透過溝通請求明朝允許他們居住澳門，從事貿易。接下來，澳門凡大事一切歸明朝政府決定，而居住在澳門的葡萄牙人也定期給明朝交稅，所以法理上明朝時澳門算不上葡萄牙殖民地。

清朝初年，經過休養生息，不得不說國力確實強盛，但是仍然沒有收回澳門。我覺得，首先因為清朝統治者沒有一個環球的視野，所以不知道繼續縱容他們居住澳門有什麼隱患，其次，天朝上國的美夢讓他們覺得這個某個偏遠地區的一小波山匪沒有區別，所以並沒有重視。

鴉片戰爭以後，清朝已經孱弱無比，葡萄牙人開始大肆擴大他們在澳門的居住地，逐漸蠶食清政府的統治權，此時眾多列強已經開始窺伺中華，準備分一杯羹了。果不其然，1887年，葡萄牙與清政府簽訂了條約，法理上規定了葡萄牙對澳門的管理權。

1999年，我們收回了澳門，祖國的強大才是最根本的。

題主問的問題並不是像有些人說的那樣，說是滿清政府的無能，而是特定歷史條件下的一種必然選擇，正所謂“存在即合理”，且待我慢慢說來吧。

澳門最早只是一個小漁村，名叫“濠鏡”或“濠鏡澳”。它就像遠離大陸的一座孤島，1553年葡萄牙人取得了澳門居住權，從此，葡萄牙人就好像是澳門這塊土地上的主人一樣，開始用心經營著。但請注意：直到鴉片戰爭之前，葡萄牙人實際上只是一個“租”客，他人是屬於他的母國葡萄牙，但地則是屬於“房東”——明清政府。既然是租借，那租借年金肯定是少不了的。其實這種事情在唐宋元三代早就有了，比如唐時的廣州，宋時的泉州。

為何允許這樣的存在？一是古時通訊、交通的限制。因為實在太遠，鞭長莫及吧！二是出於貿易和防禦海盜的需要。澳門一直是以中西文化交流馳名於世，它是西學東進的橋頭堡，並且在世界經濟的運轉中發揮著重要的作用。

只是到了1887年12月，清政府被逼與葡萄牙籤訂了《中葡會議草約》和《中葡和好通商條約》，葡萄牙以外交文書的手續無恥地佔領了澳門，澳門從此就正式地淪為葡萄牙的殖民地了。

首先來講 題主所謂“葡萄牙人從明朝開始殖民澳門。” 這是錯誤的 所以後面的問題——“為什麼此後清朝一直允許葡萄牙人存在了幾百年”幾乎就可以忽略不答 當下只需要對此錯誤的命題給予糾正 當題主正視而明白了這段歷史 或許對你目前產生的困惑——“為什麼此後清朝一直允許葡萄牙人存在了幾百年”有一定的解惑 李之藻刻本《坤輿萬國全圖》

論雲：按王以寧《東粵疏草·卷五·條陳海防疏》言葡萄牙之竊居澳門起於世宗三十二年“ 國初，占城來修職貢，因而互市，設市舶提舉以主之，然捆載而來，市畢而去，從未有盤踞於澳門者，有之，自嘉靖三十二年始。” 其緣由大抵上是由於其貨船因為遭受到大風浪而致使貨物溼毀 想借地晾曬 海道副使汪柏因為收受了賄賂而許之 即《廣東通志·卷六十九·澳門》謂：“嘉靖三十二年，舶夷趨濠鏡者，拖言舟觸風濤縫裂，水溼貢物，願借地晾曬，還道副使汪柏尋賄許之。” 然而其陰謀得逞 自然不想晾乾貨物拔錨而起 便想長期竊居此地 便修造房屋 建造炮臺 擴充居地 並設武裝 明世宗像

至萬曆年間 葡萄牙人繼續在澳門擴充套件勢力 人數多達萬人 已經形成一定的勢力 所以總督張鳴岡在萬曆四十二年上言朝廷說：“粵之有澳夷，猶疽之在背也。澳之有倭賊，猶虎之傅翼也。今一旦驅斥，不費一矢，此聖天子威德所致。惟是倭去而番尚存，有謂宜剿除者，有謂宜移之浪白外洋就船貿易者，顧兵難輕動。而壕鏡在香山內地，官軍環海而守，彼日食所需，鹹仰於我，一懷異志，我即制其死命。若移之外洋，則巨海茫茫，奸宄安詰？制御安施？似不如申明約束，內不許一奸闌出，外不許一倭闌入，無啟釁，無弛防，相安無患之為愈也。”神宗下放部議 “從之”“居三年，設參將於中路雍陌營，調千人戍之，防禦漸密。”（《明史·卷三百二十五·列傳第二百十三·外國六·佛郎機傳》

而神宗好財物 又下令向葡萄牙人商船徵收舶稅 每年可獲得黃金二萬餘兩 郭尚賓《郭給諫疏稿·下·粵地可憂、防澳防黎孔、亟懇乞聖明急講潛消酌撫之術、處餉馭將之宜、以除亂本、以固東南疆圉事》有“每年括餉金二萬於夷貨，往歲丈抽之際，有執其抗丈之端，求多召侮。”云云

綜上所述 明朝政府透過設定官兵對澳門葡萄牙人的監督 警備與收取商稅二個方面來看 葡萄牙人在明代時期的澳門 還算不上“殖民”一詞 葡萄牙人為了在澳門展開貿易 每年賄賂明朝官員五百兩 而政府見有利可圖 也就聽之任之了 但是明朝政府始終對其保持警備狀態 所以《明史·卷三百二十五·列傳第二百十三·外國六·佛郎機傳》說：“終明之世，此番固未嘗為變也。”

本問題下面，說“1553年葡萄牙攫取澳門居住權”的，統統不用看了。

因為1553年是舊的說法，而當代澳門史學家梁佳彬引用葡萄牙檔案，考證出時間其實是1557年。

第一個原因是財政上的。對於地方財政，葡萄牙人的助益遠不止五百兩“地租”。

起初，葡人託言晾曬貨物對廣東海道副使汪柏行賄，被獲准在澳門就船貿易並搭棚暫居。但是在萬曆元年（1573），葡萄牙人交這一年五百兩的賄賂的時候，被其他官員看到了。人贓並獲之下，廣東海道副使只能託言這是葡萄牙人交的地租，並且載入了萬曆年間的《廣東賦役全書》，規定每年年底繳納。

說點題外話，葡萄牙人繳納的賦稅，遠不止一年五百兩。最開始是抽實物，但是由於商人容易賄賂官員作弊，於是改為按船的大小徵稅。

萬曆初年對他們徵收的商稅有三種：

水餉：船隻的稅收。按照船隻大小分為九等，根據葡萄牙人的記載，一艘商船要繳納500-600葡萄牙幣（約合500兩銀），比國內的大船要重很多（國內船隻最大一等是每艘船260兩）

陸餉：貨物稅。按貨物的區別進行徵稅。

加增餉：因為葡萄牙人經常做的一項貿易是把日本銀來自菲律賓的美洲銀運往中國，這種情況下並沒有多少可收稅的貨物，所以每條船另收150兩銀子（後來減為120兩）。

《明史》中對稅收有一個大概的數字——每年“二萬金”，這個數字隨著葡萄牙貿易船的數量而波動，多的時候兩萬多，少的時候萬兩左右。

第二個原因，葡萄牙一直“安分守己”，明清兩代對澳門也一直行使著主權——直到1887年（中法戰爭後的兩年）。

1563年的柘林兵變後，由於葡萄牙人派出軍艦助戰，時任廣東總兵的抗倭名將俞大猷答應免稅一年，免稅期過後葡萄牙人拒不繳稅，廣東官員下令封鎖澳門的物資供應，葡萄牙人被迫就範。後來廣東官府在蓮花徑建成關閘，設官居守，供給生活必需品。

軍事上，明朝有巡緝、備倭、提調（即“守澳官”）等官設在澳門，在關閘處設有關閘把總一員，率兵六百人。值得注意的是，在海防形勢嚴峻的時候，還會有特別的佈置。比如萬曆十九年（1591），兩廣總督劉繼文鑑於日本即將入侵的局面，提議“汛至，以同知駐紮新安，通判駐紮雍陌，汛畢方回”，以期監視澳門動向。

第三個原因，就是葡萄牙人的存在，是閉關鎖國的明清了解世界的一個視窗。不管是對外貿易（美洲白銀的流入）還是科技的引入（比如明末引入紅衣大炮），澳門都是其中重要的一環。

所以，明清（而不是清朝）也就沒有必要驅逐這些葡萄牙人了。

第一，澳門過於偏僻和荒涼，戰略位置十分不重要 ，經濟政治軍事文化影響及其有限，不入大清皇帝法眼，清朝皇帝和核心官僚未必清楚有這麼一個地方存在；

第二，葡萄牙人過於低調，幾百年來沒有繼續深入大陸開展殖民侵略，葡國殖民者也未與大清中央政府和廣東當地政府發生戰爭，一直相安無事，悶聲發大財；

第三，葡萄牙殖民者與後來的英國殖民者顯著不同，葡國殖民者是封建體系，英國殖民者是典型的資本體系，後者的侵略性和好戰性極大，葡國殖民者侵略性小，不成中國之外患；

第四，葡萄牙人國力不夠，難以威脅大清，這些殖民者有自知之明，悶聲發大財而已。