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（一）病原體不同：
1.流行性腦脊髓膜炎的病原體是細菌（腦膜炎雙球菌）。
2.流行性乙型腦炎的病原體是病毒（乙型腦炎病毒）。
（二）寄生部位不同：
1.流行性腦脊髓膜炎寄生在病人和帶菌者的鼻咽部。
2.流行性乙型腦炎寄生在病人的中樞神經系統。
（三）傳播途徑和傳染源不同：
1.流行性腦脊髓膜炎的傳染源為病人、帶菌者，傳播途徑為呼吸道直接傳播（飛沫傳播）。
2.流行性乙型腦炎的傳播途徑為病人，中間宿主家畜、家禽，透過媒介（蚊）傳播。
（四）臨床表現不同：
1.流行性腦脊髓膜炎的病人症狀：
a.腦膜刺激徵明顯（頸項強直、Kernig徵陽性）
b.顱壓增高徵（頭痛、嘔吐、視乳頭水腫）
c.腦脊液壓力增高、蛋白增多、膿細胞陽性
d.敗血症表現（發熱、中毒性休克）
2.流行性乙型腦炎的病人症狀：
a.腦膜刺激徵不明顯（主要為腦實質損害）
b.神經元損傷症狀
c.腦組織水腫時，顱內壓可增高
d.腦脊液細胞數增多
擴充套件資料
（一）流腦的預防：
1.養成良好的個人衛生習慣：
打噴嚏或咳嗽時應用手絹或紙巾掩蓋口鼻。勤洗手，使用肥皂或洗手液並用流動水洗手，不用汙濁的毛巾擦手。學校、辦公室或居民家中應做到每天開窗至少3次，每次不少於10分鐘。如周圍有流腦病人時，應增加通風換氣的次數。
2.加強體育鍛煉，增強抵抗力：
加強戶外活動和耐寒鍛鍊。注意平衡飲食，保證充足休息。注意環境衛生。在傳染病流行季節儘量少帶兒童到人員密集的公共場所。
3.做好防護：
兒童應儘量避免與有上述症狀病人的接觸。流行季節在人員擁擠的場所內應戴口罩。如出現發熱、頭痛、嘔吐等症狀，應及時就醫。有上述症狀的病人應佩戴口罩，以防傳染他人。
（二）乙腦的預防：
1.做好防蚊、滅蚊，消滅蚊蟲孳生地。保持家畜、禽舍的衛生，消除積水，填平窪地。到了夏天可以使用紗窗、蚊帳、蚊香，塗擦驅蚊劑等措施防止被蚊蟲叮咬。
2.對易感人群接種乙腦疫苗。兒童可在8個月齡免費接種1劑乙腦減毒活疫苗，2歲時可接種第2劑。
3.流行季節出現持續高熱、頭痛、抽搐等類似症狀，應立即送醫就診，及早明確診斷，以免貽誤病情。
參考資料：百度百科-流腦 百度百科-乙腦
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（一）病原體不同：
1.流行性腦脊髓膜炎的病原體是細菌（腦膜炎雙球菌）。
2.流行性乙型腦炎的病原體是病毒（乙型腦炎病毒）。
（二）寄生部位不同：
1.流行性腦脊髓膜炎寄生在病人和帶菌者的鼻咽部。
2.流行性乙型腦炎寄生在病人的中樞神經系統。
（三）傳播途徑和傳染源不同：
1.流行性腦脊髓膜炎的傳染源為病人、帶菌者，傳播途徑為呼吸道直接傳播（飛沫傳播）。
2.流行性乙型腦炎的傳播途徑為病人，中間宿主家畜、家禽，透過媒介（蚊）傳播。
（四）臨床表現不同：
1.流行性腦脊髓膜炎的病人症狀：
a.腦膜刺激徵明顯（頸項強直、Kernig徵陽性）
b.顱壓增高徵（頭痛、嘔吐、視乳頭水腫）
c.腦脊液壓力增高、蛋白增多、膿細胞陽性
d.敗血症表現（發熱、中毒性休克）
2.流行性乙型腦炎的病人症狀：
a.腦膜刺激徵不明顯（主要為腦實質損害）
b.神經元損傷症狀
c.腦組織水腫時，顱內壓可增高
d.腦脊液細胞數增多
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（一）流腦的預防：
1.養成良好的個人衛生習慣：
打噴嚏或咳嗽時應用手絹或紙巾掩蓋口鼻。勤洗手，使用肥皂或洗手液並用流動水洗手，不用汙濁的毛巾擦手。學校、辦公室或居民家中應做到每天開窗至少3次，每次不少於10分鐘。如周圍有流腦病人時，應增加通風換氣的次數。
2.加強體育鍛煉，增強抵抗力：
加強戶外活動和耐寒鍛鍊。注意平衡飲食，保證充足休息。注意環境衛生。在傳染病流行季節儘量少帶兒童到人員密集的公共場所。
3.做好防護：
兒童應儘量避免與有上述症狀病人的接觸。流行季節在人員擁擠的場所內應戴口罩。如出現發熱、頭痛、嘔吐等症狀，應及時就醫。有上述症狀的病人應佩戴口罩，以防傳染他人。
（二）乙腦的預防：
1.做好防蚊、滅蚊，消滅蚊蟲孳生地。保持家畜、禽舍的衛生，消除積水，填平窪地。到了夏天可以使用紗窗、蚊帳、蚊香，塗擦驅蚊劑等措施防止被蚊蟲叮咬。
2.對易感人群接種乙腦疫苗。兒童可在8個月齡免費接種1劑乙腦減毒活疫苗，2歲時可接種第2劑。
3.流行季節出現持續高熱、頭痛、抽搐等類似症狀，應立即送醫就診，及早明確診斷，以免貽誤病情。
參考資料：百度百科-流腦 百度百科-乙腦