察合臺汗國是成吉思汗孛兒只斤·鐵木真的次子孛兒只斤·察合臺建立，是蒙古汗國四大汗國之一；東察合臺汗國是成吉思汗第七代孫禿黑魯·帖木兒汗建立，奉明朝為宗主國；西察合臺汗國是元太宗孛兒只斤·窩闊臺的後裔孛兒只斤·答失蠻建立，是一個屬臣控制的傀儡政權；葉爾羌汗國是孛兒只斤·察合臺的後裔賽依德建立。雖然這些汗國基本都是成吉思汗的子孫後裔建立，但彼此之前的關係，悅史君一條條來明晰。

南宋嘉定十五年（1222年），成吉思汗孛兒只斤·鐵木真把畏兀兒以西直至阿姆河之間的草原地區，分封給了次子孛兒只斤·察合臺，這就是察合臺汗國的雛形。

南宋淳祐元年（1241年），孛兒只斤·察合臺去世，遺命自己的孫子孛兒只斤·哈剌旭烈繼位。

南宋淳祐六年（1246年），蒙古汗國大汗孛兒只斤·貴由與孛兒只斤·察合臺的第五子孛兒只斤·也速蒙哥親善，廢黜了孛兒只斤·哈剌旭烈，冊立孛兒只斤·也速蒙哥為察合臺汗國可汗。

南宋淳祐十一年（1251年），孛兒只斤·蒙哥繼位為蒙古汗國大汗，因之前察合臺汗國可汗孛兒只斤·也速蒙哥反對他，就支援孛兒只斤·哈剌旭烈回國奪取汗位。孛兒只斤·哈剌旭烈在途中去世，他的妻子兀魯忽乃殺死孛兒只斤·也速蒙哥，擁立自己的兒子孛兒只斤·木兒剌沙為可汗。

南宋景定元年（1260年），蒙古汗國大汗孛兒只斤·阿里不哥支援的孛兒只斤·阿魯忽繼承察合臺汗國可汗，孛兒只斤·阿魯忽娶兀魯忽乃為妻，維持汗國穩定。

南宋鹹淳二年，元朝至元三年（1266年），察合臺汗國可汗孛兒只斤·阿魯忽去世，兀魯忽乃重新擁立自己的兒子孛兒只斤·木兒剌沙為可汗。因因未經元世祖孛兒只斤·忽必烈同意，孛兒只斤·忽必烈派孛兒只斤·八剌回國奪取汗位，孛兒只斤·八剌貶孛兒只斤·木兒剌沙為管理王室狩獵的長官。

南宋鹹淳七年，元朝至元八年（1271年），孛兒只斤·八剌去世，窩闊臺汗國可汗孛兒只斤·海都先後擁立孛兒只斤·察合臺的後人孛兒只斤·聶古伯、孛兒只斤·禿裡帖木兒、孛兒只斤·都哇為可汗。

元朝大德十年（1306年），孛兒只斤·都哇病逝，孛兒只斤·寬徹、孛兒只斤·怯伯、孛兒只斤·也先布花、孛兒只斤·篤來帖木兒先後繼承汗位。

元朝至治元年（1321年），察合臺汗國分裂為東、西兩部分，東部稱為"蒙兀兒斯坦"，西部稱為"馬維蘭納兒"，局勢陷入混亂。

元朝至正七年（1347年），察合臺汗國末代汗王哈贊汗被屬臣合扎罕弒殺，合扎罕擁立孛兒只斤·窩闊臺後裔孛兒只斤·答失蠻為西察合臺汗國第一任可汗。

元朝至正八年（1348年），成吉思汗第七代孫禿黑魯·帖木兒汗在阿力麻裡被擁立為可汗，成為東察合臺汗國第一任可汗。

元朝至正九年（1349年），合扎罕又廢殺答失蠻汗，立孛兒只斤·察合臺後裔孛兒只斤·拜延忽裡為汗。

元朝至正二十年（1360年），東察合臺汗國可汗禿黑魯·帖木兒汗佔領西察合臺汗國，使東察合臺汗國、西察合臺汗國得到短暫的統一。

元朝至正二十二年（1362年），禿黑魯·帖木兒汗去世，也裡牙思火者、黑的兒火者先後即位，汗國漸衰，形成許多割據政權。

西察合臺汗國趁機復國，但在烏蒙古族貴族帖木兒的控制下，明朝洪武二年（1369年）西察合臺汗國滅亡，帖木兒帝國建立。

明朝正德四年（1509年），東察合臺汗國被孛兒只斤·察合臺後裔賽依德建立的葉爾羌汗國推翻。

從上述內容，悅史君可以得出幾個結論：

第一，東察合臺汗國、西察合臺汗國、葉爾羌汗國，都是從察合臺汗國中分裂出來的。

第二，東察合臺汗國、西察合臺汗國直接傳承自察合臺汗國。

第三，東察合臺汗國曾經短暫兼併西察合臺汗國。

第四，葉爾羌汗國直接傳承自東察合臺汗國。

第五，葉爾羌汗國與西察合臺汗國沒有關係。

他們都是一家子的關係。

察合臺汗國（Chagatai Khanate）是成吉思汗分給他的兒子察合臺的領地，也是後來的東、西察合臺汗國以及葉爾羌汗國的根源。

由於察合臺汗國內部的政治紛爭，汗權逐漸削弱，以至於1346年河中地區的蒙古貴族巴魯剌思部合扎罕，將察合臺汗國的合贊汗弒殺，擁立答失蠻察（Danishmendji）為汗，由此開創了西察合臺汗國。答失蠻察正是窩闊臺的玄孫。

合扎罕的弒君舉動，自然不能被其它蒙古貴族所認同，他們也紛紛擁立成吉思汗的後裔為汗。其中，朵豁剌惕部的播魯只選擇擁立禿黑魯帖木兒（Tughlugh Timur）為大汗，由此開創了東察合臺汗國。禿黑魯帖木兒是察合臺的六世孫。

西察合臺汗國後來被巴魯剌思部的帖木兒所取代，其統治的地域變成了帖木兒帝國的所在地。

東察合臺汗國的統治則一直延續。但是，禿黑魯帖木兒去世後，汗國內部的權力爭鬥日趨激烈，導致汗國幾度分裂。汗位傳到羽奴思（Yunus Khan）以後的子孫時，汗國分裂為由薩義德（Sultan Said Khan）統治的葉爾羌汗國，和由速檀滿速兒（Mansur Khan）的吐魯番汗國。最終，吐魯番汗國逐漸衰落，在阿不都克里木（Abdul Karim）時期，西域再次統一。

總而言之，察合臺汗國與東西察合臺汗國、葉爾羌汗國都是一家子的不同支系。

察合臺汗國與東西察合臺汗國以及葉爾羌汗國是什麼關係？應該說它們之間是一種繼承關係，即東西察合臺汗國繼承了察合臺汗國，而葉爾羌汗國又繼承了東察合臺汗國，成為世界上最後一個由察合臺後裔統治的政權。那麼這中間具體的過程又是如何呢？察合臺汗國的分裂

說到察合臺汗國的分裂，其實跟元朝也是有一定關係的。因為在元世祖忽必烈建立元朝之後，蒙古其它幾大汗國就不再承認其蒙古大汗的地位，也就是開始自立成為獨立國家。而在忽必烈死後，他的孫子元成宗鐵穆耳最終擊敗了代表蒙古傳統勢力與元朝作對的窩闊臺汗海都，使其它幾大汗國重新暫時認可了元朝皇帝蒙古大汗的地位。但不久之後，察合臺汗也先不花就認為元仁宗愛育黎拔力八達在和伊兒汗完者都合謀夾擊自己，因此和元朝以及伊兒汗國再次爆發戰爭。

（鼎盛期的察合臺汗國）

結果打了幾年之後，確實受到東西兩面夾擊的察合臺汗國漸漸不支，也先不花也在心力交瘁中死去。而經過幾年戰爭之後，察合臺汗國的國力受到了很大影響，其國內的突厥人開始崛起。同時察合臺統治者受到突厥人的影響，開始信奉伊斯蘭教。他們首先放棄了蒙古人的遊牧生活方式，在也先不花的繼任者怯別汗時期在今天烏茲別克境內的卡爾希建立首都，而此地其實已經深入突厥人的領地。然後怯別的繼任者答兒麻失裡汗又公開皈依伊斯蘭教，引發在伊犁河地區仍然堅守蒙古傳統的察合臺部落的強烈不滿，導致察合臺汗國出現劇烈動盪，答兒麻失裡本人也最終被殺。

（答兒麻失裡已經完全是伊斯蘭君主的形象了）

而在之後的20多年時間裡，察合臺汗國的動盪持續，東西兩部的分裂也越來越深，其汗庭所在的西部完全伊斯蘭化，而東部則仍然主要以佛教和薩滿教為主。結果在公元1346年，察合臺汗國西部的突厥貴族加茲罕發動叛亂，將末代察合臺汗合贊殺死，另立了察合臺家族的其它人為傀儡大汗，而把實際控制權掌握在了自己手中。

而在汗國東部的各個部落則不願接受突厥人的實際統治，於是從瓦刺部找來了成吉思汗鐵木真的七世孫禿忽魯帖木兒，擁立他為大汗，察合臺汗國正式分裂為東西兩個國家。不過在這時，東察合臺汗國也開始出現了伊斯蘭化的傾向，所以在禿忽魯帖木兒繼任大汗之後不久，就也率領16萬東察合臺汗國的蒙古人集體皈依伊斯蘭教了，禿忽魯帖木兒還有了一個伊斯蘭教名字，叫艾布伯克裡·穆罕默德。

所以在這之後東西察合臺汗國的主要差別就是西察合臺汗國的大汗是突厥人的傀儡，而東察合臺汗國則仍然是察合臺後裔握有實權。不過在禿忽魯帖木兒在位期間，其實曾經一度重新統一了察合臺汗國，他在公元1361年進攻西察合臺汗國，佔領了其在河中地區的大片領土，廢掉了西察合臺汗鐵穆爾沙，並封自己的兒子也裡牙思火者為河中都督。但僅僅兩年之後他就死了，之後河中地區復叛，東察合臺汗國的統治重新回到了原有區域。

（亦力把裡、別失把裡和吐魯番都是中原對東察合臺汗國的稱呼）

而西察合臺汗國不久之後就形成了後來世界聞名的帖木兒與阿米兒·侯賽因爭霸的局面，阿米兒·侯賽因是廢掉了察合臺末代大汗的加茲罕的孫子。最終帖木兒獲勝，成為了西察合臺汗國的實際控制人。雖然後來西察合臺汗國就被稱為帖木兒汗國了，但他和他的後代其實一直沒有正式篡掉西察合臺汗國的汗位，而是始終擁立鐵木真的後代為大汗，只是後來西察合臺汗國的大汗被帖木兒家族換成了窩闊臺的後人（也許是因為這樣更好控制），一直持續到公元15世紀中葉帖木兒汗國被烏茲別克人滅亡時為止。

而東察合臺汗國則一直還是由察合臺的後人所統治，而且跟中原地區的交流也相對更多一些。但明朝以後，中原古籍裡也不再稱其為察合臺汗國，而是以其國都為名將其稱為別失八里、亦力把裡或者吐魯番。而東察合臺汗國後來多次受到帖木兒及其後代的入侵，為了尋求幫助，東察合臺汗國曾經嚮明朝稱臣，成為明朝的藩屬。

（最後的察合臺汗國——葉爾羌汗國的疆域）

但在公元15世紀末，東察合臺汗國也陷入內戰，先是分成了東西兩個部分，之後又進一步分裂成許多個小汗國，包括葉爾羌汗國、阿克蘇汗國和和田汗國等。最終在公元16世紀初由察合臺後裔賽德建立的葉爾羌汗國滅掉了周邊幾個汗國，兼併其部落成為了當地的主要勢力。直到公元17世紀末，葉爾羌汗國又逐漸淪為準噶爾部的附庸，最終在公元1705年前後被準噶爾汗策妄阿拉布坦完全吞併，葉爾羌汗國併入準噶爾部。