劇情開始先講述了一下游戲的背景，公元2513年，不知道利用什麼科學技術，恐龍又在這個世界上出現並已經和人類共存了300年，並逐漸融入生物鏈，但是總有人閒的沒事幹，就想弄點恐龍研究下生物科技之類的東西，受到人類攻擊的恐龍開始暴走，四處襲擊人類的村莊。

這時候有四位強者站了出來，沒錯，他們就是小白人小紅人小綠人小黃人。當然這不是他們的真名，他們分別是騎車修理師傑克、外交官探險家兼傑克的女友漢娜、工程師兼傑克的好友穆斯塔法、來歷不明的壯漢麥斯。

開場就帶著一群小弟圍毆我們的第一關Boss在劇情裡只是小小的馬仔，丟下小弟後他就靜靜的在一隻拴著鐵鏈的恐龍身邊等著主角去削他，被打個鼻青臉腫是當然的結果，然後他竟然被打哭了……並且告訴主角，他們組織正在北部森林狩獵恐龍，不怕死可以去試試。

如果是日文版，這裡的對話會非常豐富，如果是英文版，這裡雙刀屠夫只會給你來一句“喜歡你哦”。原來屠夫正在屠殺恐龍獲取研究材料，看到漢娜到了，順便還想吃點美女的肉，但很可惜他想多了。

在四人與屠夫搏鬥的時候，三關Boss召集小弟計劃去奪取沒有人守衛的傑克汽修廠，當然這時候遊戲的主角——一輛神器的汽車登場了，開著它可以直接把這位騎摩托的傢伙撞死，充分顯示了氪金土豪玩家和普通氪金玩家的區別。

雖然打敗了Boss，但因為耽誤了太多的時間，當他們駕車趕到時，傑克的汽修廠已經被對方佔領，恐龍快打吞幣王飛刀客登場。話不投機半句多，一頓猛削之後，飛刀客也只能不甘心的死在我們無限子彈的槍下。

在汽修廠修整的四人突然接到電話，村長告訴他們邪惡的組織正在村子附近偷獵恐龍，發狂的恐龍四處橫衝直撞，接著連線便中斷了，四人趕忙出發，但為時已晚，村子被付之一炬，村長剛說處這個組織在進行一種恐龍改造的實驗就被小矮人Boss殺害。打敗他後，他動用了恐龍改造的能力，然而並沒有什麼用處，改造了一樣被消滅掉。

四人繼續向邪惡組織的總部進發，途中遇到了阻攔的敵兵，有一種幼生體寄生蟲可以寄生在人體身上並將人類改造為類似恐龍的生物，當然主角光環萬歲，變身三次都被打倒在地。

打敗寄生體之後，傑克發現了幕後黑手原來就是異端天才科學家光頭博士，他在城市的地下建立了一座人體實驗室，為了打敗他，四人繼續進發，卻再次遇到了利用飛刀客基因製作的半人類半恐龍改造人，結果不言而喻，壞蛋再次被打敗。

你們竟然擊敗了改造後的恐龍！！來找我吧，我會讓你們見識一下什麼是真正的科學，真正的強大生命”，說完這句話，光頭博士就被四位強者圍毆致死，不甘心的他啟動了自爆裝置，想要利用爆炸把四人也埋在城市地底。

在逃出去的過程中，漢娜被爆炸的氣浪擊中，傑克救美心切留了下來，穆斯塔法和麥斯以為兩人已經葬身在廢墟之中，落寂離開，沒想到傑克和漢娜竟然得到了遊戲主角神奇汽車的救助，逃出生天，故事圓滿結束。

《恐龍快打》改編自馬克所繪的《Xenozoic Tales》系列美漫，該漫畫從1987年2月開始連載，1996年10月完結，連載期間包括漫威、黑馬等著名漫畫商都負責出版過。可惜原作漫畫和後來的動畫版沒有被引進的關係，《恐龍快打》在中日兩國玩家間的知名度幾乎為零，要不是這款街機遊戲繼承併發揚了《快打旋風》《名將》的爽快手感和橫版清關典型構架，再加上豐富的武器道具玩法，當時我們還不一定會有興趣在不知道故事來龍去脈的情形下大戰恐龍……

估計大家對《恐龍快打》的劇情都是比較熟悉的了吧！但是大家對遊戲中的對話和過場真的都瞭解了嗎？

其實還有很多的細節之前都被我們忽略掉了。遊戲從一關到八關的劇情全都是環環相扣，我們只需要看懂過場就能明白期間到底發生了什麼，以及我們的主角每次戰鬥的目的。

劇情的大概意思就是：偷獵者獵捕恐龍、主角找到了元兇一關BOSS、然後知道了偷獵者的頭頭是光頭屠夫、打敗偷獵者之後傑克的汽車廠被四關BOSS強行霸佔、村落的恐龍突然發狂襲擊人類、發現恐龍和人類的集合體恐獸、進化型寄生獸之謎、切片恐獸之謎、天災恐獸的終結

遊戲根據漫畫《凱迪拉克與恐龍》改編

開場動畫：

一關BOSS為首，帶領幾個步槍兵狩獵恐龍。

步槍兵：它們在那裡。

一關BOSS：哇哦！那邊有一頭夠大。

字幕：這是一個過去與未來混淆的瘋狂世界，這就是《恐龍新世紀》。

盜獵者狩獵恐龍，主要用於基因改造創造新生命，而他們的狩獵造成了恐龍的恐慌。

“救命啊，恐龍正在襲擊人類。”

傑克：“這不可能吧！平時他們都是比較溫順的啊！這肯定是黑市販子乾的好事吧！”

漢娜：“我不明白，為什麼這些黑市恐龍販子要這麼做，到底有什麼目的？”

傑克：“我們必須不惜一切代價阻止他們。他們只會不斷擾亂大自然的秩序。是時候徹底取締他們了。”

主角們開始行動，就這樣一關開始了。

一出場主角就被一關小兵包圍了。

一關BOSS：“我受夠了你們，一直在試圖擾亂我們的生意。今天讓我的兄弟們來教教你們怎麼做人。”

結果所有的敵兵都吃了一招“尤羅肥”，遊戲正式開始

主角：“嘿，黃毛！你給勞資離恐龍遠一點。”

一關BOSS：“你自己消失吧，要不然讓你滿地找牙。”

“我會先用你的殘肢先餵飽這隻迅猛龍，然後我在扒掉它的皮。”

一關BOSS被打敗之後，主角威逼他說出了收貨人（幕後黑手）就是光頭屠夫

一關BOSS：“光頭屠夫正在北部森林裡獵殺恐龍。建議你不要去惹他，這傢伙完全就是一個瘋子。”

難以置信，瞧瞧這些被殺害的恐龍屍體 。

這裡完全就是一個恐龍的屠宰場，光頭屠夫沒事就將這類恐龍砍著玩。遍地屍骸，就連河水都變成了血紅色。

傑克：“靠，真尼瑪噁心！你玩得太過分了！”

光頭屠夫：“去你碼的！”

在和光頭屠夫戰鬥的同時，另一邊

三關BOSS：“嘿，兄弟們，他們看起來很忙喲！這是奪取傑克汽修廠的好機會！”

三關BOSS雖然被打敗了，但是汽修廠已經淪為反派的基地。他們目的在於將汽修廠改成實驗室。

穆斯塔法：“傑克快看，我們的汽修廠被人佔了。”

傑克：“看來得讓他們付出點代價了！”

四關BOSS知道主角們要來了，馬上叫人用油桶將路口封住。

四關BOSS：“用油桶把入口給我封住。別磨磨蹭蹭，抓緊時間”

四關BOSS：“汽修廠不錯，不過現在是我的了。”

傑克：“你到底拿我的汽修廠搞什麼？”

四關BOSS：“嘿，小子，我來終結你那微不足道的冒險之旅吧！”

打敗四關BOSS後，會出現過場動畫，不過家用機版本中會有。

恐龍全都瘋了，而其中我們看到了八關和五關BOSS的身影

傑克：“你好，我是傑克。”

村民：“救命啊！我們村落遭到了襲擊。恐龍們開始變得非常瘋狂，請救救我們吧！”

還沒說完，那邊已經被結束通話，看來事態發展已經到了刻不容緩的地步了。

傑克：“他一定出什麼事了，我們上。”

傑克：“看，恐龍們正在四處逃竄，他們是從村莊中跑出來的。”

“我們得小心一點，他們看起來非常狂躁”

村民：“感謝你的到來，這都是黑市恐龍販子幹得好事。因為我並不願意配合他們的邪惡計劃（所以才聯絡的你們），幕後老闆的名字是....哇”

還沒說完，就被五關BOSS槍殺了。

五關BOSS：“那傢伙的話太多了。”

五關BOSS被打敗之後，身體開始變異了。

BOSS：啊啊啊！現在我真的要變化形態了。

在這裡主角們知道了這是博士的陰謀。

傑克：“搞什麼鬼，他正在創造新的生命形態，這博士已經瘋了。”

寄生體：“別想再進一步了，我會讓你見識一下，博士創造的力量。”

這個寄生體在原畫中並非是博士創造出來的，可以透過控制恐龍的骨頭成為具有攻擊性特別強的龐然大物。在遊戲中，寄生體是博士開發第二階段的產物，是半成品作品。不過根據寄生的人類實力不同，變化的形態也是不同的。

穆斯塔法：“這傢伙看起來很眼熟。 我想是天才費森登醫生， 這個裝置看起來像地下廢墟里。”

博士：“你們幾個笨蛋竟然膽敢試圖阻止一個物種新紀元的締造者。我會賜予你們新的生命，就像你們的老朋友那樣。”（意思把主角們改造成和四關BOSS一樣的恐獸形態）

博士：“上吧！切片恐獸。”

這一關基本上就是所有玩家的墳墓了，當年多少好漢幾條命都在這一關陣亡了。第八關的BOSS反而沒有這個難纏。

打敗切片恐獸之後，博士的影像再次出現。

博士：“到目前為止你們見識到的僅僅是我實力的冰山一角。要是有種就來見識一下我真正的本領吧！”

終於找到了BOSS的老巢，而博士卻一臉無所謂的態度，看來也是胸有成竹了。

博士：“我一直都在等待你們的到來，你們剛好趕上了生命新紀元的起始。那麼，我們開始吧！”

博士：“你們這群可憐的笨蛋。血清即將發揮作用，讓你們見識見識真正的力量吧！”

“我已經實現新物種的基因融合。兇殘的恐龍基因和我的智慧合二為一，世界將成為我的囊中之物。”

博士被打敗之後，突然意識到這個恐獸還不是最完美的

博士：“不，還沒完。這一次的變異倉促了一點，基因並沒有完全融合。”

看來在地下試驗室某處，還有一個完美的實驗體被隱藏得很好。

傑克：“實驗室要爆炸了，快逃！”

快快.....

傑克、漢娜.....

穆斯塔法：“漢娜、傑克你們平安無事吧！”

傑克：“哈，我們好不容易才死裡逃生！”

傑克：“費森登真是一個瘋子，他的瘋狂計劃幾乎都要實現了。”

傑克：“費森登博士試圖創造新物種，破壞大自然的平衡，但他忽略了大自然會自我調節的。”

漢娜：“回家嘍！”